После полного опустошения шахты и галереи засыпали, пренебрегая остававшимися памятниками. Среди заваленных землей древностей оказались театры, форум, базилика, храмы и уникальный памятник древнего зодчества – вилла Папирусов в Геркулануме. О расположении и внешнем виде этих сооружений теперь можно судить по кратким, неточным или вовсе ошибочным записям в отчетах, по схематическим планам и рисункам археологов того времени.

Один из современных ученых справедливо заметил, что кладоискатели Средневековья с их варварским отношением к древностям уничтожили меньше важных предметов и принесли меньше вреда, чем археологи XVIII века. Алькубиерре взялся за раскопки с завидным энтузиазмом, обнаружив полную неспособность заниматься кропотливым делом. Будучи неплохим сапером, инженером, старательным, аккуратным чиновником, испанец отличался невежеством во всем, что относилось к искусству. Терпеливо вымеряя и записывая диаметр какой-либо посудины, он мог ни словом не обмолвиться о ее форме и названии. В его планах вместо указаний на место расположения античного дома стояла фамилия современного владельца участка.

Бессистемные, варварски невежественные раскопки почти не отличались от кладоискательства. По приказу Алькубиерре рабочие раскалывали на куски мозаики, уничтожая полы, показавшиеся недостаточно роскошными. В огромных количествах похищали бронзу, мрамор, непонравившиеся или осыпавшиеся росписи сбивали со стен ударами кирки. Вместе с живописью безжалостно сдирали штукатурку, из полов выламывали мозаики, частично и целиком уносили рельефы. Не подходящие для королевских покоев части фресок отправляли в Неаполитанский музей. Печальная участь постигла великолепную надпись из Геркуланума. Рабочие сорвали со стены медные буквы и, не записав текста полностью, бросили в корзину. В музее их повесили на стену в произвольном порядке, позволив посетителям «составлять разные слова в свое удовольствие».

Одной из первых находок стали почти все фрагменты бронзовой с позолотой статуи, изображавшей гигантскую колесницу, запряженную четверкой коней. Вскоре после ее открытия король пригласил специалиста, сделав то, с чего нужно было начать столь ответственное предприятие. Надзор за работами взял на себя хранитель королевской библиотеки маркиз дон Марчелло Венутти. Под его руководством из-под земли извлекли расписные колонны, затерявшееся было туловище бронзового коня, а также мраморные статуи римлян в тогах.

Немного позже была обнаружена лестница формы настолько характерной, что позволяла сделать вывод о принадлежности ее к зданию театра. Догадка подтвердилась после открытия надписи, гласившей, что некий Руфус выстроил на свои средства Theatrum Herculanense. Таким образом появилась возможность обнародовать название одного из погибших городов – Геркуланум.

Как часто бывает в жизни, наибольшие трудности приходятся на начало пути, когда кажется, что свершилось самое главное, хотя до реального открытия остается немало лет. Началом раскопок Помпей считается 30 марта 1748 года. Воскресение города началось с Ноландской улицы и продолжилось в северном направлении: к амфитеатру, Дороге гробниц и далее к Геркуланским воротам. Через неделю была найдена большая настенная роспись, а уже 19 апреля рабочие наткнулись на скелет человека, который погиб, спасая свое богатство: его конечности застыли в судорожной хватке, сохранив для короля несколько золотых и серебряных монет. Эта находка произвела огромное впечатление, но вместо того чтобы сделать выводы, систематизировать знания и продолжать рыть дальше, раскоп был завален землей. Пока команда каторжников искала сокровища в других местах, центральная часть Помпей оставалась нераскрытой.

По словам ученых эпохи Просвещения, «в основе интереса королевской четы лежал восторг образованных невежд». Впрочем, Карл III не отличался ученостью и не требовал научного подхода от своих подчиненных. Немецкий историк Иоганн Иоахим Винкельман заметил, что Алькубиерре «имел такое же отношение к древности, какое луна может иметь к ракам». Почти все участники того периода раскопок получали нищенскую плату, надеясь быстро разбогатеть, обнаружив под заступом горы золота. Такое уникальное сооружение, как амфитеатр, забросили после поверхностного осмотра. Причиной его неглубокого раскрытия стало отсутствие статуй и драгоценностей.

В районе Геркуланских ворот рабочие наткнулись на виллу, которую всего лишь по богатству убранства отнесли к владениям Цицерона. Подобные беспочвенные утверждения сыграли негативную роль в истории археологии, хотя в редких случаях заблуждения все же приводят к истине. Единственным ценным украшением этого дома были фрески. Великолепные росписи, по обыкновению, вырезали, предварительно сняв копии, а виллу по привычке засыпали землей.

После беглого осмотра район вблизи бывших Помпей оставался забытым: в течение 4 лет внимание королевских археологов привлекали более результативные раскопки в Геркулануме. Немало времени заняла добыча ценностей из залов виллы Папирусов.

Карл III Бурбон со свойственной ему пылкостью принимал живое участие во всем, что относилось к погибшим городам. Король не ограничивался чтением ежедневных донесений, приказывая докладывать о каждой находке. По поводу особо ценных вещей устраивались совещания, где приглашенные в Неаполь ученые и художники давали советы по поводу размещения и сохранности сокровищ. Благодаря участию специалистов были восстановлены краски росписей, ибо их колер терял яркость и прочность после пребывания на воздухе или под лучами солнца. Краски линяли и тускнели даже в помещении, поэтому картины покрывали лаком, изготовленным по методу генерала Морикони, который, как оказалось позже, действовал недолго и неэффективно.

В 1754 году испанец вновь обратился к южной части Помпей, где нашел древнее кладбище и развалины крепостной стены. С той поры раскопки в обоих городах велись параллельно. В 1763 году свершилось еще одно знаменательное событие: команда Алькубиерре нашла надпись со словами «город помпеян», подтвердившую догадки относительно подлинного названия.

Более профессиональный подход к делу обнаружил Франческо ля-Вега, возглавлявший раскопки с 1764 года. Прекрасный рисовальщик, всесторонне образованный человек, он аккуратно вел дневник, прилагая к описаниям планы, точные зарисовки со зданий и отдельных предметов. Историки сельского хозяйства благодарны ему за внимание к винным и масляным прессам, изображенным в отчетах вместе с подробными объяснениями. В остальном ля-Вега ушел недалеко от своего предшественника.

Новый директор раскопок по-прежнему видел главную цель в ежедневной поставке древностей. При недостатке ценных вещей здания так же засыпали, оставляли полуразрытыми либо обходили, рассчитывая на богатые находки в другом месте. К домам и многим найденным в них предметам относились равнодушно, не считая архитектуру и бытовые предметы элементами единого целого. Невзирая на советы ученых, чиновники уносили бронзу, выпиливали фигуры с картин, оставляя расписанные стены солнцу, дождю и ветру.

С самого начала раскопок официальный грабеж дополнялся воровством тайным. Помпейские антики выкрадывали и продавали состоятельным лицам, каковых находилось предостаточно. В 1780-х годах Неаполь и его окрестности посетил немецкий поэт Иоганн Вольфганг Гёте, однажды побывавший в кладовой английского посланника Гамильтона. В небольшой темной комнате среди произведений древнего искусства валялись прекрасные бронзовые канделябры «из помпейских могил». Известный французский коллекционер граф Келюс разработал план ограбления Геркуланума: «Я понимаю трудность этого предприятия, но не надо забывать о нем; что не удалось сегодня, удастся завтра».