Ворвавшись в Пуэрто-Бельо, разбойники начали стрелять из рркей и пистолетов в любого, кто попадался им на пути. Жители города, разбуженные выстрелом из пушки и тревожным звоном церковных колоколов, бросились в окрестные леса, где надеялись укрыться от разбойников и спасти наиболее ценное имущество.

Часть солдат гарнизона и ополченцев спешно прибыла в крепость Сантьяго, надеясь создать там центр сопротивления захватчикам Однако действия их были парализованы снайперами, которых Морган предусмотрительно разместил на вершине горы, возвышавшейся над городом и крепостью.

Горстка испанских солдат укрылась в недостроенном форте Сан-Херонимо, окруженном со всех сторон водой. Несколько английских заключенных, использовавшихся на строительстве этого укрепления, сумели вырваться на свободу и сообщить пиратам, что полоса воды, отделяющая островной форт от берега, имеет весьма малую глубину, и ее легко преодолеть вброд. Воспользовавшись полученной информацией, флибустьеры решительно двинулись к воротам форта и принудили его немногочисленных защитников сложить оружие. Над Сан-Херонимо был поднят английский флаг, а пленных солдат тут же отвели под конвоем в одну из церквей (туда же сгоняли пойманных горожан).

После этой победы Морган решил вплотную заняться крепостью Сантьяго. Он отправил дополнительные силы на вершину горы, доминировавшей над указанным укреплением, а часть стрелков разместил в домах, находившихся возле церкви.

По данным Т. Бревертона, перед штурмом городских фортификаций Морган обещал выплатить специальные премии тем пиратам, которые особо отличатся в бою. Первый, кто сможет проникнуть во вражеский форт, должен был получить сверх своей доли еще 20 ф. ст.; столько же было обещано тому, кто первым водрузит над испанской крепостью английский флаг; 10 ф. ст. обещали выплатить любому, кто сможет приставить переносную лестницу к стене форта.

Дальнейший ход операции у Эксквемелина описан красочно, но сумбурно. Автор явно смешал события, которые имели место при захвате пиратами крепости Сантьяго и форта Сан-Фелипе, находившегося на противоположном берегу бухты. «Губернатор… прибыл в крепость и приказал открыть по противнику сильный огонь, однако пираты не медлили, — сообщает Эксквемелин. — Они осмотрелись и бросились на укрепления, где стояли пушки; пока испанцы заряжали их, семь или восемь солдат уже пали замертво. Бой длился с раннего утра до полудня, но пираты никак не могли захватить крепость. Их корабли стояли перед входом в гавань, и тех, кто вздумал бы бежать морем, встретила бы мощная стена огня. Огонь обрушился на крепость с обеих сторон. И стоило пиратам подойти к стенам поближе, как испанцы тут же обратили их в бегство. Они сбросили пятьдесят горшков с порохом, кидали большие камни и причиняли врагу большой ущерб. Морган и его товарищи пали было духом. Но вдруг над малой крепостью они увидели английский флаг и с возгласом «Победа!» валом кинулись на штурм. Выиграв бой, Морган снова возгорелся отвагой и отправился в город, чтобы изыскать способ для захвата малого форта. Он приказал доставить знатнейших жителей города и прихватить из церковной сокровищницы серебро, золото и разные драгоценности, а затем отдал распоряжение сколотить лестницы, по которым один за другим могли бы подняться сразу четыре человека. Морган приказал группе монахов и женщин отнести лестницы к крепости и прислонить их к стенам. Он уже грозил губернатору, что заставит монахов штурмовать крепость, но губернатор не пожелал ее сдать; пока я жив, сказал он, крепость сдана не будет. Поэтому Морган и в самом деле заставил монахов, священников и женщин приставить лестницы к стене; он полагал, что губернатор не станет стрелять в своих людей. Однако губернатор гцадил их не больше, чем пиратов. Монахи именем господа и всех святых взмолились, чтобы губернатор сдал крепость и сохранил им жизнь, но никто не внимал их мольбам. Беднягам пришлось поставить лестницы, а затем пираты влезли на них с ручными гранатами и горшками с порохом, но встретили не менее яростное сопротивление. Однако они не пали духом Часть пиратов подожгла крепостные ворота, а остальные столь же проворно забрались наверх. Испанцы увидели, какие силы надвигаются на них, и решили бежать. В крепости остался только губернатор, который, отчаявшись, стал истреблять своих же людей, словно врагов. Пираты предложили ему сдаться, однако он ответил; «De ninguna manera; porque mas valle morir сото soldado honrado, que ser ahorcado сото cobarde» (Никогда! Лучше умереть как храброму солдату, нежели быть повешенным как трусу). Пираты решили взять его в плен, но им это не удалось, и губернатора пришлось убить. Его жена и дочь, которые были в крепости, просили пиратов пощадить их мужа и отца, но просьбы эти оказались тщетными».

П. Эрл в своем исследовании о деяниях Моргана писал, что после захвата форта Сан-Херонимо флибустьеры штурмовали крепость Сантьяго, а затем — форт Сан-Фелипе. Именно во время штурма укреплений Сантьяго адмирал флибустьеров решил использовать пленных в качестве «живого щита». Этот «живой щит» был образован из нескольких знатных горожан, включая главного алькальда Пуэрто-Бельо, нескольких монахов и монахинь, а также стариков и старух. Прячась за их спинами, пираты двинулись к стенам крепости с разных сторон. Одна пушка все же выстрелила, ранив двух монахов и убив одного флибустьера. Остальные разбойники, благополучно достигнув крепостных стен, пошли на штурм двумя отдельными группами: пока одна набросилась с топорами на ворота, вторая с другой стороны приставила к стенам переносные лестницы. Бой был отчаянным, но к 10 часам испанская цитадель пала. Примерно 45 ее защитников было убито, а среди попавших в плен большинство было ранено. Офицер, командовавший пушкарями, не вынес позора поражения и предпочел быть убитым один из пиратов застрелил его из пистолета.

Итак, Морган овладел городом и крепостью Сантьяго, но его флотилия не могла войти в бухту, пока испанцы удерживали под своим контролем форт Сан-Фелипе. Хотя в этом укреплении не было запасов продовольствия, его комендант Алехандро Мануэль Пау-и-Рокаберти и полсотни находившихся под его командованием солдат решили не сдаваться. На следующее утро около 200 флибустьеров пересекли бухту на каноэ и, высадившись в окрестностях форта, приготовились к штурму. Несколько человек, прикрываемые снайперами, подобрались к воротам укрепления и попытались их поджечь. Это так напугало молодого коменданта, что он запаниковал и пригласил капитанов флибустьеров в форт обсудить условия почетной сдачи, чем весьма удивил своих подчиненных. На переговорах сошлись на том, что солдатам гарнизона будет позволено уйти в Панаму, взяв с собой шпаги и сабли. Комендант Пау стал пленником пиратов, но в ту же ночь, проклиная себя за проявленное малодушие, принял яд.

«Когда крепость пала — это случилось уже под вечер, — все пленники были доставлены в особые здания: мужчины в одни, женщины в другие, — пишет Эксквемелин. — Пираты выделили караул для их охраны, а затем перенесли своих раненых в дом, стоявший поблизости. Когда все было кончено, пираты принялись пить и развлекаться с женщинами. В эту ночь полсотни отважных людей могли бы переломать шеи всем разбойникам».

На следующий день, как обычно, флибустьеры отправились грабить дома. От пленных они узнали о самых зажиточных жителях города и, схватив богачей, начали выпытывать у них, где те прячут свои сокровища.