Перенос транспортных путей ещё не означал установления полной безопасности испанских галеонов. Во второй половине XVIII века английские пираты и приватиры всё чаще заходили в южноамериканские воды именно для охоты за проходившими здесь испанскими парусниками.

Испанский галеон «Эль Пресиадо» был потоплен английскими пиратами возле Монтевидео в 1792 году. Согласно легенде, ирландский канонир по прозвищу Литл Ред запустил ядро прямо в его пороховой погреб, в результате чего галеон взорвался и ушёл на дно, оставив англичан без законной добычи. В гневе пираты казнили всех спасённых испанцев и высадили Литл Реда на острове Исла-де-Флорес с бутылкой пресной воды и несколькими рабами для компании.

О количестве погибших сокровищ ходили различные легенды. Одна из них гласила, что среди прочего груза на галеоне была статуя Девы Марии в натуральную величину из золота.

В 1935 году подводный спасатель МакКол заявил свои права на подъём ценностей с «Пресиадо», однако не добился результата. Вслед за ним попытки достать сокровища предприняли и другие кладоискатели, однако все они потерпели неудачу.

Только в 1992 году подводный исследователь Рубен Колладо и его команда нашли судно, схожее по своим габаритам с легендарным «Эль Пресиадо». Известие об этой находке вызвало серьёзный резонанс в обществе.

В результате подводных исследований со дна было поднято множество золотых монет, отчеканенных не позднее 1751 года, среди которых большинство было датировано 1748 годом. Это сделало теорию об обнаружении «Эль Пресиадо» несостоятельной, поскольку не соответствовало грузовым манифестам затонувшего судна по характеру груза и датировке. Оказалось, что подводные исследователи имеют дело с другим галеоном, потерпевшим крушение в более раннее время с грузом золота большой стоимости. Предположительно это была «Нуэстра Сеньора де ла Лус», погибшая в 1752 году в том же районе.

Таким образом, местонахождение сокровищ «Эль Пресиадо» до сих пор остаётся загадкой.

Одно из тех кораблекрушений, которые все еще остаются тайной, — это гибель «Юноны».

15 января 1802 года из мексиканского порта Веракруз вышли два испанских фрегата — «Амфитрина» и «Юнона». Их главной целью была перевозка ценного груза серебра в слитках и монетах, которые предназначались испанской казне. День выхода из порта был выбран явно неудачно. Оба парусника попали в сильнейший шторм, в результате которого «Амфитрина» лишилась всех парусов, а у «Юноны» была сломана мачта. Оба фрегата были вынуждены остановиться в Сан-Хуане на острове Пуэрто-Рико.

Во время ремонта власти получили известие о том, что в Пуэрто-Рико направляется испанское военное судно, которое должно было доставить солдат и их семьи в Испанию. Путь в Испанию через Карибское море был долгим, однако позволял испанским кораблям, направлявшимся из Африки, избежать встречных течений и ветров, которые господствовали вдоль африканского побережья. «Юноне» и «Амфитрине» предстояло забрать этих дополнительных пассажиров и доставить их в Кадис.

1 октября, спустя почти десять месяцев после выхода из Веракруз, фрегаты вновь взяли курс к родным берегам. К тому моменту у них на борту располагалось более тысячи пассажиров. Однако очередной выход в море снова оказался неудачным. Непогода препятствовала благоприятному плаванию. Через неделю южнее Бермудских островов два фрегата потеряли друг друга из виду. «Амфитрина» продолжила свой путь на восток, а «Юнону», под командованием капитана Хуана Игасио Бустильо, отнесло на северо-запад, к побережью США.

День за днем «Юнона» оказывалась перед лицом жестких северо-восточных ветров. В трюме открылась течь, и моряки изо всех сил откачивали воду ручными помпами, выбрасывая за борт ненужный груз, чтобы облегчить судно. Фрегат продолжал следовать вдоль восточного побережья Северной Америки, чтобы найти удобную и безопасную бухту для ремонта. Однако волнение на море не позволяло приблизиться к берегу, а сильный ветер и волны ломали такелаж и рангоут судна.

Утром 24 октября появилась надежда. Американская шхуна «Фаворит» ответила на призыв о помощи, заметив флаг бедствия на мачте «Юноны». Американцы согласились сопровождать её.

В течение следующих двух дней два судна дрейфовали к северу вдоль восточного побережья. Ночью 27 октября погода ухудшилась, и «Фаворит» потерял из виду «Юнону».

На рассвете следующего дня капитан и команда американской шхуны не смогли найти никакого следа «Юноны». 425 человек, находившихся на борту, и ценный груз исчезли навсегда. Как выяснилось позднее, «Юнона» во время своего фатального рейса перевозила от 10 до 23 тонн серебра.

Сегодня место крушения «Юноны» по-прежнему остаётся тайной, хотя известно, что приблизительный район гибели располагается к востоку от залива Делавэр.

В начале XIX века морская торговля Испании в Тихом океане и Карибском море переживала упадок, вызванный резкой конкуренцией со стороны Англии, Франции, Голландии, Соединённых Штатов и других стран. Тем не менее перевозки на линии Манила — Акапулько продолжались.

В 1802 году неповоротливое торговое судно «Ферроленьо», нагруженное предметами роскоши, направилось в Мексику. «Ферроленьо» принадлежало к классу «урка». Судно вышло из Манилы в начале сентября и направилось вдоль южного берега Китая. Спустя несколько недель, в ночь на 15 сентября, тайфун бросил «Ферроленьо» на рифы Каучи в сотне миль от Гонконга и разнёс в щепки.

29 моряков погибли, оставшиеся в живых попали в руки китайских властей, которые передали их на британское судно. Несмотря на то что спасение пришло быстро, 850 тысяч серебряных песо пошли на дно в прибрежных водах Китая.

Одним из последних манильских галеонов, погибших на пути в Новую Испанию, был «Эсперанса».

В июне 1806 года очередной галеон — «Магеллан» отправился в Акапулько. Это было довольно старое и изношенное судно, что немедленно отразилось на его состоянии. Не успел «Магеллан» достичь пролива Сан-Бернардино, как в корпусе образовалась течь, настолько сильная, что о продолжении плавания не могло быть и речи. Капитан принял решение возвращаться для ремонта в Манилу.

Понимая, что задержки с получением грузов не вызовут особого восторга у короля и в Торговой палате Испании, губернатор Манилы приобрёл за 50 тысяч песо у дона Педро Уета галеон «Эсперанса», который спешно был переоборудован в торговое судно.

14 ноября 1806 года «Магеллан» с трудом вошёл в манильскую бухту. На нём немедленно были начаты ремонтные работы, а практически весь груз перемещён на борт «Эсперансы».

11 декабря, после завершения погрузки, «Эсперанса» вышел из манильской бухты и взял курс на юг, чтобы зайти на Замбоанг. Изначально плавание проходило успешно, но 14 декабря возле острова Панагатан-Кейс галеон на полном ходу налетел на не отмеченный на картах риф, который просмотрели впередсмотрящие. Получив пробоину, корабль быстро затонул.