В годы Великой Отечественной войны пограничные войска претерпели существенные оргштатные перестройки. За это время войска приняли 180 497 человек нового пополнения. Из состава погранвойск было передано в действующую Красную Армию, ВМФ, ВВС и в войска НКВД 211 758 человек. В пограничных войсках по состоянию на 1 сентября 1944 года из кадрового рядового и сержантского состава сроком службы до 22 июня 1941 года всего было лишь 28 процентов[143].

Основная часть откомандирований личного состава погранвойск и формирование частей и соединений действующей Красной Армии имело место в 1941–1942 годах. Общая численность всех откомандированных за годы войны составила свыше 82 тысяч, т. е. более 52 процентов общей (списочной) численности пограничных войск на первый день войны. А всего из состава погранвойск непосредственно в боях в армейских, флотских и авиационных частях и соединениях участвовало 113,7 тысячи воспитанников пограничных войск[144].

Вот наиболее крупные откомандирования из состава пограничных войск. В порядке выполнения общего мобилизационного плана пограничные войска НКВД передали Военно-Морскому флоту в состав Северного флота — 1-й Северный отряд пограничных судов и дивизион 4-го Архангельского погранотряда, общей численностью 1051 человек. В состав Краснознаменного Балтийского флота вошли 1-й и 2-й Балтийские отряды пограничных судов, дивизион катеров на острове Ханко, 5-я морская школа старшинского состава и морской порт с общей численностью 3266 человека. В состав Черноморского флота были переданы 1, 2, 3-й черноморские отряды пограничных судов, два дивизиона судов Новороссийского погранотряда, 1-я морская школа старшинного состава и учебный отряд с общей численностью 3314 человек. В состав Каспийской флотилии вошли 1-й Каспийский отряд пограничных судов и 2-я морская школа старшинского состава общей численностью 1304 человека. В ВМФ также были переданы: военно-морское училище НКВД в г. Ленинграде численностью 1092 человека, 6, 7 и 10-й отдельные авиаэскадрильи и отдельное авиазвено погранвойск, а на Дальнем Востоке — Владивостокский, Хабаровский и Петропавловский порты со всем оборудованием и личным составом.

В состав Военно-Воздушного флота была передана 11-я отдельная авиаэскадрилья Прибалтийского пограничного округа.

Всего по мобплану передано в состав ВМФ 12 211 человек, 469 пограничных судов, из них одиннадцать сторожевых кораблей, 810 катеров, 47 вспомогательных судов и 101 судно, находящееся к моменту передачи в постройке[145].

В июне 1941 года на ГУПВ НКВД была возложена задача формирования пятнадцати стрелковых дивизий для последующей передачи в действующую Красную Армию. Дивизии в основном формировались на базе Московского военного округа, призывной контингент поступал из шести военных округов. Костяк дивизий составил офицерский, сержантский и рядовой состав пограничных войск. Всего было выделено 7500 человек, из них 2100 офицеров. Командование всех пятнадцати дивизий в своем абсолютном большинстве — это пограничники или воспитанники границы. В период 16–26 июля 1941 года все дивизии были переданы для усиления фронтов.

По решению Государственного Комитета Обороны (ГКО) от 17 июля 1941 года для обеспечения оперативных мероприятий особых отделов НКВД в составе погранвойск НКВД охраны тыла ДКА было сформировано четыре отдельных стрелковых батальона, тринадцать отдельных стрелковых рот и восемьдесят отдельных стрелковых взводов общей численностью в 5000 человек.

В декабре 1941 года по просьбе Военного совета Юго-Западного фронта НКВД сформировал одну дивизию, на ее формирование было выделено из состава погранвойск охраны тыла этого фронта 6500 человек.

По постановлению ГКО от 14 октября 1942 года на НКВД было возложено формирование Отдельной армии, ставшей позже 70-й общевойсковой армией. Формирование проходило и за счет погранвойск. Так, 6,27 и 28-й стрелковые полки формировались в г. Хабаровске за счет выделения личного состава из Приморского и Хабаровского погранокругов. Дивизия стала 102-й Дальневосточной. Одна дивизия в составе 45, 46 и 100-го полков была сформирована в г. Чите за счет личного состава погранвойск Забайкальского и частично Приморского погранокругов. Дивизия стала 106-й Забайкальской. В Ташкенте прошло формирование 162-й Средне-Азиатской дивизии в составе 19, 109 и 122-го полков за счет личного состава Туркменского, Средне-Азиатского и Казахского погранокругов. Всего на формирование трех стрелковых дивизий и органов тыла Армии было выделено 28 444 человека, из них 1783 офицера, 4722 сержанта[146].

Пограничники составляли примерно чуть больше одной трети состава 70-й армии, поэтому ее считать «пограничной» можно, конечно, условно. Кроме 102, 106 и 162-й дивизий в состав 70-й Армии входили и другие соединения. Так, еще в ходе Курского сражения в 1943 году она включала 280, 175, 140 и 132-ю дивизии. Да и в скомплектованных из личного состава погранвойск соединениях были как артиллерийские полки, минометные батальоны, так и другие специальные части, подразделения, укомплектованные в основном из непограничников. По ходу развития военных действий 70-я армия, в свою очередь, изменяла свой состав, в том числе из нее выходили пограничные дивизии. 102-я сд уже во второй половине августа 1943 года передается в состав 48-й армии и уже больше никогда до конца войны в состав 70-й армии не входила.

В 1943 году в состав 6-го авиационного корпуса Московского фронта ПВО передается 1-й истребительный авиационный полк пограничных войск НКВД. Всего передано 147 человек и 26 самолетов.

На начало 1943 года всего было передано из состава пограничных войск (по мобплану) в ДКА 69 692 человека, в том числе 5386 офицеров[147].

5 января 1942 года, в соответствии с постановлением Государственного Комитета Обороны, организуются гарнизоны войск НКВД в городах, освобожденных Красной Армией от противника[148]. В них также вошли пограничники. Большая работа проводилась подразделениями погранвойск по розыску сбитых самолетов противника и их экипажей. Специальным приказом НКВД СССР № 0350 была создана специальная группа во главе с генерал-майором Г. А. Петровым[149]. В целях показа сбитых самолетов трудящимся Москвы была организована выставка на площади имени Свердлова. Все сбитые самолеты фотографировались, и снимки в увеличенном виде выставлялись в витринах. Здесь же помещались фотографии вражеских парашютистов и диверсантов, захваченных бойцами истребительных батальонов и населением. Погранвойска принимали участие в организации и эвакуации материальных ценностей из угрожаемых районов. Выполняли они и некоторые другие задачи. Все специальные формирования НКВД в основном комплектовались на базе пограничных войск и обеспечивались до апреля 1942 года руководством со стороны ГУПВ НКВД. Организация политической работы в них возлагалась на Политуправление войск НКВД.