Так нередко личное усмотрение главенствовало над законом установленными нормами — правда, весьма несовершенными. Есть намек, что иногда при этом стремились руководствоваться «прежде бывшими примерами». Ушаков в письме Толстому в 1721 году, касаясь одного раскольничьего дела, ссылался на «прежние у нас примеры», когда раскольники были «отсыланы в Невский и Соловецкий монастырь для исправления».

Таким образом, поначалу деятельность Тайной канцелярии не нормировалась никакими законодательными актами; да этого и не могло быть, коль скоро это было учреждение для исполнения поручений. Однако не проходит трех лет, как она уже считает своею обязанностью опираться на правовой базис; впрочем, надо признать, постоянное отклонение от норм продолжало господствовать в ее практике.

Среди государственных учреждений Тайная канцелярия занимала высокое место. Лишь по отношению к Сенату Тайная канцелярия находилась в прямо подчиненном положении: это видно уже из того, что Сенат служил для нее непосредственной апелляционной инстанцией. Он рассматривал жалобы на Тайную канцелярию; к нему же Тайная канцелярия посылала те дела, которые сама по каким-либо обстоятельствам не осмеливалась решать.

Некоторая подчиненность в отношении к Сенату установилась с самого возникновения Тайной канцелярии. Еще в марте 1718 года, когда она была учреждением, занятым почти целиком следствием по царевичеву делу, все приговоры по этому делу чинил Сенат; обычно сенаторы съезжались в помещение Тайной канцелярии и выслушивали здесь выписки по розыскам. Таким образом, с самого возникновения Тайной канцелярии Сенат стал над ней, но, с другой стороны, как раз в это самое время император принимал весьма деятельное участие в ее работе, что едва ли допускало над Тайной канцелярией еще какое-либо начальство. Вероятно, этим можно объяснить, что до 1720 года Тайная канцелярия всегда обращается к Сенату только по непосредственному указу царя; да и в 1720 году она отправила в Сенат дело особого рода, и это скорее было дипломатическим шагом в сложных обстоятельствах, чем демонстрацией подчиненности: некий подьячий по фамилии Орлов, сказав за собой «слово и дело», обвинил во взятках и всяческих беззаконных потворствах дьяков Преображенского приказа и самого кн. Ромодановского. Произведя об этом «следование», приведшее к полному обелению и Ромодановского, и дьяков, Тайная канцелярия учинила только «мнение» и все дело послала для окончательного решения в Сенат; здесь с ее мнением согласились, и был прислан указ: доносителю «учинить вместо натуральной смерти политическую».

Не имелась ли тут, ввиду щекотливости дела, затрагивающего такого человека, как кн. Ромодановский, возможность устраниться и снять с себя ответственность за всякие возможные недоразумения, прикрывшись сенатским решением? На это предположение можно возразить тем, что в том же 1720 году Сенат также принял решение по делу о подьячем Курзанцеве, следовавшееся в Тайной канцелярии, — однако это произошло в силу прямого указа Петра, и никакого выражения формальной подчиненности тут искать нельзя. Лишь в декабре 1721 года Петр именным указом по частному делу ставит Тайную канцелярию под начало Сената, а к 1724 году отношения этих двух учреждений, по-видимому, перешли в более или менее постоянную форму подчинения и некоторого даже контроля со стороны Сената — по крайней мере, Сенат указом своим от 26 февраля 1724 года требует от Тайной канцелярии «доношения» о числе колодников и «за чем кто держится и для чего оным решение не учинено». Уже с 1723 года (а может быть, и ранее) Тайная канцелярия была обязана отправлять Сенату «месячные репорты» и ежемесячно посылать счетные выписки в сенатскую ревизион-контору.

В 1725 году Сенат выразил желание, чтобы «по требованию генерал-фискала» Тайная канцелярия отправляла ему все свои дела, «не требуя о том из Сената указа»; в этом видна попытка полностью подмять под себя Тайную канцелярию. Однако тут Сенат получил отпор — в «доношении» Тайной канцелярии говорится, что она никак «отдавать не смеет важные секретные дела, приличные к первым двум пунктам», почему и требует о том указа из Сената; был ли этот ответный указ, установить не пришлось; дела Тайной канцелярии, однако, в руки генерал-фискала не попали. Обратим внимание, что, несмотря на явный протест, Тайная канцелярия заканчивает «доношение» тем, что ждет указа, то есть как бы только представляет свои соображения, а уж там как Сенат распорядится.

Итак, Сенат не только остается апелляционной инстанцией, но до известной степени начинает даже контролировать деятельность Тайной канцелярии; все это, по-видимому, окончательно закрепляется в 1724–1725 годах. Необходимо заметить, что как раз в это время Тайная канцелярия начала очень тяготить, как увидим ниже, ее первенствующего министра П.А. Толстого, и он стал предпринимать попытки сложить с себя полномочия.

Найти точно установленные и определенно формулированные отношения между Сенатом и Тайной канцелярией едва ли возможно. Однако можно сказать, что со второй половины 1718 по 1720 год подчиненное положение Тайной канцелярии по разным причинам почти не было выражено, но позднее оно начинает приобретать все более очевидную форму; возможно, это облегчается ясным уже в начале 1724 года желанием Толстого сбыть Тайную канцелярию с рук.

Кабинет Его Величества во времена Петра Великого не представлял собой учреждения, достаточно сформировавшегося, будучи как бы действительно личным кабинетом Петра, откуда выходили царевы указы и распоряжения. По отношению к Кабинету Тайная канцелярия являлась учреждением низшим, подчиненным, и ее связь с Кабинетом осуществлялась в форме «доношений». При этом много дел поступало в Тайную канцелярию из Кабинета — «от двора Его Величества». Возможно, этим их отношения и ограничивались.

«Доношениями» сносилась Тайная канцелярия также с Вышним судом и Св. Синодом, но при этом была от них абсолютно независима.

Довольно сложны были отношения Тайной канцелярии и Преображенской канцелярии (или Преображенского приказа, как это учреждение преимущественно именовалось в царствование Петра); ведь в огромной области государственных преступлений компетенции и сферы деятельности Преображенской и Тайной канцелярий — формально, по крайней мере, — были совсем не разграничены. Дела направлялись в одну или другую канцелярию только по соображению различных, чисто внешних, удобств «следования». Тайная канцелярия не прочь даже была при случае отделываться от мелких дел — «посредственных», по терминологии Ушакова, — передавая их Преображенскому приказу при первом удобном случае.

В приведенном в пятой главе «экстракте» из дел, поданном в мае 1722 года Петру, есть следующий вопрос, поставленный царю министрами: «Ежели в Тайную Канцелярию будут подавать доношения о здоровье Императорского Величества, о бунте, о измене, и по таковым доношениям следовать ли или оные отсылать в Преображенский Приказ?» Петр оставил его без ответа; это служит косвенным подтверждением неразделения компетенций этих двух учреждений: вопрос решался всегда для каждого отдельного случая, по различным чисто практическим соображениям.

Есть одно указание, что Тайная канцелярия могла считаться выше по рангу, чем Преображенский приказ: когда в 1720 году возникла жалоба на Преображенский приказ, то апелляционной инстанцией по указу Петра стала Тайная канцелярия.