Французское правительство начало переговоры с Грецией о разрешении проводить на территории Дельф раскопки. 25 апреля 1891 г. .был подписан договор, согласно которому Франция получала правопроведения раскопок в Дельфах на 10 лет. Французская палата предоставила археологам кредит в 500 тысяч франков. Французской школе, которую возглавлял энергичный Теофиль Омолль, пришлось встретиться с неожиданными трудностями. Для ведения раскопок нужно было перенести на другое место расположенную на территории древнего святилища деревню Кастри. Несмотря на обещания щедрого вознаграждения, местные жители оказывали археологам сопротивление и даже нападали на них. Раскопки велись с 1892 по 1903 г. под охраной вооруженной полиции.

Вскоре после начала раскопок на повороте дороги Омолль обнаружил небольшое здание, с двумя колоннами, поражающее чистотой архитектурных форм. «После суток зрелого размышления, — записывает археолог, — я счел себя вправе телеграфировать в Париж, что мы нашли Сокровищницу афинян. Наша радость нашла отклик в Париже, а также, хотя и по совершенно иным причинам, и у властей нашего окружного города Амфисса. Уже на другой день я получил депешу, извещавшую меня о прибытии финансового чиновника для принятия клада».

Разумеется, «клада», которого с нетерпением ожидали всегда испытывавшие трудности греческие власти, не оказалось. Подлинным кладом явились декреты, найденные в Сокровищнице афинян. На одной из ее стен были начертаны два гимна Аполлону с нотными знаками. Впервые был найден надежный источник греческой музыкальной композиции. Архитектурные остатки этой сокровищницы, 24 рельефных метоп архаического времени, ныне являются украшением Музея Дельф. Они иллюстрируют, сцены битв греков с амазонками, подвиги Геракла и приключения основателя Афин Тесея. Тесей и Геракл — так-же персонажи сцены на восточном фронтоне святилища.

Раскопки, начатые Омоллем в Дельфах, были продолжены греческими учеными в районе ниже Кастальского источника в сороковых годах XX в. На этом участке был обнаружен комплекс зданий, группировавшихся вокруг святилища Афины Пронайи. Возможно, именно она, богиня Земли, а не подвластный ей Пифон, была главной соперницей пришельца Аполлона. Миновав ряд сокровищниц, посетитель этого участка Дельф оказывался перед храмом Афины Пронайи. Это был древнейший в Дельфах храм, датируемый 650 г. до н.э., он восходил к древней священной роще микенской эпохи. Здесь были найдены многочисленные микенские памятники. Находившийся по соседству другой архаический храм в форме дорического периптера, датируемый 500 г. до н.э., был посвящен той же богине. Частью этого святилища был толос с тремя уцелевшими колоннами и их антаблементом. Метопы толоса содержали рельефы, изображавшие схватку греков с амазонками.

Рассказывая о переселении на остров Сифнос самосских изгнанников, Геродот сообщает о богатстве этого острова и о том, что на десятую часть своих доходов от золотых и серебряных рудников сифносцы воздвигли в Дельфах одну из самых роскошных сокровищниц. Это сообщение подтвердилось в ходе раскопок. В руинах Сокровищницы сифносцев обнаружена статуя сфинкса высотой 2,3 м, стоящая на ионийской колонне, которая должна была иметь высоту 12 м. На фронтоне Сокровищницы сифносцев изображен совет богов с участием Ареса, Афродиты, Аполлона и Зевса, а также излюбленный сюжет гигантомахии.

Больше всего ожидали от раскопок знаменитого храма Аполлона. Судя по его описанию у Павсания, храм был построен в VI в. до н.э. и украшен мраморным фасадом. В строительстве храма и его освящении приняли участие афинские аристократы Алкмеониды, изгнанные из родного города тираном Писистратом. Сохранилось известие, что на стенах храма были написаны изречения греческих мудрецов Фалеса, Бианта, Солона. Внутри храма находились статуи богинь судьбы Мойр, Зевса Мойрогета (водителя Мойр) и золотое изображение Аполлона.

В 373 г. до н.э. храм Алкмеонидов в Дельфах был разрушен землетрясением. Французские археологи нашли надпись с указанием государств и лиц, оказавших помощь в его восстановлении. В этом списке присутствуют и могущественная Спарта, и небольшие островные государства, и благочестивые женщины из Сицилии. Общая сумма пожертвований была колоссальной — 10 тысяч талантов.

В результате французских раскопок был обнаружен храм, восстановленный после землетрясения. Его кровлю поддерживали 38 колонн дорического ордера. Был применен принцип некоторой концентрации колонн к центру при легкой выпуклости линии стилобата (постамента) храма, что снимает ощущение придавленности. Откос холма, на котором располагался храм, укреплен стеной. Это особо выделяло храм из окружающей среды, подчеркивая его величие и суровую энергию дорической колоннады. Внутри храма не оказалось никаких остатков статуй. Не нашли и следов расщелины, над которой якобы восседала пифия. Однако это не значит, что ее не было.

Омолль был прекрасным знатоком текстов древних авторов. Он пользовался всеми возможностями фотографии. Его археологический дневник безупречен. Но он не был геологом, и его вывод об отсутствии в фундаменте храма Аполлона трещины, отверстия для выхода испарений, спорен. Современные ученые вправе критически относиться к преданиям, связанным с Дельфами, например, к легенде о том, что храм основан на месте победы Аполлона над чудовищем Пифоном. Но рассказ о выходе на территории храма паров, вызывающих галлюцинации, не миф и не легенда. О расщелине сообщают все, кто писал в древности о Дельфах, и это свидетельство не может быть вымыслом.

Из этого тезиса исходили современные исследователи Де Бойер и Хейл, обратившие внимание на то, что в 1985 г. во время ремонта близ лежащей дороги строителями была обнаружена трещина, идущая с запада на восток и достигающая Коринфского залива. О ее южном участке, проходившем под водой в направлении к Пелопоннесу, свидетельствовали поднимающиеся со дна пузырьки. Северный отрезок разлома подходил к храму и на его территории скрещивался с другим разломом. На месте их пересечения и находился треножник, на котором восседала пифия. С помощью химиков и медиков был определен тип газа: это обладающий приятным сладковатым запахом этилен. Исследователи полагают, что в результате катастрофического землетрясения 373 г., прокатившегося по всей Греции, трещина замкнулась и, таким образом, оракул погиб не по вине христианской религии, а самой природы.

Верхняя часть священного участка оказалась более богатой памят-никами. Согласно Павсанию, «к священному округу примыкает заслуживающий внимания театр. Если подниматься вверх от священного округа… тут стоит статуя Диониса, дар жителей Книда». Раскопками открыт театр прекрасной сохранности — именно тот, о котором рассказывает Павсаний. Удалось выяснить, что он сооружен в 400 г. до н.э. Согласно найденной неподалеку надписи, в 159 г. до н.э. царь Пергама Эвмен II дал серебро и прислал рабов, по-видимому, для ремонтных работ. Следует полагать, что театр использовался не только по прямому его назначению, но и как место для собраний. Вместимость его составляла до 5000 человек.

Павсаний сообщает также, что «в самой верхней части города находится стадион. Вначале он был сделан из того камня, которого много около Парнаса, но затем его переделал афинянин Герод, украсив пентеликонским мрамором». Это сообщение оказалось ошибочным. Мраморная облицовка относится к более позднему времени — годам правления императора Адриана. Обнаруженные в 1971 г. в части, где располагались зрители, архитектурные фрагменты позволили датировать стадион VI в. до н.э. Именно тогда были учреждены знаменитые Пифийские игры, способствовавшие еще большему благосостоянию оракула.