Однако монахи проигнорировали его предупреждение и продолжили поддерживать других даймё. И далее рассказ описывает последовавшую за этим расправу:

Хотя это деяние постоянно припоминают как пример свирепости Нобунаги, его десятилетняя борьба с Икко-икки в провинциях Этидзэн и Кага, во время которой он десятками тысяч уничтожал членов храма Хонгандзи, приверженцев школы Истинной веры Чистой земли, была еще более кровавой и жестокой. Террор Нобунаги закончился предательством одного из его военачальников, Акэти Мицухидэ. В июне 1582 года Мицухидэ, получив приказ вести армию на запад, вместо этого атаковал самого Нобунагу, который отдыхал в это время в храме Хоннодзи в Киото. Нобунага со своим наследником, старшим сыном Нобутадой, был вынужден совершить самоубийство в Хоннодзи — вот каким было кармическое воздаяние вождю, уничтожившему столько храмов. О том, почему Мицухидэ стал предателем, существует множество теорий, но ни одна из них не имеет достаточных подтверждений: одни считают, что Нобунага его унижал; другие — что он мстил за казненную мать; третьи — что он был марионеткой в руках Хидэёси или Иэясу.

В истории Нобунагу часто изображают жестоким тираном, при этом он отлично управлял страной: под его началом ускорилось экономическое развитие, поскольку он урезал права гильдий, начал выпускать стабильную валюту, строил корабли и дороги и поддерживал международную торговлю. К моменту смерти Нобунаги под его властью находилось 30 из примерно 60 провинций Центральной Японии, включая города Киото, Осаку и Сакаи. Задачу объединения страны продолжит его вассал Тоётоми Хидэёси.

Происхождение Хидэёси неясно, однако, вероятнее всего, он был сыном пехотинца, выходца из крестьян провинции Овари. При Нобунаге он был прислужником, носителем сандалий, однако вскоре благодаря своему стратегическому уму дослужился до руководящих постов. На его счету множество важных военных кампаний. Наголову разбив войска Мицухидэ, чтобы отомстить за смерть Нобунаги, а после устроив своему погибшему господину роскошные похороны, Хидэёси подтвердил свой статус преемника правителя страны. Он разбил одного за другим тех вассалов Нобунаги, которые не спешили признавать его власть, и вследствие череды завоеваний к 1585 году получил контроль над островом Сикоку, а к 1587 году — над островом Кюсю. Провинции, принадлежавшие Го-Ходзё из Одавары, последней мощной независимой силе восточного региона Канто, были захвачены в 1590 году. Хидэёси отдал эти внутренние восточные районы в управление своему мощному союзнику и одновременно сопернику Токугаве Иэясу, который построил собственную крепость на месте рыбачьей деревушки Эдо (ныне Токио).

Последние земли, не затронутые объединением, лежали далеко на севере. Там продолжались кровопролитные бои. Хидэёси построил туда новую дорогу, по которой переводил свои могучие армии вассалов-даймё. Местные даймё, соглашавшиеся признать власть Хидэёси, сохраняли свои земли; у тех же, кто противился, отбирали угодья. Даймё должны были согласиться на три условия: посылать своих жен и детей в Киото в качестве заложников; уничтожить все свои крепости, кроме одной, которую следовало превратить в свою резиденцию; предоставить опись подвластных земель. Заставляя северных даймё подчиниться себе, Хидэёси также объяснил их вассалам, что теперь всякая власть здесь обеспечивается центральной властью, а не происходит напрямую от местных даймё. Даймё потеряли статус независимых региональных правителей и были интегрированы в национальное государство.

Хидэёси провел несколько важных реформ для централизации своей власти: например, издал указ «об охоте за мечами» в 1588 году и систематизировал земли и налоговые схемы. Эти и другие меры наряду с переселением даймё и разрушением крепостей в провинциях были в небольших масштабах начаты еще Нобунагой, но Хидэёси применил их на территории всей страны. Второй великий объединитель осознавал, что его положение будет шатким, если дзидзамураи останутся вместе с войсками на своих местах. Некоторые из них могут поднять бунт и сбросить того даймё, который присягнул на верность Хидэёси. Чтобы избежать этого, он переселил воинов из их деревень в города-крепости (дзёкамати) под непосредственный присмотр своих даймё. Согласно указу, эти самураи не могли потерять принадлежность воинскому сословию, равно как и сменить себе господина, что позволяло вассалам Хидэёси сохранить их войска в целости. Будучи сам крестьянского происхождения, Хидэёси тем не менее запретил переход в высшее воинское сословие из других классов, ограничив таким образом круг сословия только членами и потомками заслуженных самурайских семей. Также он запретил разрешать частные споры при помощи оружия, показывая этим, что только хозяин страны имеет власть судить на всей своей земле.

Дзидзамураи, не желавшие переселяться, переходили в крестьянское сословие и прикреплялись к собственной земле и деревне. В 1588 году такие воины были массово разоружены: у них конфисковали мечи, кинжалы, луки, копья, ружья и другие виды оружия. Тем самым Хидэёси лишил сословие сельских воинов-землевладельцев средств для вооруженного восстания, а ношение оружия превратилось в привилегию исключительно самурайского сословия. Взамен он обещал жителям мир, безопасность и счастье даже в будущих жизнях, поскольку металл их оружия после переплавки превратится в огромную статую Будды.

Отделение земледельцев от воинов было частью более крупного социального разграничения. Хидэёси установил четыре сословия: самураи, крестьяне, ремесленники и торговцы — две последние категории вместе назывались тёнин, горожане. Тем самым он заложил основы для еще более жесткого социального деления периода Токугава. Как крестьяне к деревням и самураи к крепостям, тёнин были приписаны к своим городам. В целом возможности социальной мобильности, открытые для всех в период Сэнгоку, были совершенно уничтожены. Дальнейший режим Токугава еще более ужесточил правила и урезал возможности для каждого сословия.