В ходе дознания капитан-лейтенанту К. Нази был вручен протест Российского общества Красного Креста, подписанный уполномоченным Я.Я. Мультановским, его помощником В.Г. Остен-Сакеном и делегатом Французского общества Красного Креста А.П. Парисом. В протесте был сделан акцент на лишение госпиталя возможности выполнить свою миссию, ставились вопросы обстрела "Орла" японцами и захвата ими корабля.

18 мая главный доктор госпиталя получил от главного командира порта Сасебо официальное уведомление об аресте госпитального судна по подозрению в нарушении положений Гаагской конвенции. В чем именно состояли эти нарушения, главный командир не указал. Так получил официальное оформление захват "Орла", хотя фактически он был совершен тремя днями раньше. На корабль получил назначение в качестве комиссара лейтенант Кимура, на которого возлагалось: информирование личного состава о распоряжениях японских властей, контроль за порядком и дисциплиной, подача заявок в довольствующие органы. Однако положение экипажей госпитальных судов никак не изменилось. Они по-прежнему содержались как пленные и не могли ничего сообщить о себе на родину.

А между тем, Гаагская конвенция не давала Японии права на пленение их. Нарушение конвенции быстро определили в Петербурге.

Российское общество Красного Креста обратилось к японским коллегам с запросом о состоянии здоровья персонала госпитальных пароходов.

21 мая командир "Костромы" Смельский сообщил телеграммой, что пароход находится в плену и все его служащие здоровы, а через четыре дня о хорошем состоянии здоровья экипажей обоих пароходов телеграфировало японское общество Красного Креста. Личному составу разрешили посылать в Россию письма и телеграммы на французском и английском языках. Цензура контролировала корреспонденцию, вычеркивала слова "плен","захват".

Например, в телеграмме главного врача Мультановского в Российское общество Красного Креста упоминание о захвате "Орла" была заменено на "15 числа благополучно прибыли в Сасебо".

Сняв запрет на переписку, японцы ввели ограничения на медицинскую деятельность. Применение этой меры связано с поступлением в сасебский морской госпиталь раненого адмирала Рожественского. Узнав об этом, сестра Павловская обратилась к японским властям с просьбой разрешить ей ухаживать за дядей. Японцы разрешили ей встретиться с адмиралом, а уход за ним поручили японской сестре милосердия. Затем желание помочь раненым соотечественникам, опираясь на богатые возможности своего госпиталя, высказали врачи "Орла". К ним присоединились коллеги с "Костромы". Запрет на подобную деятельность последовал немедленно. Русские заявили протест. Они исходили из невиновности "Орла" и "Костромы" и ожидали в борьбе положительного исхода. В медицинской помощи раненым они видели свой профессиональный долг. Японцы же заявили, что они принципиально не могут допустить русских врачей лечить раненых, находящихся в отечественных лечебных заведениях. Это прямой долг японских врачей.

20 мая 1905 г. началось следствие, которое проводилось одним из судей Сасебского призового суда и следователем, их обслуживали секретари, чиновники и переводчик, безукоризненно владевший русским языком. На них возлагалось производство следственных действий в целях полного и всестороннего исследования обстоятельств дела и составление обвинительного заключения.

В сущности своей следствие мало чем отличалось от дознания; велось оно более формально и с охватом большего круга должностных лиц. В течение двух дней на корабле были допрошены доктор Мультановский и капитан 2 ранга Лахматов. Потом их допрашивали еще раз в здании призового суда, там же допросили помощника уполномоченного Красного Креста барона Остен-Сакена и старшего офицера лейтенанта Бейермана. Новые мысли на допросах не возникли, повторялись вопросы, которые ставились на дознании. Только один раз при допросе доктора Мультановского судья заметил, что в госпитале получали помощь больные с зафрахтованных иностранных пароходов. Следствием была затребована у госпиталя точная поименная справка о таких больных. Однако в дальнейшем японцы не развивали этот вопрос, опасаясь негативной реакции правительств государств, граждане которых обращались за помощью.

Офицеры госпитального судна "Орел".

Первый ряд слева направо: 2-й помощник капитана Л. Н. Алексеев, 1 -й помощник капитана А.Л. Бейерман, капитан Я.К. Лахматов, старший механик В.М, Вейцель, 2-й механик П.К. Персия нов; второй ряд слева направо: помощник капитана А.Р. Газелихр, 3-й помощник капитана С.М. Костромитинов, 3-й механик И.П. Черепанцев, судовой врач Д.Ю. Морозов, 4-й механик С. И. Скоропад.

28 мая судьи в сопровождении комиссии японских морских врачей произвели подробный осмотр и проверку всего госпитального оборудования и имущества, а также бухгалтерии и кассы, после чего все было опечатано. Жалкая расписка о содеянном, полученная доктором Мультановским, явилась единственным документом, засвидетельствовавшим факт прекращения деятельности эскадренного госпиталя. Параллельно было покончено с существованием госпитального судна. Для этого японцы забрали все пароходные документы: мерительное свидетельство, официальное удостоверение на ведение милосердной деятельности, выданное российским послом в Париже, свидетельство о том, что пароход "Орел" приспособлен исключительно под госпиталь и под наблюдением французского правительства, выданное главным морским начальником Тулонского порта, и, наконец, вахтенный журнал парохода с мая 1904 г. по май 1905 г.

По традициям морских архивов все эти документы хранятся вечно. Они никогда не были в России даже в виде фотографий или ксерокопий и продолжают оставаться недоступными для отечественной военно-морской истории, ее исследователей. Тогда, в 1905 г., захватчики парохода не выдали никаких документов об их изъятии. В наши дни японцы утверждают, что документов "Орла" в архивах нет.

29 мая доктор Мультановский получил извещение от Сасебского призового суда о том, что из-за окончания следственных действий, относящихся к "Орлу", суд не усматривает надобности оставаться на пароходе всем лицам, принадлежащим к обществу Красного Креста. В тот же день в вахтенный журнал госпитального судна "Кострома" было записано на японском и английском языках приказание командира порта Сасебо вице-адмирала Самесима. Говорилось, что "Кострома" была задержана на основании многих подозрений, но указаны только три нарушения Гаагской конвенции: назначение госпитальных ординаторов на боевые корабли, установка на судне беспроволочного телеграфа (снятого впоследствии), окраска полосы по борту судна в красный, а не в зеленый цвет. На удивление, обвинение в ведении разведки кораблем, послужившее основанием для его задержания в начале Цусимского боя, оказалось снятым. Незначительные по существу нарушения использованы японцами для заявления о праве конфисковать "Кострому", но по милости японского императора в ознаменование победы флота в боях 14-го и 15-го мая, судну разрешено свободное плавание в любой порт, кроме Владивостока.

В приказании вице-адмирала Самесима имеются указания относительно "Орла", корабль назван нарушителем конвенции и объявлен захваченным. "Костроме" предписывалось 30 мая вывезти из пределов Японии медицинский персонал и 37 больных "Орла". Офицеры и команда в тот же день вывозились отдельно. Военнослужащие давали подписку о неучастии в войне.