Лейтенант Красовский, художник, которому Григорий Иванович добился разрешения учиться в Риме, писал, что жить не на что, нужны деньги для существования, и просил, либо не увольнять его со службы до 1863 года, либо дать ему за пятнадцатилетнюю службу какое-нибудь содержание или пенсию. В кипе бумаг, требовавших ответа, лежали письма вице-директора кораблестроительного департамента Александра Павловича Жандра и петербургских чиновников, которые предлагали кандидатуры своих людей на должности в Черноморское управление Контр-адмирал Сергей Степанович Нахимов ходатайствовал о денежном пособии для дочери подполковника корпуса морской артиллерии Луговского. Подполковник вернулся домой с войны инвалидом с нищенской пенсией, учить дочь было не на что. Таких бумаг Бутаков получал каждый день целые пачки.

А сколько неприятностей доставил ему игумен Евгений, настоятель Херсонесской церкви, который добивался выделения дополнительных участков земли для подворья Херсонесской обители! Священник был хитрым и нахрапистым человеком. Сначала он встретился с Амалией Арсеньевной. Жена Григория Ивановича так вошла в свою роль, что стала вмешиваться в служебные дела мужа. Она имела глупость пообещать игумену выделение земли, принадлежавшей флоту. Бутаков до такой степени под каблуком у жены не находился и наотрез отказал священнику. Обозлённый отказом игумен настрочил жалобу управляющему морским министерством, не преминув сообщить о «разрешении» от жены Бутакова, что, конечно, вызвало веселье в Морском министерстве. Но, мало того, игумен лживо обвинил морских офицеров в краже «церковных» мраморных плит. Бутакову пришлось объясняться и оправдываться, хотя все моряки знали, что именно попы нагло разворовывали то, что оставалось от Херсонеса, и вели незаконные раскопки.

Жаловалась брату — военному губернатору и родная сестра Вера, недавно вышедшая замуж, на то, что её обокрали. Бутаков вспоминал, как вначале у него голова шла кругом от всех этих просьб и жалоб, но потом освоился и стал, как положено чиновнику, реагировать прежде всего на бумаги, поступавшие из Петербурга. Контр-адмирал стал забывать, что просил перевода, уходить уже не хотелось, освоился, попривык и даже вошёл во вкус. Поэтому долгожданный приказ о переводе к новому месту службы стал для него неожиданным Администратором Григорий Иванович оказался неважным, хотя сам он так не считал. По поводу полученного приказа он высказался в письме к Амалии Арсеньевне так: «Меня хватили по лбу в январе 1860 года именно потому, что приобрёл нерасположение сволочи, хотя был очень популярен между дельными и правдолюбивыми людьми». А вот что записал в своём дневнике великий князь Константин: «20 января 1860… имел длинный разговор с Ламбертом о механизмах “Осляби”, “Богатыря” и “Пересвета”. Потом с Бутаковым о том, что я беру его из Чёрного моря сюда, что он вовсе не так принял, как я полагал». Видимо, великий князь искренно считал, что он осчастливил Бутакова. Но тот вместо своего хозяйского положения на Чёрном море становился одним из многих на Балтике. Так чему тут радоваться! Но думаю, что в отношении нечистых замыслов великого князя Григорий Иванович заблуждался. Скорее всего это были интриги Краббе. Кого Григорий Иванович считал сволочью, он так и не уточнил. Но жене, наверно, сказал.

Для пользы дела Константин решил заменить Бутакова на Богдана Александровича Глазенапа, опытного высокообразованного моряка, имевшего неплохой опыт управления Архангельским портом. Передав в апреле дела, Бутаков попросил Краббе одного из своих двух денщиков отправить в экипаж, а второго, видимо, более надёжного, Лазаря Емельянова, оставить «при багаже» в Николаеве у отца. Экономный контр-адмирал не собирался кормить денщика за свой счёт и попросил с 1 мая отпускать для этой цели провиант и прочее причитающееся своему отцу, вице-адмиралу в отставке.

Пересылкой вещей Бутаковых в Петербург занимался отец Амалии, врач Арсений Рожественский.

Амалия в том году родила сына и жила в Остаповке, где за ней ухаживали мать и сестра Григория Ивановича. Амалия Арсеньевна, сообщая мужу последние сплетни, не преминула отметить, что и его собственная сестра Надежда не очень хорошо к ней относится. Надежда Ивановна, сестра Бутакова, вышла замуж за его адъютанта, лейтенанта Николая Дмитриевича Скарятина. Своему зятю Григорий Иванович сначала выхлопотал командировку в Англию и Францию, а затем тот полтора года командовал шхуной и пароходом. В 1861 году, опять-таки с его помощью, Скарятина отправили на три года изучать металлическое судостроение в Англии и Франции. Николай Дмитриевич судостроение изучил и… попросился в отставку, он хотел перейти на службу в РОПиТ. Возмущению Краббе не было предела, которое он потом высказал Бутакову. Но это мы немного отошли в сторону. Григория Ивановича назначили начальником практической эскадры винтовых кораблей и младшим флагманом Балтийского флота. И хотя это было для него понижение по службе, Бутаков снова почувствовал себя в своей тарелке.

Теперь он занимался привычным для себя делом, к тому же с плеч свалилась масса обязанностей, к которым у него не лежала душа. Да и в деньгах, а этот вопрос для Григория Ивановича был немаловажным, впрочем, как и для большинства людей, он тоже выиграл. Как младшему флагману, ему платили, помимо жалованья, морские столовые деньги. В практическую эскадру входили пять винтовых кораблей, один фрегат, два корвета и колёсный пароходо-фрегат. Состав эскадры иногда менялся. Конечно, ему ещё не доводилось командовать таким большим количеством боевых судов (о качестве их мы пока не говорим), поэтому предстояло самому научиться очень многому. Но в своё время у него были неплохие учителя на Чёрном море. Прежде всего, требовалось освоить район плавания, исследовать шхерные фарватеры. В этом деле он первооткрывателем не был, но неточностей на картах оставалось ещё много, исследования требовалось продолжать дальше, чем Бутаков и занялся, благо, опыт он получил большой в лейтенантские годы.

В боевой подготовке Григорий Иванович использовал принцип состязательности, который наблюдал у своих знаменитых учителей. Он распространил его на артиллерийские стрельбы, маневрирование судов, физическую подготовку матросов и офицеров. Без сомнения, как человек, интересовавшийся всем новым, особенно в морском деле, он прекрасно понимал, что суда, которыми командовал, безнадёжно устарели. Но в случае войны пришлось бы воевать тем, что имелось, а не тем, что хотелось, поэтому он делал всё, что, с его точки зрения, готовило моряков к будущим военным действиям. Чтобы более эффективно использовать артиллерию, он обучал командиров судов выполнять маневры в составе эскадры.

Все корабли по своим морским качествам и техническим характеристикам отличались друг от друга. Наверно, дрессировщику в цирке было легче, чем адмиралу, научить командиров действовать синхронно. Неизвестно, как бы всё это происходило в реальном бою, но на показных учениях маневры выглядели очень эффектно. Осенью за успехи в обучении команд практической эскадры Бутакова наградили орденом Св. Станислава 1-й степени с мечами. Боевыми орденами в мирное время награждали тех, кто когда-то отличился во время войны. Вообще, как в царское, так и в советское время достаточно было занять определённую должность, чтобы родина не забывала исправно награждать своих высокопоставленных сынов. «Внеплановые» награды получали, если человек действительно совершал что-то из ряда вон выходящее. Радости получения награды сопутствовало некоторое огорчение: с пожалованных орденами офицеров полагался единовременный денежный взнос на богоугодные дела, например за орден Св. Станислава 1-й степени требовалось внести 120 рублей серебром. Григорий Иванович не только учил своих подчинённых действиям в мирное время и во время войны, он занимался также и патриотическим воспитанием.