Низведенный до уровня провинции, Египет платил налоги и сборы персидскому царю, направлял к его двору лучших ремесленников и художников, поставлял продукты и первоклассные материалы, пополнял армию и флот Персидской империи. Египтян постоянно использовали в ожесточенных войнах против греков, включая битву при Марафоне (490 г. до н. э.) и сражение при Саламине (480 г. до н. э.), проигранные персами. Тем не менее Египет искал любой возможности избавиться от персидского ига. В 486 году до н. э. империя переживала тяжелые времена после неожиданного поражения при Марафоне, и в Дельте началось восстание, жестоко подавленное суровым сыном Дария Ксерксом (486–465 гг. до н. э.). Убийство Ксеркса в Персии послужило поводом для нового бунта, возглавленного Инаром и Амиртеем, потомками царей Саиса. С помощью греческих союзников они сумели установить контроль в Дельте вплоть до Мемфиса и продержались до тех пор, пока Артаксеркс I (465–424 гг. до н. э.) не вернул в 454 году до н. э. власть в регионе. Беспокойный мир продлился тридцать лет (именно в это время Геродот посетил Египет) и был нарушен мятежом при вступлении на трон Дария II (424–404 гг. до н. э.). При следующей смене власти заговор в самом сердце Ахеменидской державы привел к вооруженному конфликту между Артаксерксом II (405–359 гг. до н. э.) и его младшим братом Киром. На сей раз у персов уже не нашлось сил, чтобы подавить очередное восстание и вернуть себе Египет.

Амиртей из Саиса (404–399 гг. до и. э.), внук бунтовщика, сражавшегося против Артаксеркса I полустолетием ранее, выдержал шестилетнюю войну с персами и окончательно изгнал их к 404 году до н. э. Он объявил себя царем и вскоре распространил свою власть по территории страны, став первым и единственным правителем Двадцать восьмой династии. С этого момента начинается последний период существования государства фараонов, продлившийся всего шестьдесят лет, до 343 года до н. э. Это было беспокойное время, когда хитроумные интриги правителей Дельты, притязавших на трон, усугублялись попытками персов вернуть Египет.

К счастью для Египта, персы были слишком поглощены войнами с Грецией, чтобы обращать пристальное внимание на долину Нила.

Правление Амиртея оказалось коротким, его соперники из Мендеса в северо-восточной части Дельты, во главе с Неферитом I (399–393 гг. до н. э.), захватили власть и основали Двадцать девятую династию (399–380 гг. до н. э.). Нового царя и его наследников буквально преследовали несчастья: из четырех фараонов два продержались на престоле по нескольку месяцев, трое были свергнуты. Самым долгим и важным оказалось царствование Хакора (393–380 гг. до н. э.), прозванного «Щедрым к храмам», так как он стал восстанавливать святилища по всей стране. Мирный договор между греками и Персией был заключен в 389 году до н. э., империя получила контроль над греческими поселениями в Малой Азии в обмен на предоставление автономии эллинским городам-государствам при условии, что они не будут выступать против Персидской империи. Это мгновенно поставило Египет в уязвимое положение: греческие союзники сделались бесполезными, а Персия обрела возможность усмирить взбунтовавшуюся провинцию. Однако Хакор сумел сохранить стратегический союз с правителем Кипра, укрепил армию, собрал крупный флот и привлек греков-наемников, которых возглавил блестящий афинский полководец Габрий. Подготовившись, Хакор упорно отражал персидские атаки с 385 по 383 год до н. э. Наконец Персия вместо Египта нанесла удар по Кипру, который пал в 381 году до н. э.

Служение Хакора своей стране не получило должного вознаграждения: избранного им наследника Неферита II (380 г. до н. э.) вскоре изгнали военачальники. Их лидер Нектанеб I (380–362 гг. до н. э.) из Себеннита (современный Саманнод на притоке Нила у Дамиетты) стал основателем Тридцатой династии (380–343 гг. до н. э.), последней линии коренных по рождению фараонов Египта. Последний национальный царь имел возможность управлять относительно благополучной и мирной страной, но сперва Нектанебу пришлось обороняться: в 373 году до н. э. на Египет двинулось объединенное войско греков и персов. Враги обошли лучшие силы Нектанеба в районе Пелусия, на восточной границе царства, и на пути к Мемфису встретили слабое сопротивление. К счастью для фараона, греки и персы все еще испытывали друг к другу жгучую ненависть после десятилетий войн, и их распри позволили египтянам перегруппироваться. Контратака в пору нильского паводка, когда болотистые районы Дельты стали труднопроходимыми, привела к полному разгрому захватчиков, так как отступать им было некуда. Вскоре после этого Персидскую державу потрясли внутренние мятежи, которые на двадцать лет отвлекли ее внимание от Египта.

Этот «глоток свободы» ознаменовался строительными работами на территории от средиземноморского побережья до нубийской границы. Нектанеб располагал средствами и мог себе позволить сооружение храмов и восстановительные работы, каких не видели со времен падения Нового царства. Наиболее известные достижения его эпохи — аллея сфинксов в храме Луксора; также при нем началось строительство храма в Филе, Первого пилона храма Амона в Карнаке и других сооружений.

Следующий фараон, Теос (362–360 гг. до н. э.), сын Нектанеба, предпринял неудачную, плохо подготовленную вылазку против Персии и вскоре был смещен своим кузеном Нектанебом II (360–343 гг. до н. э.), при котором культурное возрождение продолжилось. Помимо восстановления храмов, Нектанеб был чрезвычайно привержен увековечиванию собственного имени, которое осталось на многих сотнях памятников по всей стране. Обидно признавать, что именно Нектанеб II, творческий человек, настроенный на широкое развитие и оживление литературы и искусства, навсегда останется в истории как фараон, при котором была утрачена независимость Египта, а сам он стал последним коренным правителем страны, породившей трехтысячелетнюю цивилизацию.

Пережив долгие годы внутренних раздоров, персы снова взялись за завоевание утерянных территорий и жадно поглядывали на Египет. Артаксеркс III (правил в Египте в 343–338 годах до н. э.) лично возглавил поход 350 года до н. э., в котором ему пытался противостоять фараон Нектанеб. Первая победа вызвала в Египте волну необоснованной самоуверенности, а Артаксеркса заставила удвоить усилия. Когда великий царь Персии семь лет спустя вернулся, его войска возглавляли лучшие военачальники эпохи, включая Ментора с острова Родос, который некогда служил в египетской армии и знал приемы обороны. Научившись на прежних ошибках, персы выбрали время для кампании так, чтобы не попасть под разлив Нила. Египтяне бежали от Пелусия, а потом и дальше в глубь страны, оставляя укрепления. Когда персы подошли к Мемфису, Нектанеб бежал в Нубию, где и скончался.

Камбиза греческие историки нещадно критиковали, но и Артаксеркс III казался им немногим лучше: этого царя, как и его предшественника, обвиняли в убийстве священных животных, разрушении египетских храмов и в том, что он вынуждал жрецов выкупать за большие деньги реликвии, похищенные мародерами. Артаксеркс включил Египет в состав империи, и мало кто ожидал, что персы продержатся в Египте чуть более десятилетия, а потом их сметет более молодая и энергичная сила.