Одновременно с городом заложили Петропавловскую крепость, а Ниеншанц (переименованный в Шлотбург), надобности в котором не виделось, был разоружен и срыт.

Остров, на котором предстояло возвести Петропавловскую крепость, назывался Заячьим. Свое название она получила от названия собора, который находился за ее стенами. Царь торопил с фортификационными работами: шла война, и сильнейший на Балтике флот с сильным десантом на борту мог появиться в устье Невы в самое неожиданное время.

Первые укрепления были, разумеется, земляными и деревянными. Они были завершены менее чем через год. По плану Петропавловская крепость представляла собой шестиугольник, повторявший собой очертания Заячьего острова. Один из бастионов возводился под личным руководством царя и потому получил сперва название «Государев бастион», а затем — «бастион Петра I».

Другие бастионы получили названия от их главных строителей — «Меншиков», «Нарышкинский», «Головкинский», «Трубецкой» и «Зотов». Однако впоследствии бастионы были переименованы в честь новых самодержцев или их небесных покровителей.

Крепостные ворота находились между «Государевым» бастионом и бастионом «Меншиков». Деревянный мост соединял крепость с противоположным берегом, а под ее стенами была устроена военная гавань.

Значение крепости в устье Невы и быстро растущего рядом города в Швеции поняли сразу. Уже летом 1705 года предпринимается первая попытка захватить Санкт-Петербург. 10-тысячный корпус генерала И. Майделя оказался отброшенным от строящегося города к Выборгу.

Это побудило Петра I начать перестройку земляных крепостных стен и бастионов в каменные. Эта огромная по трудозатратам и финансам работа затянулась на несколько десятилетий. Последнее слово в каменном обустройстве Петропавловской крепости сказал архитектор Доменико Трезини, который возвел Петропавловский собор и новые Петровские ворота.

Городские укрепления усиливались и перестраивались начиная с 1706 года прежде всего с северной стороны. Шведы попытались еще раз совершить поход на него, но их не подпустили к невским берегам.

Перестройка Петропавловской крепости была завершена (в основном) к 1740 году. Она являла собой облик столицы Российской империи, и потому Екатерина II повелела «невский фасад» Петропавловки облицевать гранитом.

О первоначальном оборонительном предназначении крепости на Заячьем острове вспомнили только во время войн с наполеоновской Францией. Но Русский поход 1812 года императора французов никак не коснулся российской столицы.

Зато сменивший на престоле Александра I его сын Николай I всерьез задумался об усилении Петропавловской крепости. И не зря — в ходе Восточной (или Крымской) войны союзный флот Великобритании и Франции оказался в опасной близости от российской столицы. В крепости был возведен каменный трехэтажный арсенал, который оказался фортификационным сооружением посильнее бастиона.

Исторические судьбы сложились так, что сильному стражу Санкт-Петербурга не пришлось отражать вражеские нападения. Крепость всегда имела сильное артиллерийское вооружение и постоянный гарнизон. Одно время в ней располагались Сенат и другие государственные учреждения. Затем она на долгое время стала «политической» тюрьмой империи.

Одним из ее первых узников стал царевич Алексей Петрович. Затем через камеры Петропавловки прошли многие декабристы, петрашевцы, народовольцы, анархисты, социал-демократы и просто противники царского самодержавия.

Современная Петропавловская крепость знаменита своим фортификационным и архитектурным убранством, тем, что ее узниками были А.Н. Радищев и П. А. Кропоткин, Ф.М. Достоевский и Н.Г. Чернышевский, Максим Горький... И тем, что в октябре 1917 года здесь находился штаб восстания в столице против Временного правительства.

...Петр Великий, задумав перенести столицу государства из Москвы на берега Балтийского моря, понимал, что для ее защиты одной Петропавловской крепости мало. Тем более что Швеция в ходе Северной войны на балтийских берегах больше угрожать могла не с суши, а с моря.

Естественной преградой к устью Невы служил остров Котлин. Вблизи него и была построена крепость Кроншлот, давшая жизнь Кронштадту. Она, вооруженная 14 орудиями, надежно стерегла главный фарватер, который шел из Финского залива в Неву. На близлежащем острове Котлин соорудили 60-орудийную батарею.

Кроншлот в переводе означал «Коронный замок». Это было уникальное фортификационное сооружение, расположенное на отмели близ Котлина. Фундаментом для него послужили деревянные срубы, поставленные на льду. Когда лед под ними обрушился, их наполнили камнями и сделали деревянный настил из бревен. Так получился искусственный фундамент для форта.

На этом фундаменте была возведена крепкая трехъярусная деревянная башня, имевшая форму огромного десятигранника. Каждый этаж башни имел амбразуры для пушек, которые стерегли морскую «дорогу» между Кроншлотом и островом Котлин. На верху башни была устроена смотровая (наблюдательная) площадка, установлена шатровая кровля, на которой закрепили сигнальный фонарь и флагшток.

Торжественное освящение Кроншлота состоялось в мае 1704 года. В инструкции коменданту форта говорилось:

«Содержать сию цитадель... аще случится, хотя до последнего человека... Зело надлежит остерегаться неприятельских брандеров».

То есть деревянной башне, построенной среди Финского залива, больше могли угрожать не корабельные орудия шведов, а брандеры.

Кроншлоту почти сразу же пришлось держать строгий экзамен. В июне 1704 года шведский 8-тысячный корпус попытался прорваться к строящемуся городу на берегах Невы. Одновременно вблизи форта появилась неприятельская эскадра в составе линейного корабля, 5 фрегатов и 8 более малых судов. Шведов на суше и на море ожидала полная неудача. Огонь котлинской батареи и пушек Кроншлота преградил путь эскадре Швеции.

В 1705 году шведы повторили удар по Санкт-Петербургу со стороны Финского залива. Только на этот раз они не решились завязывать с Кроншлотом артиллерийскую дуэль, а высадили сильный десант на незащищенной береговыми батареями части острова Котлин. Русская пехота сбросила вражеский десант в море: девять шлюпок было разбито, 300 десантников убито, а 31 из них попал в плен. Действия сильной по составу королевской эскадры, состоявшей из 22 вымпелов (под флагом адмирала Анкерштерна) оказались полностью неудачными.

В ходе Северной войны Петр Великий начал превращение острова Котлин в крупнейшую морскую крепость России. На острове первоначально устроили гавани для кораблей и несколько сильных укреплений и форты. В 1712 году гарнизон Кронштадта составляли три полка. Официальная же закладка Кронштадтской морской крепости состоялась в 1723 году. Она стала главной базой Балтийского флота.

Император Николай I принял меры к фортификационному переустройству крепости Кронштадт. Так, ее бастионы, созданные из дерева и земли, стали каменными. Однако многие оборонительные сооружения, в том числе ряд фортов, после страшного наводнения 1824 года (был затоплен весь остров) и не менее грозного пожара 1826 года было решено не восстанавливать.