В ночь на 29 октября 1951 г. Евгений Петрович Питовранов был арестован в квартире по обвинению в антисоветской деятельности, вредительстве, участии в «сионистском заговоре в МГБ, возглавляемым Абакумовым».

Через десятилетия Евгений Петрович вспоминал:

«Стук надзирателей в железные двери камер гулко прокатывался по тюремным коридорам, возвещая начало очередного дня. Ровно шесть утра. Заправив постель, как того требовали правила тюремного распорядка, начинал утреннюю зарядку. Ежедневно, невзирая на настроение и состояние, превозмогая подчас боль от перенесенных побоев. Лишенный свежего воздуха, на маленьком пятачке камеры пробегал до десяти километров. Без привычных физических нагрузок было бы трудно, даже невозможно выдержать все издевательства не только над плотью, но, прежде всего, над духом.

И еще в ту темную годину выручала любовь к поэзии, к родному слову, русской, глубинно народной песне. Редкий день не баловал себя собственным концертом. И откуда только память извлекала уже давно, казалось, забытые народные песни? И сколько же в них оказывалось светлого добра, сердечности, искренней грусти…

Обычно у двери, с другой, естественно, стороны собирались и смотрители. Стояли всегда тихо, прекращая всякие разговоры — их, видимо, удивляли старинные и напевные сказы, где героями всегда были «лихие», но честные и отважные люди».

В камере с Питоврановым недолгое время сидел бывший следователь по особо важным делам Прокуратуры СССР, известный автор детективного жанра Лев Шейнин, также арестованный по делу о «сионистском заговоре» (ранее они не встречались, и генерал представился сокамернику инженером, работавшим в ГДР и потерявшим важные документы).

23 апреля 1952 г. из тюрьмы Питовранов направил министру госбезопасности Семену Денисовичу Игнатьеву письмо для передачи Сталину. В 80-е годы Питовранов рассказывал известному впоследствии сталинскому биографу генерал-полковнику Д.А. Волкогонову о том, что он не возлагал никаких надежд на справедливость вождя и потому написал не о своей невиновности, а высказал конкретные предложения по улучшению работы разведки и контрразведки.

Дальше произошло «чудо», которого не дождался ни один видный чекист, арестованный, начиная с 1937 г., с санкции Сталина.

1 ноября 1952 г. по личному указанию Сталина Питовранов был выпущен на свободу и откомандирован в распоряжение Управления кадров МГБ СССР. «Чудо» состояло не только в том, что такой высокопоставленный чекист был освобожден, а не расстрелян, как это происходило ранее (по делу о «сионистском заговоре Абакумова в МГБ» при Сталине расстрелять никого не успели), но и в самом факте возвращения ранее арестованного на службу в органы госбезопасности.

Здесь мы вернемся к событиям в истории контрразведки в 1951–1952 годы.

После того, как 31 декабря 1950 г. решением Политбюро ЦК Е.П. Питовранов был назначен заместителем министра госбезопасности СССР, начальником 2-го ГУ с 3 января 1951 г. стал полковник Ф.Г. Шубняков, с 1949 г. работавший заместителем начальника управления (одновременно был назначен членом Коллегии МГБ). Но уже в ноябре этого же года он был арестован вместе с Питоврановым. 2-е ГУ МГБ возглавил министр госбезопасности Белорусской ССР генерал-лейтенант Л.Ф. Цанава, ставший одновременно заместителем министра госбезопасности СССР. Как руководитель ведомства он оказался еще менее долговечным, чем его предшественник и в феврале 1952 г. был освобожден от всех должностей. Его сменил на посту заместителя министра МГБ — начальника 2-го ГУ — бывший начальник Питовранова по Горьковскому управлению НКВД генерал-лейтенант B.C. Рясной, работавший в контрразведке еще до войны, а перед назначением работавший заместителем министра внутренних дел СССР. Заместителями начальника 2-го ГУ тогда же были назначены полковники О.М. Грибанов и С.Н. Лялин (бывший партийный работник).

Следующие изменения предполагалось произвести по итогам работы Комиссии ЦК КПСС по реорганизации разведывательной и контрразведывательной служб МГБ СССР, образованной в ноябре 1952 г. по инициативе Сталина.

Именно в состав этой комиссии 20 ноября вошел освобожденный из тюрьмы Питовранов.

30 декабря 1952 г. было принято решение бюро Президиума ЦК КПСС об объединении 1-го (внешняя разведка) и 2-го (контрразведка) Главных управлений, бюро № 1 Отдела «Д» (активные мероприятия), а также ряда подразделений 4-го (розыскного), 5-го (секретно-политического) и 7-го (оперативного) управлений МГБ в Главное разведывательное управление (ГРУ) МГБ СССР. Это решение было объявлено приказом МГБ от 5 января 1953 года. Начальником ГРУ МГБ был назначен первый заместитель министра госбезопасности генерал-лейтенант С.И. Огольцов, его заместителями — генерал-майор Питовранов (он же начальник 1-го управления ГРУ (разведка за границей)) и генерал-лейтенант B.C. Рясной (он же — начальник 2-го управления ГРУ (контрразведка внутри страны).

Однако в связи со смертью Сталина этот проект остался на бумаге и не был реализован. Штаты новых подразделений не были утверждены. Но был сформирован в связи с новыми задачами 13-й (антисионистский) отдел 2-го управления ГРУ МГБ.

Не забыли и о подлинных националистах, 15-й год боровшихся с «Советами» с оружием в руках. 30 декабря 1952 г. ЦК КПСС принял постановление о нанесении окончательного удара по оуновцам и «лесным братьям». 24 января 1953 г, был издан приказ МГБ СССР «О мерах по ликвидации националистического подполья и его вооруженных банд в западных областях Украинской и Белорусской ССР, в Литовской, Латвийской и Эстонской ССР».

В марте 1953 г., в ходе новой реформы органов госбезопасности, Питовранов, недолго пробывший начальником разведки, также занял не последнее место в бериевском МВД. 17 марта он был назначен заместителем начальника 2-го ГУ. Так теперь называлась разведка, начальником которой стал Рясной (под его начальством Питовранов уже служил в Горьком). Старый контрразведчик Рясной в разведке ранее не работал, как, впрочем, и Питовранов.

Уже через 2 месяца он вернулся в контрразведку. 21 мая он был назначен первым заместителем начальника 1-го ГУ (так теперь называлась контрразведка) МВД СССР Петра Васильевича Федотова. Но не задержался и здесь.

16 июля 1953 г., уже после ареста Берии и его первого заместителя- куратора разведки и контрразведки Богдана Кобулова — генерал Питовранов был направлен в столицу Германской демократической республики — Берлин в качестве уполномоченного МВД СССР в Германии. После образования Комитета государственной безопасности при Совете Министров СССР 10 мая 1954 г. был, по совместительству, назначен заместителем Верховного комиссара СССР в Германии и, одновременно, 18 мая — начальником Инспекции по вопросам безопасности при Верховном комиссаре, образованной на базе Аппарата уполномоченного. С декабря 1955 г. его должность именовалась «старший советник — руководитель Аппарата старшего советника КГБ при СМ СССР при МГБ ГДР».

Так менялось название должности руководителя советских спецслужб в берлинском районе Карлсхорст. За это время также сменились на Лубянке министры внутренних дел — маршал Лаврентий Павлович Берия и генерал-полковник Сергей Никифорович Круглов, впервые прозвучало название «КГБ» — Комитет государственной безопасности при Совете Министров СССР, председателем которого стал генерал армии Иван Александрович Серов.