К 10 часам утра Михаил Васильевич лично просматривал все донесения, полученные с фронтов за предыдущий день. По его мнению, доклад Главкому должен был быть максимально информативным (хотя бы и продолжительным), чтобы Николай II имел полное представление о положении на фронте, а также «чтобы у Государя не было даже мысли о том, что от него что-то скрывают». В первой, «информационной», «военно-стратегической» части доклада, содержавшей чтение донесений о положении всех 14 русских армий и 4 фронтов и указаний на крупномасштабной карте фронта, участвовали дежурный штаб-офицер Генерального штаба и (обязательно) генерал-квартирмейстер М.С. Пустовойтенко, занимавший при Алексееве аналогичные должности на Юго-Западном и Северо-Западном фронтах и переведенный в Могилев также по его инициативе. Во время второй части доклада, содержавшей «обсуждение произошедшего, принятие решений, назначения, рассмотрение важнейших государственных вопросов», анализа общего состояния внутренней и внешней политики, Алексеев оставался наедине с Государем, и содержание этих бесед не знал никто. Правда, иногда это удавалось сделать Лемке, который попросту подслушивал доклады Алексеева Государю через дверь и непрочную комнатную перегородку. По его оценке, Михаил Васильевич «очень ясно и громко читает по заранее заготовленному конспекту; Царь переспрашивает и интересуется не делом, а мелочами, фамилиями близких и т.п. Доклад делается Алексеевым в присутствии Пустовойтенко только в первой, оперативной части, а потом тот выходит и ждет конца, чтобы вместе с начальником штаба проводить Царя вниз». В половину первого пополудни начинался завтрак, после которого наступало время приема Государем прибывших из Петрограда министров, высокопоставленных чиновников. Прием продолжался до трех часов, после чего Николай II отправлялся на прогулку и возвращался к штабным делам после шести часов вечера.

На основании подготовленных Алексеевым материалов составлялся, при необходимости, обобщенный доклад, с которым Государь выступал уже от своего имени. Борисов, также переведенный в Ставку Главковерха (хотя и на малозначимую должность «генерала для поручений»), отмечал, что Алексеев «в области оперативной работы отлично знал, что Государь привык в торжественные минуты воспроизводить заранее установленную и обсужденную тему, а не действовать по импровизации, по вдохновению. Так, на совещаниях собираемых в Ставке Главнокомандующих фронтов Алексеев всегда просил меня подрабатывать заранее, по мере хода совещаний, материал для того резюме-заключения, которое Государь как Верховный Главнокомандующий произносил в последнем совещании». По воспоминаниям Брусилова, во время совещания 1 апреля 1916 г., на котором обсуждались перспективы наступлений фронтов, в том числе будущего Брусиловского прорыва, Николай II «прениями не руководил, а обязанности эти исполнял Алексеев. Царь же все время сидел молча, не высказывал никаких мнений, а, по предложению Алексеева, своим авторитетом утверждал то, что решалось прениями Военного Совета и выводы, которые делал Алексеев».

Пустовойтенко и Борисов вполне подходили на роль помощников Алексеева, незаменимых там, где это было нужно самому Михаилу Васильевичу. Хотя влияние Борисова постоянно уменьшалось, в частности, из-за весьма настороженного отношения к нему со стороны супруги Алексеева, приезжавшей в Ставку Анне Николаевне представлялось, что Борисов, имевший репутацию «левого», «либерального» человека, способен повредить репутации се мужа. Что касается Пустовойтенко, то злые языки в Ставке, переделавшие его фамилию в «Пустоместенко», были, очевидно, недалеки от истины в том плане, что Михаил Васильевич постоянно стремился «брать на себя» решение всех, даже самых незначительных, вопросов штабной работы. По мнению о. Георгия Шавельского, это являлось отрицательной чертой характера генерала: «У генерала Алексеева был один весьма серьезный недостаток. В деле, в работе он все брал на себя, оставляя лишь мелочи своим помощникам. В то время, когда сам он поэтому надрывался над работой, его помощники почти бездельничали. Генерал-квартирмейстер был у него не больше как старший штабной писарь. Может быть, именно вследствие этого Михаил Васильевич был слишком неразборчив в выборе себе помощников: не из-за талантов — он брал того, кто ему подвернулся под руку, или к кому он привык. Такая манера работы и такой способ выбора были безусловными минусами таланта Алексеева, дорого обходившимися прежде всего ему самому. Они сказались и на выборе генералом Алексеевым себе помощников для работы в Ставке».

Схожая оценка давалась этому качеству Верховским. Алексеев «не доверял своим помощникам и все телеграммы, приходящие в Ставку, прочитывал лично». «Человек потрясающей работоспособности», он «на каждой телеграмме» писал своим «бисерным почерком длиннейшие резолюции», которые затем рассылались Пустовойтенко по адресатам. Хотя еще в 1914 г. при выборе генерал-квартирмейстера Алексеев ставил на первое место Дитерихса, а Пустовойтенко — на последнее, для четкого, своевременного исполнения поручений своего начальника он вполне подходил. В отношении Борисова считалось, что он нужен как человек, обладавший «большим военным образованием и оригинальным умом». «Алексеев искал в нем то, что ему самому так не хватало — яркую оперативную мысль. Но он боялся ее и ни одного из планов Борисова не привел в исполнение, хотя советовался с ним». Следует отметить, что Алексееву действительно удалось поднять значение должности Начальника штаба Главковерха на значительно большую высоту, но сравнению с его предшественниками и преемниками, что позволяло более успешно контролировать весьма разностороннюю жизнь Ставки.

Но в отдельных случаях Наштаверх, не ожидая очередного прихода Государя в здание квартирмейстерской части, сам, «надев шашку», уходил после завтрака в губернаторский дом для согласования тех или иных вопросов. Генерал Деникин, называвший Алексеева «фактическим руководителем Вооруженных сил Русского государства», отмечал: «Такая комбинация, когда военные операции задумываются, разрабатываются и проводятся признанным стратегом, а “повеления” исходят от верховной — и притом самодержавной — власти, могла быть удачной». При этом, правда, он подчеркивал весьма показательный психологический момент: «Государь не имел достаточной властности, твердости и силы характера, и генерал Алексеев, по тем же причинам, не умел “повелевать именем Царя”».

Наверное, можно было бы согласиться с мнением, что «настоящим Верховным Главнокомандующим становился новый начальник штаба — М.В. Алексеев» и «Император смотрит на все глазами Алексеева», если не учитывать, что Николай II отнюдь не отличался слабоволием и психологически, в силу своего характера, последнее слово при принятии принципиальных решений все равно сохранял за собой. В многочисленных «всеподданнейших докладах», которые начальник штаба регулярно составлял Государю, обосновывались выгоды и недостатки тех или иных военных решений, но никогда не навязывалось их принятие или отвержение. Вопросы стратегического планирования, безусловно, согласовывались с Алексеевым, тогда как вопросы назначений и отставок, регулирования отношений среди командного состава, дипломатические — оставались в полной компетенции Николая II.

По воспоминаниям главы британской военной миссии при Ставке генерал-майора Д. Хэнбери-Уильямса, хотя все вопросы стратегического планирования и снабжения обсуждались Государем с Алексеевым, но при этом «особые, почти личные, вопросы» английский посланник «обсуждал с Его Величеством, не ставя в известность Алексеева». И, хотя «Государь беседовал с Михаилом Васильевичем и спрашивал его мнений и советов по общегосударственным делам, не имевшим отношения к стратегии», не следует считать Алексеева неким «серым кардиналом» в разработке политических вопросов, а также преувеличивать степень «милостей», которые якобы «незаслуженно давались» «неблагодарному» генералу. Напротив, многие считали Алексеева образцом личной скромности. Ведь в то время как все главнокомандующие армиями фронтов имели Георгиевские награды высоких степеней и состояли в Свите Его Величества, Начальник штаба «все ходил в своих скромных погонах Генерального штаба с маленьким Георгием на груди». Считалось при этом, что «Алексеев был слишком серьезен, слишком большой аналитик. Он как бы невольно охлаждал Государя своей серьезностью. Демократическое происхождение, по всей вероятности, также играло не последнюю роль в этом отношении. Несомненно и то, что кое-кто из приближенных Государя не без боязни и опасений следил за развитием его отношений к Алексееву и при случае принимал меры “понижения температуры”».