Восставшие развернули в сторону Кремля большую пушку, стоявшую на Лобном месте. Угрожая обстрелом ворот, они потребовали на расправу уже не только Вельского, но и Годунова. Такой поворот событий не входил в планы земских вождей. Мстиславский и Романов хорошо понимали, что Федор Иоаннович, до самозабвения любящий жену, не согласится выдать шурина обезумевшей толпе. Бояре быстро уладили кризис: Вельский ушел в отставку, Годунов сохранил место в Думе, а Федор Иоаннович 31 мая 1584 года торжественно короновался.

Так первый кризис нового царствования едва не увлек в пропасть будущего правителя России. Борису пришлось испытать страх и унижение. Однако он уцелел и сделал огромный шаг в карьере: в дни коронации Федор возвел 32-летнего шурина в чин конюшего. Наивно объяснять этот успех лишь родством с царской семьей — в первую очередь Борису помогла политическая изворотливость: поняв, что дело Вельского проиграно, он сразу же переметнулся к победителям. Никита Романов пошел на союз с Годуновыми тоже не из личных симпатий. Обе эти семьи возвысились благодаря их родству с правящей династией: в глазах Рюриковичей Шуйских и Гедиминовичей Мстиславских они выглядели «худородными выскочками». Аристократическая реакция грозила смести с «боярского Олимпа» не только Годуновых, но и Романовых. Родственникам царя Федора поневоле пришлось сплотиться вокруг престола перед лицом этой опасности. Вскоре к ним присоединился влиятельный дьяк Андрей Щелканов.

Попытка Вельского возродить опричный террор закончилась плачевно. Новые правители учли ошибку и двинулись в противоположном направлении: по случаю коронации Федора Иоанновича они объявили общую амнистию. Никита Романов знал, что делает. В годы правления Ивана IV боярин был одним из немногих, кто постоянно «печаловался» за опальных. И теперь выходящие из тюрем аристократы пополняли ряды его сторонников. В это время Годунов и Щелканов занялись реформой государственного управления: верные им чиновники сменили тех судей, воевод и наместников, что успели прославиться «лихоимствами». Чтобы предотвратить будущие злоупотребления, новым боярам и дьякам, занявшим эти места, выделили дополнительные поместья и повысили жалованье. Стремясь привлечь на свою сторону дворян, Щелканов, Романов и Годунов 20 июня 1584 года издали от имени царя Федора закон о ликвидации тарханов — податных льгот бояр и князей церкви. Влияние правящей троицы продолжало расти. Однако вскоре их признанный лидер — Никита Романов — серьезно заболел, и тяжесть управления страной легла на плечи менее опытного Годунова.

В Думе и стране к этому времени наступило относительное равновесие: сторонники Шуйских и Мстиславских были еще достаточно сильны, чтобы давить на правительство, но уже не могли диктовать ему свои условия. На некоторое время решающим стало слово Федора Иоанновича, и потому обе боярские группировки стремились перетянуть его на свою сторону. Царь не отличался крепким здоровьем. Малейшее дуновение ветра могло надолго уложить его в постель. В начале 1585 года от каждодневных забот и волнений Федор тяжело заболел. Казалось, часы его на исходе. В панике Годунов направил тайных послов к императору. Он предлагал обсудить возможность брака между своей сестрой Ириной и австрийским принцем, с тем чтобы эта пара унаследовала царский трон. Надежда на успех интриги была минимальной, но иных способов удержать власть Борис не видел.

Затеянное им сватовство закончилось скандалом: планы царского шурина получили огласку. Против Годуновых тут же встала вся Дума. «Изменнические» переговоры о браке царицы при живом царе осудил и митрополит Дионисий. Жители московского посада негодовали. Положение Бориса ухудшилось настолько, что он стал готовиться к бегству в Англию. Годунова спас счастливый случай: Федор Иоаннович неожиданно пошел на поправку, а царица Ирина объявила мужу о своей беременности. Эти два события переключили внимание бояр на царскую семью. Страсти вокруг правителя чуть поутихли, и он не замедлил этим воспользоваться.

Первый удар Борис нанес по самому слабому месту Думы: государственным финансам. Основной трудностью, мешавшей развитию страны, было хроническое отсутствие денег. Царской казной обычно ведали два представителя враждующих боярских группировок. Предполагалось, что они будут ревностно следить друг за другом и не допустят злоупотреблений. Но после отстранения Вельского от власти Петр Головин с помощью Шуйских добился, чтобы вторым казначеем стал его родственник, Владимир Головин. Инициировав проверку казны, Годунов бил наверняка. В условиях хронического безденежья отказать ему Дума не могла. И вскоре вскрылись такие крупные хищения, что боярскому суду ничего не оставалось, как приговорить Петра Головина к смерти.

Второй удар обрушился на главу Думы — князя Мстиславского. Боярское правительство беспокоилось о судьбе династии. Думцы неоднократно обсуждали между собой план: развести Федора с бездетной Ириной и подыскать ему новую жену. Первой в раду потенциальных невест стояла, естественно, боярышня Мстиславская. Вот только в условиях объявленной беременности царицы все эти разговоры выглядели как государственная измена. Уличенный Годуновым Мстиславский перечить царю не стал, а добровольно ушел в отставку, уступив место главы Думы своему сыну Федору. Но тот, в отличие от отца, не входил в число царских опекунов.

Пока Борис продвигался к вершинам власти, обстановка на границах начала накаляться. В 1585 году татары напали на Рязанщину. Воевода Дмитрий Хворостинин успел вовремя выдвинуть войска к Шацку и вынудил крымцев к отступлению. Информация о возобновлении крымских набегов на Россию и скандал с «австрийским сватовством» активизировали Батория. Если после смерти Ивана IV он просто затягивал с подтверждением Ям-Запольского договора, то теперь официально отказался от его условий и взял курс на продолжение войны. В России тоже готовились к боям против Речи Посполитои. Разрядный приказ составил роспись полков для похода. В Можайске начали собираться войска. Но вскоре в Москву пришла весть о том, что 12 декабря 1586 года Стефан Баторий скончался.

Как и на прежних выборах, русский претендент не вошел в число лидеров. Основными конкурентами в борьбе за польский трон стали сын шведского короля Юхана III Сигизмунд и австрийский эрцгерцог Максимилиан. Пока шло обсуждение кандидатур, в пограничные пределы России вторглось 40-тысячная Крымская орда. Царская армия под командованием Дмитрия Хворостинина быстрым маршем вышла в район Тулы. Однако противник снова не решился на «прямой бой» и отступил в свои пределы. Неспокойно было на шведской границе. Дважды, в 1586 и в 1587 годах, дело чуть было не дошло до большой войны, но оба раза в последний момент сторонам удавалось договориться.

А тем временем в Речи Посполитои подошли к концу «выборные мероприятия». 19 августа 1587 года группа сторонников Яна Замойского провозгласила победителем принца Сигизмунда. Конкурирующий клан Зборовских в то же самое время объявил королем эрцгерцога Максимилиана. Оба «новоизбранных монарха» поспешили подкрепить свои права на престол с помощью военной силы. Максимилиан с австрийскими войсками подошел к Кракову первым, но горожане отбили штурм. Между тем с севера со шведским войском к польской столице уже спешил Сигизмунд. 27 декабря он вступил в город и тут же короновался. Чуть позже Ян Замойский со своими сторонниками разбил отступившую в Силезию армию Максимилиана, при этом сам эрцгерцог попал в плен. В 1590 году Сигизмунд вернул императору брата, предварительно взяв клятву с обоих, что Максимилиан больше не станет претендовать на польский престол.