Из всех сыновей Чингиз-хана, что первым отметил В. В. Бартольд, Чагатай был единственным, имя которого стало: 1) официальным термином для обозначения среднеазиатского монгольского государства; 2) названием кочевников, составлявших конную силу «Чагатайского государства»; 3) а также названием сложившегося в Средней Азии в эпоху Тимуридов тюркского литературного языка.

По Рашид ад-Дину, у Чагатая было восемь сыновей. Он еще при жизни, с согласия великого хана, назначил своим преемником Кара-Хулагу, самого старшего из детей своего старшего сына Мутугена, павшего в битве под Бамианом, на Гиндукуше, в 1221 г. После смерти великого хана Угедея и кончины Чагатая положение Монгольской империи осложнилось. Начался смутный период пятилетнего междуцарствия, в течение которого в роли правителя оставалась вдова Угедея, Туракина. На курултае 1246 г., вопреки воле Угедея, назначившего другого наследника, великим ханом был провозглашен Гуюк, старший сын Угедея, отличавшийся, как передает Джувайни, необузданно грубым и неумолимо жестоким характером. По приказу Гуюка в Чагатайском улусе Кара-Хулагу был низложен, и на престол в среднеазиатских владениях монголов возведен личный друг нового великого хана, Есу-Мунке, сын Чагатая, при котором всеми улусными делами заведовала его жена Тукаши. После кратковременного царствования Гуюка (1246–1248) началась борьба за власть, и потомки Джучи и Тулуя, совершив своеобразный переворот, в 1251 г. провозгласили главой империи старшего сына Тулуя Мунке.

Приход к власти нового великого хана начался с кровавой репрессии; царевичи из рода Чагатая и Угедея, обвиненные в заговоре против Мунке, были частью умерщвлены, частью изгнаны. Чтобы учинить погром в улусах мятежных Чингизидов, Мунке отправил на запад войско, которое должно было соединиться с отрядами Джучидов, расположившихся в местности между Каялыком и Отраром. По прибытии войска великого хана все улусные военачальники, заподозренные в сочувствии заговорщикам, были казнены. Формально эти улусы, однако, продолжали существовать; вдова Гуюка оставалась в его орде на Эмиле, а правительницей Улуса Чагатая, с согласия великого хана, стала Оркына, вдова скончавшегося незадолго перед этим Кара-Хулагу, дочь Туралчи-гургена из племени ойрат. В 1254 г. она, как владетельница Улуса Чагатая, встретила в Алмалыке войско Хулагу, брата великого хана, которому было суждено завоевать Иран, Ирак, уничтожить династию Аббасидских халифов и образовать новое Монгольское государство в Передней Азии. Фактически вся империя была поделена между потомками Тулуя и Джучи, и вместо господства всего ханского рода, как это было в царствование Угедея, теперь наступило двоевластие. Граница между сферами влияния великого хана Мунке и главы Улуса Джучи (Бату), по свидетельству Вильгельма де Рубрука, проходила в степи между реками Талас и Чу.

В 1260-х гг. единству Монгольской империи был нанесен окончательный удар. После смерти Мунке в 1259 г., последовавшей во время похода на Китай, произошла борьба за престол между двумя его братьями, и в 1260 г. были одновременно провозглашены два великих хана: Ариг-Буга в Монголии, в Каракоруме, и Хубилай в Китае, Кайпине. Став ханом, Хубилай поспешил отправить в Семиречье царевича Абишку с тем, чтобы он убил Оркына-хатун и стал правителем Улуса Чагатая; однако по дороге в Алмалык царевич был перехвачен воинами Ариг-Буги, который отдал приказ его убить. Со своей стороны Ариг-Буга отправил на запад внука Чагатая, Алгуя, выдав ему «ярлык быть государем Чагатаева улуса и охранять те рубежи от войска Кубилай-каана» (Рашид ад-Дин. Т. 2. С. 97). Алгуй должен был заботиться также о подвозе провианта и необходимых товаров для войска из Туркестана в Монголию.

Решительный и энергичный Алгуй в короткое время подчинил своей власти все бывшие родовые владения своего деда, отвоевал у Берке, хана Золотой Орды, Отрар и даже захватил Хорезм и северную часть Афганистана, раньше никогда не принадлежавшие дому Чагатая. Действуя сначала от имени Ариг-Буги, он потом открыто восстал против него и повсюду выступал как самостоятельный государь. Ариг-Буга вступил в борьбу с ним, но после некоторых успехов потерпел поражение и покинул Семиречье. Алгуй женился на Оркына-хатун и, как государь среднеазиатских владений монголов, утвердил Масуд-бека правителем оседлых областей Чагатайского улуса. Ариг-Буга подался в Монголию, потерпел там поражение от своего брата Хубилая и в 1264 г. сдался ему. Ханом всей империи был объявлен Хубилай, но только номинально: Хулагу в Персии, Берке во владениях Джучидов и Алгуй в Улусе Чагатая были фактически независимыми государями. По мнению В. В. Бартольда, Алгуя можно считать «основателем самостоятельного монгольского государства в Средней Азии»[92].

После смерти Алгуя в 664/1265–1266 г. создалась иная обстановка. Весной 1266 г. на берегу Ангрена, по рассказу Джамала Карши, ханом Чагатайского улуса, без назначения со стороны великого хана, был провозглашен сын Кара-Хулагу и Оркына-хатун, Мубарак-шах. Царствование его было непродолжительным. Осенью того же года (данные источников о хронологии этих событий очень противоречивы) он потерпел поражение от правнука Чагатая, Барака, и вынужден был поступить к нему на службу в качестве начальника барсгиев (придворных охотников). Ханом среднеазиатских владений монголов был провозглашен в Узгенде Барак. Он в свою очередь должен был подчиниться внуку Угедея, Хайду, пользовавшемуся поддержкой Джучидов. Низложенный Барак-хан до своей кончины (ум. 1271) оставался главой чагатайских царевичей, но верховная власть в Улусе перешла от дома Чагатая в руки потомков Угедея, и вся страна контролировалась военными отрядами двадцати четырех сыновей Хайду.

При Хайду (1269–1301) государство среднеазиатских Чингизидов, как самостоятельная политическая единица, Получило свое окончательное оформление. Весной 1269 г. на берегу Таласа состоялся курултай, на котором было создано в Средней Азии полностью независимое от великого хана государство под владычеством Хайду. Пределы этого государства то расширялись, то сужались в зависимости от военных успехов или неудач. В последние годы правления Хайду оно включало в свой состав в северном Афганистане земли от Бадахшана до берегов Мургаба, на Сырдарье граница проходила северо-западнее Дженда и Узгенда. В Восточном Туркестане часть территории была утеряна, и она перешла во владение великого хана Хубилая. Судя по тому, что Чапар, старший сын Хайду и его преемник на среднеазиатском престоле, был провозглашен ханом на Эмиле, в коренных владениях своих предков, границы между Улусами Чагатая и Угедея не были четко установлены.

С Хайду, одним из самых выдающихся представителей рода Чингизидов, суровым воином и расчетливым политиком, связано следующее повествование. У него было двадцать четыре сына и несколько дочерей. Одну из дочерей звали по-монгольски Хутулун-Чаха, а по-тюркски — Ай-Ярук (Блеск Луны). Хайду любил ее больше всех своих детей, царевна отвечала отцу взаимностью и стремилась во всем походить на него. Привычки у нее были, как у юноши, сообщается в источнике. Ай-Ярук была женщиной-воином, лихой всадницей, принимала участие в походах и совершала ратные подвиги, пользовалась у отца большим уважением и была ему подмогой. «Не было в целом царстве ни юноши, ни витязя, кто мог бы ее побороть; побеждала она всех. Отец хотел выдать ее замуж, а она этого не желала, и сказала, что не выйдет замуж, пока не сыщется такой витязь, кто победил бы ее. Да и не диво, — восклицает Марко Поло, — была она красиво сложена, высокая да плотная, чуть-чуть не великанша» (Марко Поло, с. 214–215). В народе распространился слух о противоестественных отношениях между отцом и дочерью. Чтобы покончить с этими пересудами, Хайду выдал дочь за своего главного стольника по имени Абтакул, который отличался храбростью, высоким ростом и красотой. Царевна Ай-Ярук сама выбрала Абтакула в мужья и родила ему двух сыновей.