Иван III разрешил проведение собора «на еретиков» и «в свое место» прислал на собор бояр «князя Ивана Юрьевича Патрикеева, Юрья Захарича, Бориса Васильевича, дьяка своего Андрея Майка». И. Ю. Патрикеев возглавлял Боярскую думу. Вместе с братом Яковом Юрий Захарьин руководил разгромом Новгорода. Труднее установить личность Бориса Васильевича. Полагают, что то был Б. В. Кутузов.

Новгородский архиепископ Геннадий Гонзов наметил четкую схему суда над еретиками. Во-первых, он указал на то, что еретики имели одного вероучителя в лице некоего «жидовина», приехавшего в Новгород. Это замечание давало основание судить всех заподозренных как членов единой иудейской секты «жидовствующих». Во-вторых, архиепископ требовал расправы над всеми отступниками — московскими и новгородскими, при этом подчеркивал, что первые опаснее вторых, «ино Курицын — начальник тем всем злодеем». Однако Иван III и митрополит Зосима не допустили инициатора суда Геннадия на собор и постарались направить судебное разбирательство в новое русло.

Соборный приговор начинался словами проклятия новгородцам-еретикам и их «единомысленником, мудрствующим с вами». Таким образом, собор не использовал трафаретную формулу проклятия еретикам, «жидовская мудрствующим» вытекавшую из схемы Геннадия. Власти не позволили арестовать «начальника» всех злодеев — московского дьяка Ф. Курицына и других видных москвичей. Более того, они постарались придать разбирательству четко выраженную антиновгородскую направленность. Эта тенденция особенно заметна в поучении Зосимы «всему православному христьянству» по поводу ереси. Митрополит прямо назвал отступников «ересницами новгородскими», тогда как москвичи фигурировали в его поучении только как «московские свидетели» против еретиков. Для Зосимы главное значение имели два обвинения против новгородцев: они хулили Христа и не почитали московских чудотворцев Петра и Алексея, как и ростовского святого Леонтия.

Иван III не допустил гонений на Курицына не потому, что питал к еретикам особую симпатию. Он не желал допустить, чтобы суд бросил тень на членов династии. Иван III сам явился на собор в митрополичьи палаты, велел привести «свидетелей московских» и приказал «чести новгородские спискы» и грамоты Геннадия о ересях, что «они чинили в Новегороде». Такая установка привела к тому, что вопрос о московских еретиках отпал сам собой. Следуя воле государя, судьи выдвинули на роль главного обвиняемого не новгородских священников из кремлевских соборов, тесно связанных с Курицыным, а псковского монаха Захария. Это обстоятельство разрушило намерение Геннадия представить всех еретиков членами секты «жидовствующих». Геннадий обвинял Захария не в «жидовстве», а в стригольничестве. Стригольническая ересь процветала в Новгороде и Пскове с XIV в., и ее главное отличие заключалось в отрицании церковной иерархии, осуждении поставления святителей «по мзде», критике обрядов и некоторых догматов православной веры. Судя по обвинениям, Захарий исповедовал стригольническую ересь крайнего направления, заявившую о себе в начале XV в. Сторонники этого направления критически воспринимали некоторые положения Евангелия, выражали сомнения в божественной природе Христа. Критическое обсуждение догмата о рождении Богочеловека от Девы Марии воспринималось ортодоксами как хула также и на Богоматерь.

Суд предъявил суммарное обвинение всем еретикам без уточнения вины каждого в отдельности. Нетрудно заметить, что подавляющая часть этих обвинений касалась богохульств, совершенных в Новгородской земле и описанных Геннадием по большей части без указания на имена виновных. Еретики, утверждали судьи, «ругались» образу Христа, писанному на иконах, иконы «щепляли и огнем сжигали», «о землю били и грязь на них метали» или «в лоханю метали», крест «зубами искусали» и пр. Непочтение к иконам имело, по-видимому, то же происхождение, что и непочтение к московским чудотворцам. Массовые выселения из Новгорода не затронули духовное сословие и простонародье. В этой среде по-прежнему почитали своих святых, свои предметы культа. Московские пришельцы явились в Новгород со своей святыней, против которой новгородцы сохранили прочное предубеждение.

Соборный приговор четко отразил две тенденции. Митрополит, сам подозреваемый в ереси, не смел оспаривать фанатиков, но старался представить ересь как сугубо новгородское явление. Епископы из числа единомышленников Геннадия пытались дать ереси иное толкование. Им не удалось провести мысль о принятии еретиками иудейского вероучения («мудрствования»), но в приговор все же были включены пункты о том, что еретики «вси есте или суботу паче въскресенью Христову и его святому възнесению не веруют», что давало повод для заключения: «ино все то чинили есте по обычаю жидовскому и за те ваша злыя жидовъскиа дела» вы, еретики, достойны отлучения от церкви. Различие между «жидовским мудрствованием» и «жидовскими делами» и «обычаями», по-видимому, имело существенное значение в устах искушенных догматиков.

На суде многое зависело от митрополита. Следуя своему плану, Зосима при допросе Захария поставил ему четкий вопрос: почему «не велиши ся кланяти иконам святым?» Глава церкви очевидным образом намеревался свести дело к вопросу об иконах. Однако Захарий не собирался отказываться от более общего богословского диспута и стал отстаивать взгляды, которые ужаснули московский собор. Члены собора пришли к мысли, что псковский чернец похулил Христа с Богоматерью, московских святых и «всю седьмь соборов святых отець». Бояре и епископы были ознакомлены с высказываниями Захария против симонии (в изложении Геннадия). По существу, псковский чернец выразил сомнения в законности церковной иерархии. Прежде, заявлял вольнодумец, московский митрополит за поставление давал деньги патриарху в Царьграде, «а ныне, деи, он боярам посулы дает тайно…». Обвинения подобного рода задевали лично Зосиму и присутствовавших на суде бояр. Это окончательно погубило Захария.

Новгородские священники поначалу решительно и смело отстаивали свою принадлежность к ортодоксальной православной церкви. Но затем угроза расправы вызвала у них растерянность. Один из главных вольнодумцев, кремлевский поп «Денисьище», подал собору покаянную грамоту. Еретик отклонил обвинение в «жидовстве», но поклялся в том, что сбился с пути истинного «невоздержанием языка». Новгородское вольнодумство — «невоздержание языка» — в глазах московских ортодоксов выглядело как худшая ересь. Богослов Г. Флоровский писал: «Всего вернее, что еретического сообщества и вообще не было. Были известные настроения, именно шатание умов, вольнодумство».

Руководствуясь церковными правилами, собор объявил, что впавших в ересь достойно бросить в тюрьму и предать конечной муке». Предложения сторонников Геннадия о смертной казни были все же отклонены. Собор объявил о лишении виновных попов священнического сана и отлучении их от церкви.

Участь вольнодумцев была незавидна. С Захария содрали иноческое платье и выдали еретика Нифонту, «а Дениса-попа поточиша в Галич». Содержали их в таких нечеловеческих условиях, что Денис лишился рассудка, заблеял козлом и умер после месячного заточения. Протопопа Софийского собора Гавриила, дьяка Гридю и других новгородцев отослали к Геннадию. В Новгороде еретиков обрядили в шутовские наряды и, посадив на лошадей лицом к хвосту, возили по всему городу. На берестяных остроконечных шапках, украшавших их головы, красовалась надпись: «Се есть сатанино воинство». Казнь завершилась сожжением берестяных шлемов на голове у осужденных.