Нужно было учитывать также усложнившийся порядок военного управления. Как отмечал позднее Сергеевский (письмо к В.М. Алексеевой-Борель от 19 августа 1966 г.), «…при принятии крупного боевого решения (в особенности наступательного) решающими являются мнения трех лиц: 1) Генерала, командующего всей вступающей в бой массой войск (в данном случае — Верховного Главнокомандующего), 2) его Начальника Штаба (в данном случае — генерала Алексеева) и 3) Генерала, исполняющего боевой приказ (в данном случае того Главнокомандующего армиями фронта, до которого относится боевое решение). Итак, Генерал, Начальник Штаба, Исполнитель. Право и долг решения принадлежит исключительно Генералу (то есть Государю Императору Николаю П. — В.Ц.). Начальнику Штаба принадлежит только право совета и разработка принятого Генералом решения. Исполнитель может быть спрошен о его мнении, а затем обязан беспрекословно повиноваться. Это основы современного управления боем».

Поэтому отношения Главковерх (Верховный Главнокомандующий) — Наштаверх (Начальник штаба Верховного Главнокомандующего) не могут строиться иначе как на полном обоюдном доверии. Иначе успеха не будет. Первоначальные опасения Алексеева в том, что на новой должности его ждут весьма напряженные отношения с Государем Императором, на деле не оправдались. Напротив, следовало бы отметить не только практически полное совпадение взглядов Николая II и Алексеева на проблемы фронта, но и примечательное совпадение их характеров. Дежурный генерал при Ставке П.К. Кондзеровский писал: «Что же касается отношения Государя к Алексееву во внеслужебной обстановке, то оно было исключительно хорошее. Его Величество называл его по имени и отчеству и всегда был к нему внимателен. Мне казалось, что и генерал Алексеев платил Его Величеству тем же». Правда, подобное доверие возникло не сразу, но довольно скоро. Исправление нескольких ошибок в составлении казенных бумаг и телеграмм, допущенных Главковерхом, неоспоримый опыт организации делопроизводственной практики и боевой работы, имевшийся у начальника штаба, привели к тому, что Николай II полностью «передоверил» Алексееву («моему косоглазому другу») не только всю «бумажную» часть деятельности, но и всю стратегическую и оперативно-тактическую работу. Оба чуждались суеты «высшего света» и стремились к сосредоточенной, слаженной работе. Оба были чужды интригам, не верили слухам и домыслам, распространяемым столичными придворными и политиками. Обоих объединяли военное дело и любовь к военному искусству. По воспоминаниям Бубнова, «Государь всецело вверил сие руководство (военное. — В.Ц.) генералу Алексееву, никогда не оспаривая его решений и не настаивая на своих идеях, даже тогда, когда эти идеи — как, например, в босфорском вопросе — были правильнее идей Алексеева».

Проявилась и еще одна черта, сближавшая Главкома и его начальника штаба, — это глубокая православная вера, искренняя, не показная набожность. О. Георгий Шавельский вспоминал, что Алексеев всегда отличался «аккуратным посещением воскресных и праздничных всенощных и литургий. В штабной церкви, за передней правой колонной у стены, в уютном, незаметном для богомольцев уголку был поставлен аналой с иконой, а перед ним положен ковер, на котором все время на коленях, отбивая поклоны, отстаивал церковные службы, являясь к началу их, генерал Алексеев. Он незаметно приходил и уходил из церкви, незаметно и простаивал в ней. Молитва церковная была потребностью и пищей для этого редкого труженика, поддерживавшей его в его сверхчеловеческой работе».

В этой связи важно отметить, что за время войны Михаилу Васильевичу неоднократно преподавались благословения иконами со стороны иерархов Русской православной церкви. Так, но воспоминаниям митрополита (в те годы архиепископа Волынского) Евлогия (Георгиевского), летом 1914 г., в первые же дни после начала военных действий в Житомир прибыли генералы Иванов и Алексеев. Перед чудотворным образом Пресвятой Богородицы Почаевской был отслужен молебен. Архиепископ Евлогий благословил «воина Николая» и «воина Михаила» иконами. Весьма примечательно и то, что молебны проходили в дни особого молитвенного почитания почаевских святынь: 23 июля, в праздник Почаевской иконы Божией Матери, и 15 августа, в праздник Успения Пресвятой Владычицы нашей Богородицы и Приснодсвы Марии. По воспоминаниям митрополита Евлогия, в эти дни австро-венгерские войска пытались захватить г. Владимир-Волынский, который оборонялся всего лишь одним 68-м Лейб-пехотным Бородинским полком. До подхода резервов полк удерживал город против вчетверо превосходящих сил противника. Так, с Божией помощью началась победоносная Галицийская битва.

Затем, в ноябре 1915 г., в Ставке Михаилу Васильевичу в день именин была передана икона архистратига Божия Михаила. Летом 1916 г. от архиепископа Тобольского и Сибирского Варнавы (Некропина), известного монархиста, члена Русского собрания, Михаилу Васильевичу было преподано благословение «древней иконой» Пресвятой Богородицы Знамение (возможно, список с Абалакского чудотворного образа Божией Матери). Важным событием в начале Брусиловского прорыва стал молебен и крестный ход, связанные с принесением в Могилев и благословением Ставки иконой Пресвятой Богородицы Владимирской (28—29 мая 1916 г.): «Накануне праздника Святой Троицы в Царскую Ставку доставлена по Высочайшему Его Императорского Величества повелению из Московского Успенского собора Чудотворная икона Владимирской Божией Матери». Государь Император и Наследник Цесаревич встречали крестный ход, идущий от городского вокзала к зданию Ставки и вместе с участниками крестного хода (среди которых был и Алексеев) прошли в церковь штаба Верховного Главнокомандующего. Здесь для поклонения был поставлен чудотворный образ. А 30 мая, в день Святого Духа, по окончании Божественной литургии, совершенной в церкви штаба, перед чудотворной иконой был отслужен благодарственный молебен «за ниспосланные российскому воинству победы». О. Георгий Шавельский, «обратившись к воинским частям, произнес слово, затем в Высочайшем присутствии был отслужен перед иконой молебен с провозглашением многолетия Царствующему Дому, всероссийскому воинству и воинству союзных стран и вечной памяти павшим воинам». Все чины штаба Ставки участвовали в торжественных богослужениях.

В душевной жизни Михаил Васильевич, как уже отмечалось выше, часто стремился к поддержке, искал сочувствия в сложных жизненных проблемах, в моменты смятения, когда было «тяжело на душе». Эта черта характера проявлялась и в переписке с супругой, и в совместной работе с генералом Ивановым, и с Государем. Грешные «срывы» в критические минуты хотя и были редкими и короткими, но все же не показывали наличия у Михаила Васильевича «стальных нервов» (а многие ли мирские люди могли ими гордиться?). Весьма характерные эпизоды отмечал в своих воспоминаниях помощник московского градоначальника, полковник В.И. Назанский: «Генерал Алексеев пользовался полным Его (Николая II) доверием, и они дружно работали все время; Государь давал указания, и начальник штаба Алексеев исполнял их с полным вниманием и не раз говорил близким лицам, что очень не любит, когда Его Величество покидает Ставку и оставляет его одного. “С Государем гораздо спокойнее. Его Величество дает указания, столь соответствующие боевым стратегическим задачам, что разрабатываешь эти директивы с полным убеждением в их целесообразности. Государь не волнуется. Он прекрасно знает фронт и обладает редкой памятью. С ним спелись. А когда уезжает Царь, не с кем и посоветоваться — нельзя же посылать телеграммы о всех явлениях войны за каждый час. Посылаешь только о главнейших событиях. Личный доклад — великое дело…”»