На повышение результативности такого рода работы был направлен в мае 1949 г. приказ МГБ «О порядке передвижения по территории Советского Союза дипломатических и консульских представителей иностранных государств и сотрудников иностранных посольств и миссий в СССР».

В февраля 1949 г. Питовранов в качестве представителя МГБ участвовал в работе комиссии Политбюро ЦК ВКП (б) по расследованию работы руководства Ленинградского обкома партии. Позднее он рассказывал А.В. Киселеву об этой поездке:

«Ночным поездом комиссия отправилась в Ленинград.

Утром, на подъезде к городу, Маленков собрал всех в своем салон-вагоне и дал общий инструктаж. Питовранову предстояло отстранить от обязанностей действовавшего начальника управления МГБ (Д.Г. Родионов, направлен в распоряжение МГБ в апреле 1949 г. -Авт.) и назначить на его место одного из заместителей, определив круг его временных полномочий. На этом его собственная миссия заканчивалась. Через день он возвратился в Москву».

За 4-летний период руководства контрразведкой генерал-майор Питовранов был награжден двумя орденами Отечественной войны 1-й степени — в августе 1946 года и в октябре 1948 года.

31 декабря 1950 г. решением Политбюро ЦК ВКП(б) б увеличении количества заместителей министра госбезопасности до 7 человек Е.П. Питовранов был назначен заместителем министра госбезопасности СССР.

Кроме него, на этот пост (в дополнение к первому заместителю министра С.И. Огольцову и заместителям министра Н.Н. Селивановскому и А.С. Блинову) были назначены бывший начальник 3-го Главного управления генерал-лейтенант Н.А. Королев (куратор милиции), бывший заведующий административным отделом ЦК партии генерал-лейтенант В.Е. Макаров (по кадрам), генерал-полковник А.Н. Аполлонов (по войскам). Тогда же обновилось руководство четырех управлений: 2-го Главного — полковник Ф.Г Шубняков (вместо Питовранова), 3-го Главного — генерал-лейтенант Я.А. Едунов (вместо Королева), 4-го управления (розыск) — генерал-майор П.С. Мещанов, Главного управления по охране на железнодорожном и водном транспорте — генерал-полковник С.А. Гоглидзе (кандидат в члены ЦК партии) и Инспекции при министре — генерал-майор П.П. Кондаков.

Через три дня, уже в новом, 1951 г., была организована Коллегия МГБ в следующем составе: председатель — B.C. Абакумов, его заместитель — С.И. Огольцов, члены — все заместители (включая Питовранова), Г.В. Утехин — начальник 1-го управления (внешней контрразведки), Ф.Г. Шубняков — начальник 2-го ГУ, Н.С. Власик-начальник Главного управления охраны (ГУО), С.А. Гоглидзе — начальник ГУО на транспорте, Я.А. Едунов — начальник 3-го ГУ, П.С. Мещанов — начальник 4-го управления, А.Ф. Волков — начальник 5-го (секретно-политического) управления, И.И. Горгонов — начальник УМГБ Московской области, П.П. Кондаков — начальник Инспекции, A.M. Леонтьев — начальник ГУ милиции, Н.П. Стаханов — начальник Главного управления пограничных войск (ГУПВ).

Падение Абакумова отразилось на судьбе Питовранова, но не сразу. 24 июля 1951 г., спустя две недели после ареста Абакумова, вместе с заместителями министра госбезопасности СССР генерал-лейтенантами С.И. Огольцовым и Н.Н. Селивановским, министром госбезопасности Украины генерал-лейтенантом Н.К. Ковальчуком и начальником Главного управления охраны на транспорте МГБ генерал-полковником С.А. Гоглидзе, он присутствовал на приеме у Сталина. Глава партии и правительства 35 минут (в присутствии 2-х членов Политбюро — Л.П. Берии и Г.М. Маленкова, и заведующего отделом партийных, профсоюзных и комсомольских органов ЦК партии С.Д. Игнатьева) беседовал с чекистами о работе органов госбезопасности после раскрытия «сионистского заговора в МГБ». По словам Питовранова, тогда же Сталин беседовал с ним наедине, интересовался вопросами вербовки агентуры и посоветовал сократить штат секретных сотрудников в 2–3 раза.

3 августа 1951 г. после письма Огольцова Сталину (исполняющий обязанности министра госбезопасности сообщал, что в связи с болезнью вынужден находиться на постельном режиме, и предлагал временное исполнение обязанностей министра передать Питовранову, возложив на него также «участие в допросах по делу Абакумова») Евгений Петрович 6 дней (до 9 августа 1951 г., когда министром МГБ был назначен Игнатьев) в качестве врио министра подписывал все докладные записки МГБ СССР на имя Сталина.

Через две недели, 26 августа 1951 г., было сформировано новое руководство МГБ. Первым заместителем остался Огольцов, но была введена, едва ли не впервые в истории ВЧК-МГБ, должность еще одного первого зама, которую занял Гоглидзе. Были сняты с постов Блинов, Селивановский, Королев, Макаров, Аполлонов. Их места заняли генерал-лейтенанты Н.П. Стаханов (по войскам) и П.Н. Мироненко (политработа в войсках), генерал-майоры А.А. Епишев (бывший первый секретарь Одесского обкома и секретарь ЦК КП(б) Украины, в МГБ ведал кадрами) и Кондаков, полковники И.Т. Савченко (бывший завсектором отдела партийных, профсоюзных и комсомольских органов ЦК) и С.В. Евстафеев (бывший зам. управделами СМ СССР). Питовранов был вновь вновь утвержден в должности заместителя министра госбезопасности СССР. Казалось, ему, как и Огольцову и Блинову, не попавшими под репрессии, не будет поставлена в вину совместная работа с Абакумовым (в отличие от ближайших сотрудников арестованного министра по «Смершу» — заместителей министра Н.Н. Селивановского, Н.А. Королева, секретаря парткома МГБ В.П. Рогова, начальника Секретариата министерства И.А. Чернова). Но клановая борьба в МГБ и стремление высшего руководства найти виновников «провалов» — настоящих и мнимых — пагубно отразились на судьбе бывшего начальника контрразведки.

10 октября 1951 г. исполняющий обязанности начальника следственной части МГБ полковник М.Д. Рюмин (ранее «разоблачивший» Абакумова) направил И.В. Сталину и Г.М. Маленкову записки о недостатках в работе 2-го Главного управления МГБ (материалы были подготовлены бывшими подчиненными Питовранова). Также он сигнализировал о том, что Е.П. Питовранов, его преемник во 2-м главке Ф.Г. Шубняков, заместитель начальника 2-го ГУ МГБ генерал-лейтенант Л.Ф. Райхман и другие чекисты были тесно связаны с Абакумовым.

В записке, среди прочего, Питовранов и его сотрудники обвинялись «в практической бездеятельности по выявлению сотрудников нелегальной разведки Великобритании МИ-6 и их агентуры на территории Советского Союза».

Генерал А.В. Киселев так характеризует этот документ:

«Невдомек было ни авторам этой фальшивки, ни высоким партийным деятелям, санкционировавшим арест, что все изложенное в «Записке» являлось несусветной чушью, поскольку та самая английская разведка никогда не имела в своих порядках нелегальной службы, и поэтому "ее нелегалы и их агентура" никак не могли объявиться на бескрайних просторах нашей страны.

Понятно, сам Рюмин в силу профессиональной ограниченности мог этого не понимать, но сам-то автор (записки. — Авт.) был достаточно грамотным контрразведчиком. Значит, «липовал» он вполне сознательно. Это еще раз, хоть и косвенно, подтверждает версию об оказанном на него давлении».

20 октября Рюмин был назначен заместителем министра госбезопасности СССР (одновременно стал начальником следственной части).