Тем временем на юге Таджикистана шла бойня. Основой сопротивления исламистам стал кулябский клан. Война шла на взаимное истребление, по выражению местного командира, «без правил и без раненых, пленных не брали». Кулябцы не могли простить Набиеву проявленной слабости и действовали самостоятельно. Поддержку им негласно оказывали части Российской армии.

Полковник ГРУ Александр Мусиенко описывал чудовищный стиль этой войны:

Исламисты действовали не только на «линии фронта», но и устраивали теракты в тылу правительственных сил. Так, в конце лета фанатики убили генерального прокурора Таджикистана. В ответ толпы земляков прокурора начали закрывать и даже поджигать мечети.

Душанбе охватила анархия. В городе появились десятки самостоятельных вооруженных отрядов. Местный житель описывал состояние города:

Формальный президент Набиев еще находился в городе, но ничем не управлял и не мог ручаться даже за сохранение собственной жизни. 7 сентября он попытался улететь в родной Ходжент. Однако сохранить инкогнито не удалось, и по дороге в аэропорт президента опознали. Физическую защиту Набиева от толпы обеспечили танки и БТР российских войск, но аэропорт был окружен вооруженными до зубов «оппозиционерами», и улететь просто так Набиев не мог. В здание явились представители Верховного Совета, вынудившие незадачливого деспота официально отречься от престола. Заявление об отставке стало, конечно, чисто символическим актом: Набиев контролировал в Таджикистане ровно столько территории, сколько умещалось у него под подошвами ботинок.

Однако наиболее драматические события происходили в городе Курган-Тюбе на юго-западе страны. Участников митинга — сторонников правительства окружили и расстреляли, и город оказался во власти исламистов. Здесь шла резня не только политических противников, но и узбеков, живших в окраинном поселке Ургут. Люди, искавшие спасения, нашли убежище на позициях 191-го мотострелкового полка Российской армии. Мотострелки создали импровизированный лагерь беженцев. Командир этого полка Евгений Меркулов рассказывал:

Ночами к забору вокруг военного городка приходили толпы окончательно одичавших экстремистов. Меркулову обещали отрезать голову, убийцы пытались расшатать ограждение и пробраться внутрь. На юге страны развернули антирусскую пропагандистскую кампанию, обвиняя РФ и вообще русских во всех бедах республики.

Тем временем кланы старались создать хотя бы некое подобие вооруженных сил из неорганизованных толп своих сторонников. Кулябская, Ходжентская и Гиссарская группировки действовали разрозненно, скованные скорее ненавистью к противнику, чем теплыми чувствами друг к другу. Россия поддержала «юрчиков» в первую очередь организационно: противникам исламской оппозиции помогали сколотить ополчение, хоть немного напоминающее настоящее войско. Проправительственные силы в конце концов свели в Народный фронт — политическое движение, созданное при активном участии России и конкретно Главного разведывательного управления Генштаба. Новая организация в действительности не имела особых преимуществ перед «вовчиками» с точки зрения морали и этики: в условиях гражданской войны большее насилие чинила победившая сторона, а более или менее гуманных группировок просто не было. Однако «юрчики» по крайней мере не собирались строить царство победившего ислама по рецептам VII века.

Во главе Народного фронта встал Сангак Сафаров, один из знаковых персонажей войны в Таджикистане. Этот уже пожилой человек оказался одним из самых активных и решительных деятелей проправительственных сил. Прежде чем стать политиком и полевым командиром, Сафаров отсидел более двадцати лет в лагерях — и отнюдь не за распространение нелегальной литературы. За ним числились угон автомобиля и убийство. Однако, выйдя на свободу, Сафаров показал себя прекрасным организатором и серьезным лидером. Правда, как и других политиков страдающей республики, его отличала редкостная жестокость: «проклятых геноцидов, шакалов и педерастов», как он называл «вовчиков», его подчиненные истребляли без малейшей жалости, жгли кишлаки, чтобы не тратить силы на их охрану.