В Душанбе складывались отряды самообороны, защищавшие подъезды и даже целые микрорайоны. Бойцами таких отрядов были обычные люди, и многим из них пришлось пережить жуткие часы в обезумевшем городе. Шестнадцатилетний юноша, защищавшийся от погромщиков, позднее рассказывал:

Пока по городу катились волны погромов, на площади шел митинг под политическими лозунгами. Эти люди создали некий «Народный комитет», неясно кого представлявший. На следующий день, 13 февраля, в Душанбе вошли части Советской армии. Они имели тяжелое оружие и приказ по необходимости применять его. Погромы некоторое время продолжались, но быстро пошли на спад. Под давлением «народных представителей» Макхамов ушел в отставку.

В Душанбе, по официальным сведениям, погибли 25 гражданских, включая 16 таджиков, пятерых русских, двоих узбеков, татарина и азербайджанца. Ранения и травмы получили 589 обывателей и погромщиков и 239 силовиков.

Необходимо отметить, что в дальнейшем в Таджикистане однозначно рассматривали случившееся как трагедию. Поднимать буйство толпы на щит в качестве патриотического акта в Душанбе не стали.

Однако кошмарные события в республике только начинались.

24 августа 1990 года Таджикистан принял декларацию о суверенитете. В сентябре 1991 года республика Таджикистан провозгласила независимость и вышла из состава СССР. Местные политические движения, ранее сидевшие в подполье, получили возможность легально бороться за власть. 2 декабря 1991 года присягу принял Рахмон Набиев, первый президент независимого Таджикистана. Набиев выглядел настоящим реликтом советской эпохи. Опытный аппаратчик, он с 60-х годов делал карьеру в партийных структурах и несколько лет пробыл первым секретарем ЦК компартии Таджикистана. Для новых же условий была важна в первую очередь его принадлежность к ходжентскому клану. Второе место — хотя и с большим отрывом — на выборах президента занял представитель памирского этнорегионального клана, представлявшего восточные горные районы, — Давлат Худойназаров.

Поначалу казалось, что есть шанс на относительно цивилизованную передачу власти. Набиев принадлежал к старой советской элите, но договорился с оппозицией об использовании мирных методов политической борьбы. Однако быстро выяснилось, что это иллюзия. Как Набиев искал способ разгромить оппозицию, так и многие оппозиционеры стояли на крайних позициях и планировали так или иначе удалить от власти действующее правительство. Частично это были националисты, частично — религиозные радикалы. Более того, многие кланы просто проигнорировали выборы и намеревались получить свое другими способами.

Под религиозными и политическими лозунгами в первую очередь скрывалась именно борьба кланов, разделенных по территориальному принципу. Политические разногласия стремительно теряли значение, когда заходила речь об интересах землячеств. Представители разных кланов бранили друг друга прямо на заседаниях Верховного Совета, иногда выяснение отношений транслировалось по ТВ. После особенно зажигательного выступления местного политика, оскорбившего памирцев, на площади Шохидон в Душанбе собралась толпа, преимущественно состоявшая из горцев. Люди требовали роспуска Верховного Совета республики и новых выборов, прекращения давления на оппозицию. Вскоре к ним присоединились представители других кланов, главным образом каратегинцы (гармцы). Митинг не расходился, причем каждый день на площадь прибывали новые люди. 4 апреля перед резиденцией Набиева собралось сразу 50 тысяч человек. Их лозунги представляли собой причудливую смесь демократических и религиозных воззваний. Набиев пытался исправить положение двумя способами. С одной стороны, на площади Озоди собрался уже проправительственный «антимайдан», что интересно, главным образом состоявший из людей юго-западного Кулябского клана, с другой — Набиев попытался лавировать между распаленными союзниками и противниками. Сперва он попытался отделаться от оппозиции туманными обещаниями, потребовав прекращения митинга в качестве непременного условия реформ. Однако стороны не верили друг другу ни на грош. Оппозиционеры полагали — и были совершенно правы, — что их просто задавят силой, если правителя не удастся дожать. Маневры Набиева выглядели все более неуклюжими. Он то пытался убедить непопулярного председателя парламента Кенджаева уйти в отставку (тот категорически отказался), то вообще ссылался на волю Аллаха для подкрепления своего авторитета. Однако насчет воли Аллаха оппозиция имела свое представление. Митингующие сформировали отряды, взяли приступом парламент и захватили заложников — депутатов и вице-премьеров. После этого события начали разворачиваться быстро. Набиев все-таки отправил в отставку Кенджаева, тут же назначив его на другой пост, и приказал выдать участникам проправительственного митинга две тысячи автоматов. Фантасмагорическую картину митингов в Душанбе органично дополняла третья манифестация — в ней участвовали молодые люди из местных преступных группировок.

5 мая Набиев попытался разрубить все гордиевы узлы разом. Президент объявил чрезвычайное положение, ввел комендантский час и принялся разгонять пикеты оппозиции силами личной гвардии. Оппозиция, в полном соответствии с заветами революционеров прошлого, захватила аэропорт, вокзал и президентскую резиденцию. В городе начались настоящие уличные бои. Местный житель рассказывал: