С 1932 по 1933-й год Исаков работает старшим преподавателем кафедры стратегии и оперативного искусства ВМА, где подготовил курс лекций «Десантная операция», по которым успешно были… провалены операции по десантированию морских пехотинцев под Керчью, в Южной Озерейке и др., о которых речь будет вестись ниже… Курс был одобрен как учебник! Затем им был разработан курс лекций «Операции подводных лодок», превращенный совместно с А. П. Александровым (Анатолий Петрович Александров, физик-ядерщик, будущий президент Академии наук СССР, академик, лауреат Ленинской, Сталинских и Государственных премий, трижды Герой Социалистического Труда) и В. А. Белли (советский ученый ВМА) в первый том капитального труда. Благодаря этой «фундаментальной работе» подводники-черноморцы героически несли… многочисленные потери подводных лодок вместе с экипажами в борьбе с одной-единственной (!) подлодкой румынского флота в 1941–1944 годах. И об этом также пойдет речь.

«Ученый» Исаков разрабатывал труд «Операция японцев против Циндао», задуманный, как он признавался, еще в командировке на Тихий океан в 1933 г. Он также опубликовал в «Морском сборнике» работу «Беломорско-Балтийская водная магистраль», в которой показывал значение водного пути для страны, выполняя заказ наркомата внутренних дел, как очень активный пособник этой организации. И, конечно, все это способствовало его назначению в мае 1933 г. начальником штаба экспедиций особого назначения ЭОН-1, созданной для переброски боевых кораблей с Балтийского флота в Баренцево море для создания Северной флотилии. Затем он возглавил ЭОН-2; и в 1934 г. доблестный труд Исакова оценен орденом Красной Звезды. После чего он получил назначение возглавить штаб Балтфлота. Но в 1935 г., реально столкнувшись с делами и проблемами флота, теоретические основы которого он закладывал своей «научной деятельностью» в стенах советской Военно-морской академии, он вдруг проявил чудовищную некомпетентность и беспечность в качестве начальника штаба. Так хотел с детства «рулить» флотом, что игнорировал любые флотские традиции и законы здравого смысла.

Находясь на мостике линкора, Иван Степанович, вопреки статьям Корабельного устава, запрещающего кому бы то ни было вмешиваться в действия командира корабля (вначале отстрани командира, затем назначь кого-либо, или себя назначь, и неси ответственность за корабль и экипаж), он потребовал от командира совершить маневр, а командир проявил слабохарактерность перед вышестоящим начальством, и в результате… под винтами гигантского корабля погибла своя подводная лодка «Б-3». Правда, был распущен слух, что эту преступную глупость совершил какой-то большой начальник из Москвы, а вот Исаков… благородно принял вину на себя. Правда, это не помогло, – Исакова сняли с должности. Иван Степанович был возвращен на преподавательскую работу как командир, не оправдавший высокого доверия партии на второй должности на флоте.

В конце 30-х годов он подготовил очерк о германском морском генеральном штабе. В 1936 г. выпустил книгу «Операция японцев против Циндау в 1914 г.»; материалы этой книги легли в основу диссертации на соискание ученой степени кандидата военно-морских наук… Затем еще дважды издавался сей труд, с дополнениями, говорившими о том, «как малые силы способны сдерживать значительно большие при хорошо организованной обороне приморской крепости». Только грамотно у него это происходило на бумаге. А вот довелось на практике адмиралу Исакову в бытность заместителем главкома Северо-Западного направления по морской части организовать переход кораблей Балтийского флота из Таллинна в Кронштадт и он их вместе с вице-адмиралом Трибуцем… уничтожил почти все! А затем, в должности заместителя главкома Юго-Западного направления по морской части, организовывая оборону Севастополя в 1941–1942 гг., вместо того, чтобы проявить военную мудрость, он быстренько ретировался под пальмы и кипарисы мирного Туапсе. Правда, вряд ли «малыми силами» можно было считать согнанную под Севастополь почти 350-тысячную группировку моряков и солдат, а под Керчь – 500-тысячную группировку трех армий! Однако в свете этого станет очевидным, какова «выдающаяся научная роль светила военно-морской науки в борьбе с крупными силами противника» – 11-й армией генерала фон Манштейна, насчитывавшей в своих рядах немногим более 75 тысяч (!) личного состава, да и пока армия дошла до Перекопа и Севастополя, она понесла значительные потери, которые возмещались вышедшими из госпиталей солдатами и офицерами вермахта, но число ее все время находилось в пределах 70–80 тысяч человек. Как вам такая расстановка сил?!

Как известно, Исаков составил Боевой устав морских сил (БУМС-37), «который, – как утверждают и по сей день так наз. историки, – служил флоту до конца войны, как и подготовленное группой Исакова наставление по ведению морских операций». Это «наставление» применялась в сражениях ЧФ под командованием вице-адмирала Октябрьского всю военную кампанию на Черном море, и оттого моряки терпели провал за провалом.

…1937-й был крайне тяжелым для советского флота в силу арестов. А вот Исаков уже в следующем, 1938 г., за свою верную службу Сталину и партии был не расстрелян, а награжден орденом Ленина. Правда, в постановлении ВЦИК было сказано, что награжден он «в связи с 20-летием РККА и РККФ, за проявленные доблесть и самоотверженность в боях с врагами Советской власти, за выдающиеся успехи и достижения в боевой, политической и технической подготовке кораблей, частей ВМФ». Только вот Исаков в боях не участвовал, и их не организовывал, а воевал с врагами советской власти в тесном сотрудничестве с органами НКВД, сдавая своих коллег по службе в подвалы Лубянки. В этом же, видать, выражались его доблесть и самоотверженность. В том, 1938 году ему присвоили звание флагмана 1-го ранга (что соответствует военно-морскому званию вице-адмирал). И наградили медалью «XX лет РККА». А высшая аттестационная комиссия Всесоюзного комитета по делам высшей школы при Совнаркоме утвердила его доцентом, т. е. присвоила ученое звание доцента.

В 1938 г. Исаков стал членом Главного военного совета ВМФ и заместителем наркома ВМФ. Он курировал вооружение и кораблестроение, одновременно руководя Военно-морской академией.

В феврале 1939 г. Исаков был командирован в США с целью изучения американского судостроения (но это всего лишь официальная версия… ведь в СССР так и не создали таких кораблей, как у американцев). Участвовал в переговорах в Эстонии и Латвии об организации ВМБ на Балтике. Во время войны с Финляндией был главным морским начальником на Балтийском флоте, и, находясь на линкоре «Марат», координировал действия сил флота с сухопутными войсками. (Это ведь важный опыт координации; а ведь он ярко проявит свой «талант координатора» на ЧФ!) Деятельность Исакова за тот период была оценена очередным орденом – орденом Красного Знамени, «…за образцовое выполнение боевых заданий командования и проявленные при этом доблесть и мужество».

Почти перед самой войной – в 1940-м году ВАК утвердил Ивана Степановича Исакова в ученой степени кандидата военно-морских наук; он был переаттестован в воинское звание вице-адмирал с присвоением очередного звания – адмирал. А с началом боевых действий был назначен заместителем главнокомандующего и членом Военного совета Северо-Западного направления, т. е. стал заместителем Маршала Советского Союза К. В. Ворошилова.