Основными товарами компании являлись железо, медь и разнообразные металлические изделия, а также древесина. Всё это пользовалось большим спросом как в Европе, так и на Востоке. Выйдя из Гётеборга, корабли компании заходили в испанский порт Кадис, где с успехом обменивали свои товары на американское серебро, доставлявшееся испанцами из Нового Света. Затем они направлялись в Китай, где закупали местные товары.

Основным грузом, вывозившимся из Китая, был чай, доля которого, согласно обзору за 1774 год, составляла около 90% в общей массе товаров. Большая часть чая затем реэкспортировалась в разные европейские страны или доставлялась контрабандой в Англию, сбивая цену на него и нарушая монополию английской Ост-Индской компании. Другим важным товаром был фарфор, составлявший приблизительно 5% от общего объёма грузов. За годы существования шведская Ост-Индская компания доставила в Европу около 50 миллионов предметов из фарфора.

С 1731 по 1821 год шведы отправили на Восток 132 экспедиции. Потери кораблей при этом были минимальны, лишь 8 из них затонули. Одна из самых значительных катастроф произошла в 1745 году с парусником «Гётеборг», затонувшим в непосредственной близости от порта приписки с ценным грузом фарфора, о чём будет сказано ниже.

Последнее судно вернулось в Гётеборг в марте 1806 года и, даже несмотря на то что привилегия просуществовала до 1821 года, фактически прекратила своё существование в 1813 году и более не возрождалась.

Кроме Ост-Индских почти во всех ведущих европейских государствах вскоре были образованы аналогичные компании и для торговли с Вест-Индией, хотя здесь ни одна из европейских стран так и не смогла сравниться с Испанией по количеству извлекаемой прибыли.

700-тонный 32-пушечный корабль «Мерчант Роял» («Королевский купец»), являлся торговым судном компании четырёх лондонских купцов. Он был построен в 1627 году и благополучно использовался для перевозки различных грузов между портами Атлантики. Три года судно успешно торговало с испанскими колониями в Вест-Индии — с 1637 по 1640 год. В этот период времени с Испанией был заключён относительный мир, поэтому «Королевский купец» и его партнёр «Дуврский купец» вышли из Кадиса в Лондон. Оба судна находились в плохом состоянии после долгого плавания.

В тот момент, когда «Королевский купец» должен был отправиться в Лондон, в порту Кадиса сгорело испанские судно, которое должно было перевезти деньги для 30 тысяч испанских солдат, расположенных во Фландрии. Капитан «Королевского купца» Лимбрей увидел в этом возможность обогащения. Он согласился доставить деньги в Антверпен по пути домой.

Какая именно сумма была погружена на борт, неизвестно. Сведения разнятся, но, по примерным подсчётам, это примерно 100 тысяч фунтов золота (примерно 1 миллиард долларов в современных ценах), 400 слитков мексиканского серебра (около 1 миллионов долларов) и около 500 тысяч песо и других серебряных монет.

«Королевский купец» со своим спутником покинул Кадис и взял курс на север. Переход к английским берегам оказался нелёгким. В море свирепствовали штормы, которые основательно потрепали корабли. 23 сентября 1641 года поблизости от мыса Ленде Энд у судна открылась сильная течь. В короткий промежуток времени весь трюм был залит водой. Вероятно, сказался износ корпуса. Моряки в отчаянии пытались откачать воду помпами и вёдрами, но это не помогло.

Осознав бесполезность усилий спасти судно, команда была вынуждена его покинуть. Гибель «Королевского купца» видели с «Дуврского купца», который находился в этот момент в 10 лигах от мыса Ленде Энд.

Капитан Лимбрей и 40 человек его экипажа сели в шлюпки и были приняты на борт «Дуврского купца», остальные 19 человек утонули.

История «Мерчант Роял» заинтересовала исследователей в конце 90-х годов XX века. Наличие множества свидетельств гибели судна, хотя и не столь точных, а также большая ценность находившегося на борту груза заинтересовала сразу несколько компаний, специализирующихся на подъеме со дна моря ценностей. Однако успех сопутствовал лишь одной — «Одиссей Марин Эксплорер».

Почти три года, в 2005—2007 годах исследовательские корабли компании прочёсывали морское дно в предполагаемом районе гибели «Мерчант Роял». 18 мая 2007 года компания объявила о том, что у мыса Ленде Энд её водолазы подняли более 500 тысяч монет весом 17 тонн, преимущественно серебряных, которые под охраной были доставлены во Флориду.

21 мая представители компании, основываясь на данных идентификации найденных монет и предметов, заявили, что, скорее всего, было обнаружено сразу два судна, затонувших в одном месте. Предположительно один из них — «Мерчант Роял».

Успехи компании «Одиссей» вызвали неоднозначную реакцию. Ранее компания имела проблемы с испанскими властями, наложившими запрет на исследование затонувшего линейного корабля «Сассекс». В данном случае с протестом выступил Совет по британской археологии, который осудил «варварские» раскопки, проводившиеся компанией.

В настоящее время дальнейшее исследование «Роял Мерчант» приостановлено.

Обслуживание флота и его экипажей было одной из главных проблем директоров Ост-Индской компании, как в Нидерландах, так и в Батавии. В начале XVII века большинство кораблей следовали в Азию и обратно, не имея возможности провести соответствующий ремонт и переоснащение.

После прихода в Батавию власти компании старались, по мере возможности, провести ремонт на кораблях, прежде чем отправить их в обратное плавание. На каждом судне, посылавшемся в Батавию, находилось большое количество различных ремонтных материалов — мачт, парусов, гвоздей, смолы и тому подобных материалов. Компания ввела ежегодные осмотры своего флота. Корабли в хорошем состоянии готовили для плавания в Европу. Корабли средней изношенности обслуживали торговые линии с Китаем, Японией, Индией, Аравией. Наиболее изношенные — перевозили товары на внутренних линиях колониальных владений. Несмотря на это, корабли по-прежнему гибли из-за их плачевного состояния. Пример тому — крушение яхты «Дельфин».

«Дельфин» отплыл из Сурата в Батавию 29 апреля 1663 года после загрузки ямса и писем. Спустя некоторое время после отплытия корабль оказался в очень плохом состоянии и начал нещадно протекать. Даже две помпы, запущенные на полную мощность, не справлялись с поступлением воды. Судно было вынуждено повернуть назад. Шкипер, старший боцман и констебль судна спустились в трюмы, чтобы осмотреть повреждения. После долгих поисков выяснилось, что течь находится около порохового погреба. Команда начала перетаскивать бочонки с порохом. Место течи было заделано.

30 апреля «Дельфин» снова вышел в море. Он прошёл мыс Святого Джона и вышел в открытое море. Однако в корпус по-прежнему поступала вода, и экипаж проводил большую часть дня за помпами. Долго так продолжаться не могло. Команда была измотала и роптала. 3 мая шкипер созвал совет офицеров для обсуждения сложившейся ситуации.

После достижения форпоста компании на побережье Индии «Дельфин» запросил помощи у торгового судна «Зандлет». По прибытии в порт у местных властей капитан запросил 20—25 местных жителей для работы на помпах в случае критического положения дел. Однако индусы запросили слишком высокую цену: одну пагоду (название местной валюты) в месяц, воду, дрова и рис без ограничений и шестимесячную предоплату. Поэтому судно отплыло, не получив помощи, но загрузив 32 тюка опиума для Кохинхины. «Дельфин» прибыл туда 10 мая с сильной течью, но на плаву. Очередная просьба о помощи была отклонена. Судну приказали следовать в Гале и там сообщить о положении.