В письме в Академию наук он описал условия плавания по морскому пути до Херсонa в Константинополь, а также сообщил некоторые данные о погоде и характере волнения. Он обратил внимание на условия, способствовавшие безопасному плаванию по Черному морю: «Оно есть лучшее море для мореплавания, какое только кроме открытого океана желать должно… Оно во всем своем пространстве чисто, без мелей, без островов, без подводных каменьев, глубоко до чрезвычайности, и ветры хотя сильные, но порывистые и не вихрями».

Впоследствии Зуев опубликовал статью, в которой указал на возможность широкого использования русских портов на Черном море для вывоза экспортных товаров, причем он утверждал, что главным путем для подвоза этих товаров к портам должен служить Днепр, на котором будут проведены работы по устройству судоходного фарватера в районе порогов. Эти же черноморские порты, по его мнению, могли быть использованы для привоза турецких товаров (оливковое масло, кофе, верблюжья шерсть) не посредниками голландцами и французами «втридорога» через балтийские порты, а непосредственно из Турции.

Из Херсонa Зуев с рисовальщиком Бородулиным 12 апреля 1782 года отправился в Крым. Средствами для путешествия вновь его снабдил Ганнибал. Исследователь направился в Крым через Перекопский перешеек. Для современного читателя любопытно узнать, как выглядел перешеек по описанию Зуева: «Перешеек перекопан широким и глубоким рвом, внутри камнем устланным, от Черного моря до Сиваша, или Гнилого моря. Со стороны Крыма над рвом сделан высокий земляной вал, также от моря до моря. Переезд через ров сделан подъемным мостом и воротами, сквозь вал проведенными». У подъемного моста располагалась «изрядная крепость», преграждавшая дорогу в Крым.

Затем Зуев проехал крымской степью на юг, побывал в Крымских горах, вероятно, посетил Судак, побывал в Кефе (город Кефе, иначе Кафа; теперь Феодосия) — административном и торговом центре полуострова.

Но к середине лета он вынужден был возвратиться в Херсон через Азовское море, а затем по сухопутью южными степями и вдоль Днепра. Причиной поспешного отъезда были междоусобные волнения среди крымских татар. В то время Крым был независимым государством и в среде феодальной верхушки Крымского ханства шла борьба нескольких групп.

Впоследствии он напечатал довольно подробный историко-географический очерк о полуострове Крым, в котором многие описания изложены по личным наблюдениям. Наконец в августе 1782 года, получив опять деньги на дорогу от Ганнибала, Зуев выехал из Херсонa. От устья Ингула он проехал к его верховью и добрался до Кременчуга. При этом он вновь, но значительно западнее, пересек Приднепровскую возвышенность и верно заметил ее простирание: «Кряж, идущий под землею от Буга (Южного) прямо через Ингул и Ингулец к Днепровским порогам… по всем рекам и балкам, оказывается (выступает)… также порогами или каменными в берегах утесами. Впрочем, поверхность (кряжа). представляет чистую, везде открытую, сухую и ровную степь».

Наконец 30 сентября Василий Федорович добрался до Петербурга, где (несмотря на успешное завершение экспедиции, на присланные ранее и привезенные им ценные коллекции) его ожидали новые неприятности.

В январе 1783 года директором Академии наук стала княгиня Е. Р. Дашкова. Она враждовала с академиком Далласом и перенесла свое недоброжелательство на его адъюнкта Зуева. В конце 1783 года Зуева пригласили преподавать в Главном народном училище и в открытой при нем Учительской семинарии. Он читал лекции по естественной истории и написал специальный учебник «Начертание естественной истории для Народных училищ Российской империи» — первый русский учебник по этой отрасли знаний.

Княгиня Дашкова под предлогом самовольного принятия Зуевым предложений по преподаванию в семинарии приказала исключить Василия Федоровича из академической службы. И только вмешательство Палласа, который пообщался с императрицей Екатериной II, привело к тому, что Дашкова отменила свое приказание.

В 1787 году вышли из печати написанные Зуевым «Путешественные записки от С.Петербурга до Херсонa в 1781 и 1782 годах», которые через два года были переведены на немецкий язык. А 27 сентября 1787 года Зуев был избран академиком. На этот раз княгиня Дашкова не противодействовала его избранию.

Весной 1787 года Зуев освободился от обременительных обязанностей редактора ежемесячного научно-литературного журнала «Растущий виноград», которые он исполнял два года. Он стал больше времени уделять работе в Академии наук, написал несколько статей для академического журнала «Новые ежемесячные сочинения» и занялся разбором коллекций Минералогического кабинета Академии. Завершив эту работу, он возобновил прерванное отъездом в экспедицию описание коллекции рыб академического музея. Ему удалось установить ряд новых видов рыб в академической коллекции.

Последние годы жизни Зуев тяжело болел; 7 января 1794 года он скончался в возрасте всего немногим более 40 лет. Вероятнее всего, его болезнь была связана с тягостями сибирских путешествий. Академик Никита Соколов, который, еще будучи студентом, также участвовал в экспедиции Палласа, сказал, что Зуев «утратил в Сибири свою юность и здоровье». Видимо, волнения и хлопоты во время путешествия на юг не прибавили ему здоровья. Все это привело к тяжелой болезни и кончине отважного путешественника и натуралиста Василия Федоровича Зуева.

В июне 1771 года из Верхотурья, города, который называли «преддверьем всей Сибири», вышел небольшой обоз. Экспедиционный отряд, возглавляемый доктором медицины, адъюнктом Академии наук Иваном Ивановичем Лепехиным (более правильно писать, как произносится, через ё: Лепёхин), после завершения исследований в Поволжье и на Урале в четвертый раз пересекал Уральские горы, направляясь для новых исследований на побережье Белого моря.

Через некоторое время Лепехин писал в рапорте, отосланном в Академию наук из Соликамска: «Между Верхотурьем и Соликамскою проходящий Урал осматривал и слаживал (взбирался) на самые высочайшие оного хребты». Наиболее трудным оказалось восхождение на Конжаковский камень высотой 1 590 метров, считающийся началом непрерывной цепи гор Северного Урала.

В «Дневных записках» Лепехин отметил: «С хребта Конжаковского камня во все стороны оказывалася дикая и ужасная пустыня, только к зверскому пристанищу удобная. Глубокие долы, пропасти представляющие, темными наполнены были лесами, окружающие верхи везде бесплодную и суровую изъявляли землю. Всякой горы северный бок покрыт был седыми снегами, а полуденный цветами украшенную представлял весну». Но именно там, за Верхотурьем, ему повстречались близ высоких гор самые лучшие и богатейшие месторождения медной руды. Так что с полным основанием он мог сообщить в Академию наук: «Сии высочайших каменных гор утесы научили меня познавать, что и вечным снегом покрытые горы металлами изобиловать могут».