Дзержинский со своими сопровождающими стал осматривать каждую комнату. В это время в штабе Попова проходило внеочередное совещание членов ЦК партии левых эсеров. Наконец, Спиридонова решила, что хватит играть с Дзержинским в казаков-разбойников. Она направила к нему двух членов ЦК Прошьяна и Карелина, которые и сказали:

— Феликс Эдмундович, не стоит вам искать Блюмкина. Граф Мирбах убит им по постановлению ЦК нашей партии и, соответственно, всю ответственность берёт на себя ЦК.

Дзержинский едва заметно вздрогнул, глянул в ту комнату, откуда вышли Прошьян с Карелиным, и увидел там практически весь состав ЦК ПСЛР: Спиридонову, своего заместителя Александровича, Трутовского, Черепанова, Фишмана, Камкова.

— Хорошо, тогда я объявляю арестованными вас, — Дзержинский посмотрел на Прошьяна с Карелиным.

К ним было направились чекисты Трепалов и Беленький. Но эсеры, вместо того, чтобы проследовать за чекистами Дзержинского, быстро укрылись в комнате штаба, откуда прошли в другую комнату. Дзержинский пошёл за ними, но его не пустили часовые матросы с винтовками с примкнутыми штыками.

— Извините, товарищ Дзержинский, у нас приказ никого из посторонних сюда не пускать.

— Это я, председатель Всероссийской чрезвычайной комиссии Дзержинский, здесь посторонний?

И тут вперёд решительно шагнул Дмитрий Попов:

— Товарищ Дзержинский, сдайте оружие.

Дзержинский обежал взглядом чекистов и с горечью воскликнул:

— Неужели вы позволите, чтобы какой-то господин разоружил меня, председателя Чека, в отряде которой вы состоите?!

Но едва он это произнёс, как на него накинулись чекисты-левые эсеры, схватили его за руки и обезоружили.

Однако Дзержинский, на удивление, ничуть не потерял самообладания. Он пришёл в ярость от такого поворота событий и обратился к Попову:

— Вам что, советская власть не нравится?

— Нет! Мы не против советской власти, но такой, как теперь, не хотим. Теперешняя власть — соглашательская шайка во главе с Троцким и Лениным, которые довели народ до гибели и почти ежедневно производят аресты и расстрелы рабочих. Если теперешняя власть не способна, то мы сделаем, что можно будет выступить против германца.

Дзержинский понял, что этих ребят не переубедить. И он решил идти ва-банк.

— Отдайте мне ваш револьвер!

— Зачем? — опешил Попов.

— Я вас расстреляю как изменника!

После небольшой паузы, чекисты рассмеялись от этих слов. Дзержинский, тем временем, взял себя в руки и уже спокойно продолжил:

— Разве так делают восстания? На вашем месте я расстрелял бы себя немедленно. Ну, чего же вы медлите? Вы — подлые трусы и изменники!

— У вас были октябрьские дни, у нас июльские, — вышла к Дзержинскому Спиридонова. — Мир сорван и с этим фактом вам придётся считаться. Мы власти не хотим, пусть будет так, как на Украине. Мы пойдём в подполье, пусть немцы займут Москву.

— И с чехословаками нам теперь не придётся воевать, — добавил Попов.

Позже Дзержинский признавался, что ему никогда не было так тяжело, как в этот день. Угнетало его и то, что он так опростоволосился, понадеявшись, на свой характер и на то, что в чекистском отряде не посмеют поднять руку на своего начальника. Но расстреливать его не стали. В тот момент ни Попов, ни его соратники не хотели проливать лишней крови.

Вслед за Дзержинским был арестован Мартын Лацис, назначенный временным председателем ВЧК, председатель Моссовета Смидович и ещё 27 коммунистов. Так началось восстание левых эсеров.

Узнав об аресте Дзержинского со товарищи, власти взяли под стражу всю левоэсеровскую фракцию съезда Советов, всего около 350 человек, включая и их лидера, Марию Спиридонову. Их арестовали прямо в зале заседания, в Большом театре. Слабые попытки левых эсеров протестовать против незаконного ареста, почему-то чрезвычайно развеселили Ленина и он в весёлом запале, хлопая себя по коленкам, воскликнул:

— Дайте, дайте Спиридоновой брому!

Когда об этом узнал Попов, он решил действовать. Вспыльчивый матрос-балтиец не задумывался о своих действиях, чутьё подсказывало ему верный путь.

— За Марию, — воскликнул Попов — я снесу пол-Кремля, пол-Лубянки, пол-театра!

Его отряд открыл беспорядочный артиллерийский огонь по Кремлю, но, к счастью, большого вреда снаряды исторической крепости не нанесли.

В то же время небольшой отряд во главе с левым эсером Василием Лихобадиным, членом ЦИК Всероссийского почтово-телеграфного союза, захватил здание Главного телеграфа, что было гораздо серьёзнее. По всей стране за подписью Лихобадина пошли телеграммы следующего содержания: "Всякие депеши за подписью Ленина, Троцкого, Свердлова, а равно и депеши, направленные контрреволюционными партиями правых социалистов-революционеров и социал-демократов меньшевиков, ненавистников Советской власти, и белогвардейцев, кадетов и монархистов, провоцирующих левых социалистов-революционеров, задерживать, признавая их вредными для Советской власти вообще и правящей в настоящее время партии левых эсеров в частности...".

Общее количество вооружённых сил левых эсеров в Москве насчитывало порядка двух тысяч человек.

Большевики бросили против левых эсеров свыше пяти тысяч человек, главную ударную силу которых составляли красные латышские стрелки во главе с Вацетисом. Руководство операцией по подавлению мятежа взял под личный контроль сам Ленин, обозвавший левоэсеровских лидеров в своём обычном стиле "безголовыми интеллигентами-истериками, оказавшимися пособниками белогвардейцев, помещиков и капиталистов". Утром, 7 июля латыши заняли телеграф. Из пушек они обстреляли здание штаба Попова в Трёхсвятительском переулке. К полудню всё было кончено, мятежники разоружены. Вечером того же дня к зданию, где располагался штаб заговорщиков, подъехали Ленин с Крупской. Любопытства ради. Ленину, безусловно, убийство Мирбаха пришлось весьма кстати — он использовал его, чтобы разгромить партию левых эсеров, как наиболее сильных оппонентов большевизма.

Следствие было проведено оперативно. И уже через день В. Кингисепп и Е. Розмирович подписали ЗАКЛЮЧЕНИЕ Следственной комиссии при ВЦИК, гласившее:

"Рассмотрев следственное производство:

1) по делу М.А. Спиридоновой, Голубовского, Майорова, Карелина, Камкова, Черепанова, Фишмана, Прошьяна, Магеровского и Трутовского по обвинению их:

а) в составлении тайного заговора для вовлечения Российской Советской Федеративной Социалистической Республики путём убийства германского посла графа В. Мирбаха в войну с Германией вопреки воле подавляющего большинства рабочих и беднейших крестьян, выраженной 5-м Съездом Советов;

б) в попытке путём вероломства, лжи и клеветы и вооружённого выступления свергнуть Рабоче-Крестьянское Правительство, творящее волю большинства Советов рабочих, крестьянских, красноармейских и казачьих депутатов, и захватить власть.