Первые годы службы молодых офицеров проходили постоянно в море, на берегу они бывали редко. Зато под руководством опытных командиров из них готовили настоящих морских волков. Збышевскому приходилось во время шторма карабкаться вместе с матросами по вантам на мачту, месяцами находиться в море, порой без горячей пищи, питаться солониной, пить дурно пахнущую воду, спать в сырой каюте. Но обо всем этом забывалось в те дни, когда над головой была бесконечная синь небес, а красавец-корвет с наполненными ветром белоснежными парусами с лёгким шипением разрезал темно-зеленые волны Чёрного моря. Романтика морской службы пленяла молодого мичмана.

Начало Крымской войны застало Збышевского в море. Корвет «Пилад» находился в крейсерстве у кавказских берегов и одним из первых принял участие в боевых действиях.

Турки вырезали русский гарнизон поста Святого Николая и построили там сильные укрепления. Экипаж корвета участвовал в перестрелке с турецкими батареями. Противник стрелял неплохо, и среди русских моряков были потери. Распорядительность и храбрость мичмана во время боя обратили внимание командиров. По возвращении в Севастополь ему объявили «монаршее благоволение», то есть личную благодарность царя.

Выходить в море больше не пришлось. Мощный паровой флот союзников не оставлял никаких шансов русским парусникам. Поэтому самые старые из них затопили, перегородив вход в бухту. С остальных сняли людей и орудия и направили на бастионы. Бои шли уже в Крыму, неприятель приблизился к Севастополю.

Из моряков сформировали десантные батальоны. Збышевского назначили в 3‑й десантный батальон, в составе которого он прошел весь ад севастопольской обороны, находясь на переднем крае.

Збышевскому довелось воевать на Малаховом кургане и на самых опасных бастионах и батареях, где из-за огромных потерь по несколько раз менялся весь личный состав. За время севастопольских боев русский гарнизон потерял свыше ста тысяч человек. Мичману удивительно везло: у него не было ни царапины. Самые лихие и бесстрашные молодые офицеры, имена которых были широко известны среди защитников, и добровольцы из числа рядовых по ночам совершали дерзкие вылазки на передний край обороны противника. Збышевский, словно искушая судьбу, был непременным участником этих вылазок. Неизвестно, чем бы это для него закончилось, но вмешалось командование и запретило ночные вылазки из-за больших потерь молодых офицеров.

Когда стало ясно, что Севастополь не удержать, часть защитников получили приказ следовать в Николаев, где ждали наступления войск противника. В их числе оказался и Владислав Иеронимович Збышевский.

К тому времени помимо благодарностей от командования он имел почётные награды за военные заслуги: орден Святой Анны 3‑й степени с надписью «За храбрость» и орден Святой Анны 4‑й степени с мечами, тоже с надписью «За храбрость». Первый орден он получил «за отличную храбрость и мужество, оказанные при бомбардировании города Севастополя». Второй – «за отличие при вылазке с 10 на 11 марта» 1855 года. Позже его наградили серебряной и бронзовой медалями «За защиту Севастополя». Их носили на георгиевской и андреевской лентах, означавших, что награждённые ими были непосредственными участниками сражений.

В Николаеве Збышевского назначили на пароход «Дарго». Вопреки ожиданиям, Николаев оказался вне зоны боевых действий. «Дарго» пришлось участвовать лишь в эпизодических перестрелках с судами противника.

Оказавшись на пароходе, мичман с большим интересом принялся изучать судовую машину, перечитал всю доступную техническую литературу по морским машинным установкам на русском, английском и немецком языках. Его направили в командировку за деталями для ремонта трубчатого котла на небольшой завод, где их изготавливали. Там он изучил производство паровых машин настолько, что даже успел внести кое-какие технологические усовершенствования.

Опыт эксплуатации машины на «Дарго» и сведения, почерпнутые им из теоретических работ и на производстве, Збышевский обобщил в большой статье, которую опубликовали в «Морском сборнике» в 1857 году.

Приятным сюрпризом для Владислава оказалась встреча в Николаеве с младшим братом Иеронимом. Тот решил пойти по стопам брата и готовился к поступлению в юнкерскую школу. К сожалению, общение братьев длилась недолго. Владислав получил сложное и ответственное задание. Русские войска перебрасывались из Бессарабии в Крым.

Этому сопутствовали трудности необычайные: бездорожье, непролазная грязь, в которой по ступицы увязали колеса телег с военным имуществом и повозки с ранеными, запряженные волами. Но самым сложным оказалось переправить войска через Буг.

У переправы скопилось огромное количество людей, повозок, лошадей, волов, артиллерии. Не хватало продовольствия, фуража для лошадей и волов. Люди были до предела измучены, начался массовый падеж животных, вот-вот могла вспыхнуть эпидемия среди людей. Создалась критическая ситуация. Тогда командование приняло решение откомандировать с судов для организации переправы опытных морских офицеров, обладающих необходимыми волевыми качествами и организаторскими способностями. Збышевского назвали одним из первых для выполнения этого трудного и ответственного поручения.

Моряки работали круглыми сутками, разбившись на смены. Збышевскому досталось переправить 2‑ю гренадерскую дивизию с артиллерией и обозом. Он великолепно справился с порученным ему делом, за что получил письменную благодарность от главнокомандующего войсками генерал-адъютанта князя Михаила Дмитриевича Горчакова.

Позже мичману довелось строить укрепления в устье Днепра, а с наступлением зимы его перевели в николаевский гарнизон. Окончание войны Збышевский встретил командиром канонерской лодки, входившей в состав Днепровской флотилии. Затем его назначили на военную яхту «Ореанда» – изящное парусное судно, на котором когда-то, до войны, ее тогдашний командир Иван Семёнович Унковский завоевал серебряный кубок, украшенный драгоценными камнями, на самых престижных гонках в Финском заливе. Мичман не подозревал, что судьба сведет его с бывшим командиром «Ореанды», и они проведут вместе не один год и при весьма непростых обстоятельствах.

После войны от Черноморского флота практически ничего не осталось. По Парижскому договору России запрещалось восстанавливать Черноморский флот. Требовалось решить, что делать с людьми. Большинство офицеров уволили на пенсию, а наиболее молодых и перспективных распределили по судам на другие моря.

Збышевского перевели в Кронштадт. Там он получил назначение в штаб отряда винтовых корветов и клиперов капитана 1‑го ранга Андрея Александровича Попова. Однако штабная работа не привлекала мичмана. К большому неудовольствию Попова, Збышевский добился перевода на судно, отправлявшееся в дальнее плавание.

26 июля 1857 года его назначили вахтенным офицером на фрегат «Аскольд», а ещё через месяц за отличие по службе присвоили звание лейтенанта.

Впереди его ждало кругосветное плавание с командиром, известным всей России по роману Ивана Александровича Гончарова «Фрегат “Паллада”». Вся грудь лейтенанта была в орденах и медалях, в послужном списке – благодарности императора, очередное звание ему присвоили досрочно, каждый месяц выслуги, проведённый в осажденном Севастополе, высочайше приказано считать для выслуги пенсии за год службы… Словом, о чем еще мог мечтать молодой флотский офицер? Перед ним открылась прямая дорога в адмиралы.