Судьба трех пленных вождей кажется на первый взгляд удивительной, так как никто из них не пострадал. Их просто держали в плену — почти десять лет. Хайду отпустил Аньтуна в 1284 г., и 4 января следующего года он был восстановлен в прежней должности премьер-министра правой стороны. К счастью Номухана и Кокочу, доставленных в качестве пленников в Золотую Орду, при дворе Мункэ-Темура большим влиянием пользовалась Кельмиш, внучка Толуя и их двоюродная сестра. По-видимому, она облегчала им жизнь во время плена и в какой-то мере способствовала их освобождению. По словам Рашид ад-дина, «когда Нумухан был схвачен своими двоюродными братьями и отправлен ими к Мункэ-Темуру, Кельмиш-Ака приложила все усилия, чтобы вернуть его отцу с изъявлениями всяческого уважения». Ее настойчивость и, вероятно, желание самого хана наладить отношения с Хубилаем и домом Толуя в конце концов привели к освобождению Номухана и Кокочу. Они прибыли в Даду 26 марта 1284 г. Через два месяца Хубилай даровал Номухану титул князя Бэй-аня (Северного спокойствия) в знак признания его заслуг и тягот, которые он претерпел в Средней Азии и России.

Те десять лет, которые протекли между пленением и освобождением Номухана, Хубилай не сидел сложа руки. Узнав о несчастливой судьбе Номухана, он отправил к нему на выручку Баяна, своего самого способного и удачливого полководца. Однако Баян, несмотря на блестящие победы, одержанные им в походах на империю Сун, в данном случае не сумел добиться успеха.

Он пытался вынудить врагов, особенно заговорщиков, выдавших Номухана, вступить в сражение, но они постоянно уклонялись от столкновения. В августе 1277 г. он разбил войска Ширеги в битве на берегах Орхона.

Тем не менее, Ширеги удалось бежать. Армия Номухана, оставшаяся без начальника, предприняла несколько отважных попыток его вызволить, нанеся ряд поражений предателям в 1280 и 1281 гг. И все же они не достигли своей цели.

В конечном итоге Хубилай был вынужден признать безнадежность попыток установить контроль над Средней Азией. Ему пришлось признать Хайду фактическим правителем этой области. Даже самый выдающийся и заслуженный полководец оказался неспособен одолеть Хайду и подчинить Среднюю Азию власти Хубилая. Он неохотно снялся с позиций в степях к северу от Тянь-Шаня и очистил базу Номухана в Алмалыке. Тем не менее, он стремился держать под своим контролем оазисы к югу от Тянь-Шаня, располагавшиеся на важнейших торговых путях. Его планы требовали выделения значительных ресурсов, но в конце концов он отступил к границам китайских поселений, оборонять которые было гораздо проще.

Между тем, шансы на успех зависели от того, удастся ли Хубилаю обеспечить самодостаточное развитие городов и оазисов. Весьма важно было увеличить объем сельскохозяйственного производства, так как местные жители и китайские гарнизоны должны были отражать набеги Хайду. Хубилай был вынужден действовать одновременно в двух направлениях, с одной стороны обеспечивать снабжение войск, а с другой оказывать покровительство местным земледельцам. Чтобы создать благоприятные условия для развития земледелия в северо-западных областях современной провинции Ганьсу и в оазисах к югу от Тянь-Шаня, следовало обустраивать военные поселения, предоставлять налоговые льготы и оказывать помощь при стихийных бедствиях. Ни в Ганьсу, ни в оазисах на реке Тарим земли не отличались особым плодородием. Хубилай должен был пойти на значительные затраты для осуществления своих замыслов. В 1276 г. он основал военные поселения в Шачжоу и Гуачжоу, выделив им семена и орудия. Примерно в это же время он приказал Лю Эню, одному из своих военных советников, провести перепись населения и топографическую съемку в Сучжоу и вывести туда несколько военных поселений. Лю выполнил приказ, но обеспечить полную безопасность новым поселениям не удавалось, и они все еще подвергались нападениям отрядов Хайду.

Сходным образом потерпели неудачу и планы относительно Уйгурии. В борьбе с Хайду Хубилай намеревался использовать земли уйгуров в южной части современной провинции Синьцзян как военную базу. Одновременно он стремился прибрать к рукам ресурсы этой области и оградить их от посягательств противника. В 1280 г. китайский полководец Ци Гунчжи получил задание восстановить контроль династии Юань над этими территориями и отвоевать уйгурские земли, ранее захваченные Хайду. Через год Ци во главе отряда в 1000 человек занял Бешбалык, столицу Уйгурии, и организовал там военные поселения. Однако переход на полное самообеспечение оставался далекой, почти призрачной целью. В течение нескольких последующих лет Хубилай не раз, откликаясь на просьбы Ци, отправлял ему необходимые припасы. Хотя монголы обложили местное население налогами и повинностями, доходы были достаточно низкими. Хайду устраивал набеги, нанося большой вред поселениям уйгурских земледельцев и отнимая у уйгуров накопленные припасы и ценности. Хубилай был не в состоянии предотвратить эти нападения, а отряды Хайду избегали столкновений с неприятелем.

Вторжения Хайду в Уйгуристан вызывали серьезные социальные и экономические проблемы. Земледельческая экономика, основанная на широкомасштабном использовании ирригации, крайне чувствительна к превратностям войны. Такие жизненно важные сооружения, как дамбы и каналы, разрушаются не только непосредственно в ходе военных действий, но и вследствие рассеяния земледельческого населения, которое приводит к нарушению постоянного обслуживания и прекращению ремонтных работ, необходимых для устранения наносов.

В отсутствие надежной защиты от кочевников некоторые уйгуры переселились в Китай, а в какой-то момент (до 1283 г.) их правитель, идук-кут, переехал в Юнчан в Ганьсу. Последним» ударом стала потеря Бешбалыка в 1285 г. и пленение Ци Гунчжи, полководца, которому было поручено восстановить власть династии Юань над Уйгурией.

Эти события окончательно перечеркнули все планы Хубилая, который утратил всякую надежду когда-либо захватить контроль над Средней Азией. Подобно многим китайским правителям, начиная с императоров династии Хань (206 г. до н.э. — 220 г. н.э.), Хубилай столкнулся с огромными трудностями, пытаясь утвердиться в степях и оазисах современной провинции Синьцзян. Линии снабжения, необходимые для содержания армии и поддержки дружественного местного населения, были растянуты и ненадежны; постоянная угроза со стороны кочевников и их неуловимость раздражали и устрашали солдат и союзников Хубилая, а перевести поселения в оазисах на полное самообеспечение так и не удалось. Отправлять войска на защиту местных жителей и подвозить им продовольствие оказалось чрезвычайно дорого и ложилось тяжелым бременем на императорскую казну. Шаги, предпринятые Хубилаем, не увенчались успехом. Однако ему удалось удержать Хайду в Средней Азии, не позволяя ему совершать набеги на территорию собственно Китая.

В борьбе со своими противниками в Монголии Хубилаю повезло больше. После поражения Ариг-Буки здесь наступил период спокойствия и восстановления, длившийся более десяти лет. Гражданская война, которую развязал Ариг-Бука, нанесла серьезный удар по экономике Монголии, и Хубилаю требовалось облегчить жизнь местного населения, чтобы добиться расположения соплеменников. Он принял меры в этом направлении, раздавая зерно неимущим, снижая налоги и создавая военные поселения. Тем самым Хубилай рассчитывал облегчить бремя, гнетущее местное население, и дать монголам возможность достичь некоторой самодостаточности. Он обустроил почтовые станции, чтобы обеспечить связь со своей столицей в Северном Китае и послал в Монголию ремесленников, которые должны были помочь коренным жителям освоить навыки ремесел.