9 января 1349 года в Базеле всю еврейскую общину в составе нескольких сотен человек сожгли в деревянном здании, специально построенном для этой кошмарной цели на одном из островов на Рейне, после чего местные власти издали распоряжение, запрещавшее евреям селиться в Базеле в течение двухсот лет. В Страсбуре городской совет, выступавший против преследования евреев, был смещен по инициативе городских гильдий, а на его место избрали другой, призванный считаться с народным негодованием действиями евреев. В феврале 1349 года, еще до того как чума появилась в городе, евреи Страсбура, насчитывавшие две тысячи человек, были сожжены на костре (за исключением тех, кто принял христианство).

Появились у евреев и другие враги — флагелланты, религиозные аскеты-фанатики, подвергавшие себя самобичеванию ради искупления грехов. Их движение на почве религиозного фанатизма приняло характер массового психоза и распространилось по Европе подобно чуме. Флагелланты считали себя спасителями и истязали до крови свои тела, чтобы испытать на себе страдания Христа на кресте и тем самым искупить человеческие грехи и заслужить новый шанс на благодатное развитие человечества.

Группами от двухсот до трехсот человек (а иногда, по словам хронистов, числом около тысячи) флагелланты шествовали из города в город, бичуя себя кожаными хлыстами с острыми железными наконечниками. Процессия сопровождалась призывами к милосердию Иисуса Христа и Девы Марии и возгласами «Боже, пощади нас!» и немедленно собирала толпу, заливавшуюся слезами от сострадания и сочувствия. Эти группы давали своеобразные представления неизменно три раза в день — два раза на людях на площади перед церковью и один раз в своем тесном кругу. Под руководством предводителя из мирян флагелланты объединялись в диковинные товарищества обычно на срок в тридцать один с половиной день, тем самым как бы инсценируя срок земной жизни Христа.

В течение этого срока флагеллантам не разрешалось тратить на свое содержание больше четырех пенсов в день; им запрещалось мыться, стричься, менять одежду, спать в постели, вступать в связь с женщинами. Что касается женщин, то запрет на общение с ними был, вероятно, не слишком жестким, поскольку позднее флагелланты стали устраивать оргии, сочетавшие самоистязание с сексом. Кроме того, еще до времен, когда флагелланты начали устраивать подобные оргии, женщины входили в их группы, шествуя позади. Но если женщина или священнослужитель вмешивались в процесс самобичевания флагеллантов, наказание за грехи считалось непринятым и к нему надлежало приступить сызнова. Движение флагеллантов носило, по существу, антиклерикальный характер, ибо они брали на себя роль посредников с Богом.

Движение это зародилось в Германии, а затем распространилось в Нидерландах, во Фландрии, в Пикардии. Сотни групп флагеллантов шествовали из города в город, вызывая всеобщее возбуждение и утверждая, что без них «все христианство ожидает вечная смерть». Их повсюду благоговейно встречали, звонили в колокола, устраивали у себя на ночлег, приводили к ним на лечение хворых детей. Люди марали свою одежду их кровью, прикладывали к глазам, а затем хранили как предмет поклонения. Постепенно в ряды флагеллантов стали вливаться рыцари и светские дамы, священники и монахини, а их процессии стали украшать расшитые золотом флаги, изготовленные экзальтированными особами.

Возомнив о своей значимости, флагелланты стали противодействовать церкви. Их предводители присвоили себе право исповедовать грешников, отпускать им грехи или налагать епитимью, что не только уменьшило доходы священников, но и стало открытым вызовом церковным властям. Священников, пытавшихся воспрепятствовать, флагелланты побивали камнями, подстрекая толпу следовать их примеру. Флагелланты врывались в церкви, срывали службы, грабили алтари, убеждали людей в своей способности изгонять злых духов и воскрешать мертвых. Движение, поначалу стремившееся спасти мир от гибели, теперь рвалось к власти, чтобы взять верх над церковью.

Церковники, а с ними и состоятельные миряне стали опасаться за свою собственность. Император Священной Римской империи Карл IV обратился к Клименту VI с просьбой запретить движение флагеллантов, но в то время, когда мир, казалось, находится на краю гибели, принять решение о пресечении инициативы людей, утверждавших, что они действуют под влиянием озарения, ниспосланного Богом, было довольно трудно. Несколько кардиналов в Авиньоне выступили против усмирения флагеллантов.

Тем временем флагелланты отыскали себе врагов. Ими стали евреи. Войдя в очередной город, флагелланты разоряли еврейский квартал, в чем им помогали местные христиане, получившие возможность свести счеты с «отравителями колодцев». Во Фрайбурге, Аугсбурге, Нюрнберге, Мюнхене, Кенигсберге и Регенсбурге евреи подверглись полному истреблению. В Вормсе в марте 1349 года евреи в количестве четырехсот человек, чтобы не погибнуть от рук врагов, сами сожгли себя, укрывшись в своих домах. Во Франкфурте-на-Майне еврейская община поступила таким же образом, что вызвало пожар в городе. В Кельне городской совет, следуя аргументации папы, пояснил, что евреи умирают от чумы равно, как и христиане, но флагелланты собрали толпу из «тех, кому терять нечего», и разгромили весь еврейский квартал. В Майнце, где проживала самая большая еврейская община в Европе, ее члены организовали самозащиту и убили около двухсот нападавших. Однако это сопротивление привело к взрыву ярости христиан, и они перешли в новое, более мощное наступление. Евреи отступили и запалили свои дома. В тот день — 24 августа 1349 года — в Майнце погибли шесть тысяч евреев. В том же году три тысячи евреев были уничтожены в Эрфурте.

Впрочем, на точность данных хронистов средневековья полагаться не стоит. Некоторое число евреев приняло христианство и спасло свою жизнь. Кроме того, известно, что часть евреев нашла убежище у Рупрехта Пфальцского и у кое-кого из других европейских правителей. Так, Альберт Австрийский, двоюродный дедушка Ангеррана VII, принял эффективные меры для защиты евреев на своей территории. Последние вспышки насилия над евреями произошли в декабре 1349 года в Брюсселе и Антверпене. К тому времени церковь все же осудила действия флагеллантов, и муниципальные власти перестали пускать их в города. В октябре 1349 года Климент VI издал буллу, повелев арестовывать флагеллантов, а Парижский университет пришел к заключению, что никаким особым благорасположением Бога флагелланты не пользуются. Филипп VI запретил движение флагеллантов, и их деятельность в конце концов прекратилась.

Евреи, бежавшие в Восточную Европу, стали возвращаться на прежние места проживания. В 1365 году еврейская община в Эрфурте насчитывала восемьдесят шесть семей. Евреи возвращались и в другие западноевропейские города, но их первоначальное процветание прекратилось. Изгнаниями, конфискациями, аннулированием долгов по предоставленным евреями ссудам еврейский денежный капитал был вытеснен из крупного ростовщичества в мелкое. Евреи стали ссужать деньгами почти исключительно крестьян и ремесленников. Это мелкое ростовщичество еще более разжигало неприязнь простолюдинов к евреям, чем крупное ростовщичество, непосредственно их не касавшееся.

Как изменилась жизнь европейского населения после чумы? Пережив неисчислимые бедствия и ни с чем не сравнимый страх, европейскому обществу следовало сделать определенные выводы и изменить свою жизнь, но ничего радикального не случилось. Арендаторы Брутонского приорства в Англии даже платили приору посмертный сбор (гериот), что позволило монастырю за несколько месяцев приобрести пятьдесят голов крупного рогатого скота. Стоит сказать, что хронисты средневековья отметили: после чумы изменились правила нравственности, но изменения эти оценили по-разному. Симон де Ковино посчитал, что чума оказала губительное воздействие на мораль, отрицательно сказавшись на добродетели. А вот Жиль ли Мюизи пришел к мысли, что произошло укрепление нравственности, ибо люди, предпочитавшие раньше внебрачные связи, теперь стали вступать в брак, а игра в кости сделалась настолько непопулярной, что производители вместо них стали выпускать четки.