Князь Дмитрий Александрович Оболенский был директором комиссариатского департамента. Как и Бутаков, после своего назначения он рьяно занялся борьбой со злоупотреблениями в Морском министерстве. Между тем по результатам работы комиссии, созданной Бутаковым, на основании его доклада последовали жёсткие меры: «за злоупотребления и беспорядки по поставке провианта и мундирных материалов в магазины Черноморского интендантства» предали военному суду группу лиц: контр-адмирала Швенднера, семь штаб-офицеров, четырёх чиновников и двух купцов, имевших почётное гражданство. В результате Швенднера исключили из службы, часть офицеров разжаловали в матросы, лишили боевых орденов. Со всех взыскали стоимость имущества и продовольствия, оставив просто нищими. Ниточка, как выражаются авторы детективов, потянулась к ещё более крупным фигурам, в частности к адмиралу Метлину. Оболенский, в отличие от Бутакова, был опытным юристом.

Его комиссия подтвердила выявленные злоупотребления, но, как выяснилось в процессе его работы, виновными оказались совсем другие лица. Бутаков стал жертвой хорошо продуманной интриги настоящих преступников. Григорий Иванович не мог с этим согласиться: кому хочется так попасть впросак. Неудивительно, что Бутаков упорно настаивал на своей версии.

В донесении генерал-адмиралу он обвинил столичную комиссию в необъективности. Однако с ним не согласился Константин Иванович Истомин, председатель ещё одной, военно-судной, комиссии, назначенной для разбора «злоупотреблений, обнаруженных по интендантской части Черноморского управления». Попал в дурацкое положение и Константин, поторопившийся доложить царю непроверенные сведения.

Конечно, Швенднер, как обер-интендант, отвечал за всё происходившее в его службе, но доказательств того, что он сам участвовал в хищениях, не было. Бутаков, ознакомившись с результатами работы комиссий, написал прошение об отставке, но его рапорт был оставлен без внимания. Зато пришёл неожиданный выговор от великого князя за «неприличную придирчивость и неисполнение его воли» в деле о разборе севастопольских развалин. Об отставке с ним и разговаривать не стали. Авторитет Григория Ивановича у Константина и у царя в результате всей этой интендантской истории не рухнул, но трещина появилась, и не малая. Сохранилась запись: «Поставлено контр-адмиралу Бутакову на вид, что ему не следовало представлять начальству о контр-адмирале Швенднере и бывшем полковнике Трофимовском, как о главных виновниках в допущениях приёма от поставщиков недоброкачественного провианта, не имея для такового обвинения надлежащего основания, и когда по закону они не подлежали ответственности за означенный ущерб. Вследствие этого обвинения Швенднер и Трофимовский неправильно были подвергнуты аресту, и на имущество сих лиц неправильно было наложено запрещение…» Без вины виноватыми оказались также надворный советник Зимницкий, мещанин Скобликов и поселянин Выкрестенко, поскольку «причастность этих лиц к поставкам от почётного гражданина Киреевского не была обнаружена». Наверно, не очень приятно было потом Бутакову встречаться с ошельмованными им людьми. В довершение всех неприятностей имелось ещё одно обстоятельство, которое цепляло самолюбие молодого адмирала. Началась деятельность Русского общества пароходства и торговли. В мае отправился в первый рейс пароход «Дон». От правительства общество получило огромный кредит, ему предоставили на двадцать лет ежегодные субсидии. По приказу генерал-адмирала для службы на пароходах направили 126 морских офицеров и несколько сот матросов из состава Черноморского флота. В случае войны пароходы предполагалось быстро вооружить и использовать в качестве крейсеров. С командами занимались боевой подготовкой. Получалось, что полувоенная должность председателя пароходного общества капитана 1-го ранга Аркаса значила гораздо больше, чем должность заведующего морской частью контр-адмирала Бутакова Когда я писал об этих неприятностях Григория Ивановича, то в голове возникли строки из замечательного стихотворения Андрея Дементьева:

Винить в своих бедах Бутакову нужно было только себя самого, сказались его стремительное восхождение по служебной лестнице и отсюда — административная незрелость. Не только безуспешной войной с казнокрадами занимался в тот год Бутаков. Он пытался бороться и с некоторыми традициями на флоте. До войны командиру судна, идущего за границу, предоставлялось право выбрать себе старшего офицера и ревизора (офицера, ведающего хозяйством на корабле).

Бутаков нарушил негласную традицию, поставив право выбора кандидатов командиром, в зависимости от результатов смотра судна, вернувшегося из крейсерства у берегов Кавказа. Он ввёл порядок: получил командир замечание — лишился этого права. Восторга это нововведение на флоте не вызвало. Что касается офицеров, то, по мнению Бутакова, на заграничное плавание могли претендовать только отличившиеся в шлюпочных гонках либо знающие иностранные языки и окончившие с отличием Морской корпус или Штурманское училище. Сам он, как мы помним, в Морском корпусе успехами особенно не блистал. Григорий Иванович также во всеуслышание заявил, что назначать офицеров в заграничное плавание по чьим-либо просьбам не будет. Конечно, просьбы родителей, родственников и покровителей назначить для службы за границей чьё-нибудь чадо не прекратились, но Бутаков, по его собственным словам, решительно им отказывал. Как там было на самом деле, достоверно неизвестно. Думаю, без исключений всё же не обошлось. Принципиальность самого Григория Ивановича тоже давала слабину, когда касалось его собственных родственников. Брат Алексей застрял на Сырдарье и надеялся, что Григорий, занявший такую высокую должность, поможет оттуда выбраться. По его письмам чувствуется, как там всё ему осточертело. В письме Алексея Ивановича, которое Григорий получил 26 января 1857 года, есть грустная строчка, являющаяся, в сущности, упрёком: «… Грицко, вот и декабрь на дворе, а мы всё здесь…»

Григорий Иванович делал всё от него зависящее, чтобы вытащить брата из Средней Азии. Он использовал все свои связи, обратился за помощью к севастопольцу, боевому товарищу, Виктору Илларионовичу Васильчикову, который после войны занял важный пост директора канцелярии военного министерства. Но князю Васильчикову удалось «пробить» только командировки Алексею в Петербург и за границу. Брату Владимиру Григорий помог получить назначение командиром парохода «Прут» на Чёрном море.

В том году в Петербурге наконец-то собирались вместе три брата Иван, Алексей и Григорий. Но хотя Алексей был самый старший, у него после фамилии стояла цифра 2, у Ивана — 3, а у Григория — 1. Далеко обошёл он своих братьев, те всё ещё носили погоны капитан-лейтенантов, а он был уже контр-адмирал. Братьев принял наследник цесаревич, пригласил их на обед. После этого Григория Ивановича буквально засыпали приглашениями на обеды и балы. Среди желающих видеть Бутакова было много видных сановников империи, например президент Академии наук граф Дмитрий Николаевич Блудов. Поскольку Григорий Иванович получил звание генерал-адъютанта, то ему пришлось дежурить во дворце, что позволило лишний раз пообщаться с царём, что было также неплохо для служебного роста