В ноябре 1921 года Сергея Савченко взяли в органы госбезопасности – оперативным сотрудником Николаевской губернской ЧК. Несколько месяцев он служил регистратором и делопроизводителем особого отдела по охране границы Черного и Азовского морей Николаевской ЧК.

В 1924 году молодого чекиста послали учиться в Высшую пограничную школу. Он служил в пограничных войсках, прошел переподготовку на курсах усовершенствования Высшей пограничной школы, был оставлен там преподавать, а потом вновь отправлен в пограничные войска на Украину.

В апреле 1941 года Сергея Савченко утвердили заместителем наркома госбезопасности Украины. В мае 1943 года он стал наркомом госбезопасности, в марте 1944‑го получил специальное звание – комиссар госбезопасности 3‑го ранга. Его главной задачей стала борьба с националистическим подпольем, имевшим крепкие корни в западноукраинских землях. Это была настоящая война, долгая и кровавая.

В аппарате госбезопасности на Западной Украине служило двадцать тысяч человек. В основном это были приезжие, которые не знали ни языка, ни местных условий. Чекистско-войсковые операции не всегда давали успех, потому что оуновцы, более мобильные, уходили от удара. Чекисты действовали безжалостно. Сомнительные элементы высылали вместе с семьями. Некоторые села, признанные «бандитскими», сжигали.

«Имели место совершенно недопустимые случаи, – говорилось в постановлении Политбюро ЦК компартии Украины от 10 января 1945 года, – когда отдельные бойцы и офицеры органов НКВД и НКГБ, не разобравшись, применяют репрессии – жгут хаты и убивают без суда отдельных граждан, которые совершенно непричастны к бандитам, чем дисредитируют себя и органы советской власти».

Оуновцы иногда переодевались в чекистскую форму и устраивали показательные расправы, чтобы отвратить людей от советской власти. Так же действовали и чекисты, которые выдавали себя за бандеровцев.

15 февраля 1949 года военный прокурор Украинского округа войск министерства внутренних дел доложил в ЦК:

«Министерством госбезопасности Украинской ССР и его управлениями в западных областях Украины в целях выявления вражеского, украинско-националистического подполья широко применяются так называемые спецгруппы, действующие под видом бандитов УПА…

Грубо-провокационная и неумная работа ряда спецгрупп и допускаемые их участниками произвол и насилие над местным населением, не только не облегчают борьбу с бандитизмом, но, наоборот, усложняют ее, подрывают авторитет советской законности и, бесспорно, наносят вред делу социалистического строительства в Западных областях Украины.

Например:

В марте 1948 г. спецгруппа, возглавляемая агентом МГБ «Крылатым», дважды посещала дом жителя села Грицки Дубровицкого района Ровенской области Паламарчука Гордея Сергеевича, 62 лет, и, выдавая себя за бандитов УПА, жестоко истязала Паламарчука Г. С. и его дочерей, обвиняя их в том, чтобы они «выдавали органам МГБ украинских людей». «Крылатый» и участники его группы подвергли их пыткам, подвешивали, вливали им в нос воду и, тяжко избивая, заставили дочерей дать показания, что они были связаны с участниками украинского националистического подполья…

На основании полученных таким провокационным путем «материалов» Дубровицким РО МГБ Паламарчук З. Г. и Паламарчук А. Г. были арестованы, причем, как заявили арестованные, сотрудники райотдела МГБ во время допросов их так же избивали, заставляли продолжительное время стоять на ногах и требовали, чтобы они дали показания о связи с бандитами…

В ночь на 22 июня 1948 г. спецгруппой МГБ из села Подвысоцкое Козинского района Ровенской области был уведен в лес местный житель Котловской Федор Леонтьевич, которого участники спецгруппы подвергали пыткам, обвиняя его в том, что у него в доме часто останаливаются работники из числа совпартактива, и в том, что якобы он выдавал органам советской власти бандитов.

Эти провокационные действия преследовали цель путем истязаний и угрозы лишения жизни заставить Котловского дать показания, что он является врагом советской власти. В результате истязаний Котловский находился на излечении в больнице с 27 июля по 27 августа 1948 г. По заключению больницы, Котловскому Ф. Л. были нанесены тяжелые телесные повреждения с явлениями сотрясения мозга и омертвлением мягких тканей тела…

В ночь на 23 июля 1948 г. спецгруппой была уведена в лес гражданка Репницкая Нина Яковлевна, рождения 1931 г. В лесу Репницкая была подвергнута пыткам. Допрашивая Репницкую, участники спецгруппы тяжко ее избивали, подвешивали вверх ногами, вводили в половой орган палку, а затем поочередно изнасиловали. В беспомощном состоянии Репницкая была брошена в лесу, где ее нашел муж и доставил в больницу, в которой Репницкая находилась продолжительное время на излечении.

Из приведенных выше примеров видно, что действия так называемых спецгрупп МГБ носят ярко выраженный бандитский, антисоветский характер и, разумеется, не могут быть оправданы никакими оперативными соображениями…

В сентябре 1947 года Львовским областным управлением МГБ были незаконно арестованы Стоцкий Степан Петрович и Дмитрук Екатерина Григорьевна и, поскольку никаких материалов об их антисоветской деятельности не было, они были пропущены через спецбоевку МГБ, где в результате применения незаконных методов допроса вынуждены были оговорить себя…

Участники спецбоевок МГБ совершают ограбления местных граждан. Эти грабежи, как и другие нарушения советской законности, оправдываются так же оперативными соображениями и не только рядовыми работниками МГБ, но и самим министром товарищем Савченко, который в беседе со мной заявил: «Нельзя боевки посылать в бой с консервами. Их сразу же расшифруют»…

23 сентября 1948 г. в Каменец-Подольский горотдел МГБ колхозники села Завалье по телефону сообщили, что в селе появилась вооруженная банда в составе двенадцати человек. Факически это была не ОУН-овская банда, а спецбоевка Тернопольского областного управления МГБ. Характерно, что эту спецбоевку приняли за банду не только колхозники, но и работники Каменец-Подольского горотдела МГБ, откуда для ликвидации «банды» на грузовой автомашине была направлена группа сотрудников и офицеров Каменец-Подольского военного училища МВД.

Эта «операция» закончилась тем, что в результате аварии автомашины двое офицеров были убиты, а шестнадцать офицеров и шофер получили телесные повреждения…»

Политбюро ЦК компартии Украины 22 февраля 1949 года предписало министру госбезопасности Украины Сергею Савченко «установить такой порядок, при котором исключались какие бы то ни было случаи нарушения советской законности». Но, видимо, после постановления тоже мало что изменилось. Военный прокурор направлял в ЦК еще несколько записок о преступных действиях оперативных групп министерства госбезопасности. Создавались комиссии для проверки изложенных им фактов. Какие-либо документы о результатах работы комиссий не выявлены.

В августе 1949 года генерал-лейтенанта Савченко перевели в Москву. В сентябре еще один чекист, не знающий иностранных языков и не имеющий собственного разведывательного опыта, стал начальником всей разведывательной службы страны.