В поисках компромисса Верховный правитель решился на переговоры. После первой неудачной попытки 12 декабря 1918 г. в Читу прибыла Чрезвычайная комиссия, предложившая атаману принять командование одним из фронтовых корпусов. Но в это время Г.М. Семенов узнал о закулисных действиях членов комиссии, которые пытались найти союзников среди сил, оппозиционных атаману. На это предложение отозвался полковник Н. Комаровский, уведший 2-й казачий полк в Иркутск. В ответ атаман выслал комиссию из Читы. Незамедлительно последовало недвусмысленное заявление японского генерала Такиуки: «Атамана Семенова — этого истого самурая мы никому не выдадим и будем защищать его всеми силами».

Для разрешения «семеновского вопроса» руководители спецслужб в докладной на имя Верховного правителя предлагали либо удалить Семенова из Забайкалья, подчинив сформированные атаманом войска начальнику, назначенному правительством, либо создать в Забайкалье правительственные части. С учетом неудачного опыта власти предпочли второй вариант. Исходя из того, что на территории Забайкалья, по предположению омских властей, находились лица, недовольные политикой атамана, предлагалось направить туда агентуру для вербовки оставшихся не у дел офицеров и через их посредничество приступить к формированию казачьих отрядов.

Поскольку конфликт между Верховным правителем и атаманом Забайкальского казачьего войска ослаблял белый лагерь на Востоке России, колчаковским властям вместе с союзниками пришлось его улаживать. В итоге атаман признал власть А.В. Колчака. В свою очередь, Верховный правитель отменил свой приказ и назначил Г.М. Семенова командиром 6-го Восточно-Сибирского армейского корпуса.

Поддерживаемый японцами атаман Семенов вел активную внешнеполитическую деятельность. В начале февраля 1919 г. он прибыл в Даурию на конференцию, где шла речь о создании независимого монгольского государства, в состав которого он, помимо части Забайкалья, намеревался включить Аравию, Афганистан, Маньчжурию, Персию и Туркестан. Один из агентов контрразведки сумел добыть и переслать в Омск материалы этой конференции. Для противодействия планам атамана в Ургу был направлен поручик Б. Волков. Но грандиозный проект Семенова разрушился без участия колчаковских спецслужб. Сменились приоритеты в большой политике. Япония в своих захватнических планах сделала ставку на китайского генерал-инспектора Маньчжурии Чжан Цзолина, чьи войска готовились войти во Внутреннюю Монголию, и на китайских генералов из клуба «Аньфу», планировавших завоевать Халху.

Историк Ю.Н. Ципкин, анализируя атаманщину в Сибири и на Дальнем Востоке, пишет, что последняя предпринимала попытки «образовать японский протекторат в виде сепаратного государства, консервировала политический и территориальный раскол России, способствовала ее дезинтеграции. Эта политика угрожала негативными геополитическими изменениями для нашей страны — закрытию выходов в Тихий океан и затруднению связей с государствами Азиатско-Тихоокеанского региона. Но именно в этом заключалась провальная перспектива атаманщины».

В целом же белогвардейское командование считало сибирское казачество надежной социальной опорой власти и даже возложило на него главную надежду при подготовке к проведению Тобольской наступательной операции в августе — сентябре 1919 г. Контрразведка своевременно предупредила командование, что при проведении мобилизации в ряде станиц казаками были проведены секретные круги, на которых серьезно обсуждался вопрос о переходе на сторону красных. Однако эти сведения Ставка всерьез не рассматривала, что стало ее роковой ошибкой: в самый неподходящий момент атаман П.П. Иванов-Ринов отказался исполнять директивы белого командования и участвовать со своим корпусом в наступлении.

По данным контрразведывательных органов на начало октября 1919 г., воевавшие на фронте казаки настроены были воинственно и желали бороться с красными до победного конца. Остальные казаки не знали, за что борются, поэтому относились к войне индифферентно. Однако, когда гибель белогвардейской государственности на Востоке России стала очевидным фактом, казачьи формирования всеми силами начали уклоняться от службы. Подвергнутые разложению казачьи части во время боев в районе Иркутска оказались неспособны оказать сколь-нибудь серьезное сопротивление наступавшим частям Красной армии.

Настроения сельских жителей Сибири, причины и характер восстаний крестьян стали предметом изучения контрразведки и государственной охраны.

По нашему мнению, серьезная ошибка, допущенная белыми еще в начале войны, заключалась в откладывании разрешения ряда насущных социальных вопросов (и прежде всего земельного), которое предусматривалось провести после победы над большевиками. Не вполне удовлетворяла население и политика «непредрешения» государственного строя России, который должно было определить после победы над большевиками Национальное учредительное собрание — но не старое, разогнанное большевиками и не признававшееся белыми по причине его демократизма (под предлогом того, что оно было избрано в «обстановке народной смуты»), а вновь созванное. С одной стороны, уклончивый лозунг непредрешения был единственно реальной в тех условиях попыткой сплотить под своими знаменами сторонников монархии и республики. Но он вызывал и ряд вопросов. Упоминание об Учредительном собрании и «народоправстве» не могло удовлетворить монархически настроенное ядро офицерства. Сам адмирал А.В. Колчак отмечал, что идея Учредительного собрания не действует. В то же время монархические лозунги не пользовались популярностью среди интеллигенции, рабочих и крестьянства.

Для неграмотного, аполитичного крестьянства «буржуазные» лозунги были чужды и непонятны. А чего было хотеть от безграмотных крестьян, если образованные офицеры затруднялись ответить на важнейшие в тот момент времени вопросы: за что они воюют и что несет белая власть простому человеку? Деревенских жителей больше интересовала проблема, чьей будет земля. От сменивших советскую власть антибольшевистских режимов они ждали разрешения аграрного вопроса, разумеется, в свою пользу. Однако белые, отменив большевистский Декрет о земле, так и не смогли предложить закона, удовлетворяющего нужды основной массы населения страны.

В ходе Гражданской войны отчетливо проявилась ментальная черта нашего народа — во всем полагаться на административно-регулирующую роль государства, которое для него «являлось источником порядка, инициатором и двигателем любых перемен, носителем и защитником его благ». Но белогвардейские режимы не оправдали надежд и чаяний широких слоев населения. Характеризуя работу омского правительства, управляющий Министерством иностранных дел И.И. Сукин признавал: «При затянувшейся борьбе такая попытка удовлетворить сразу всех становилась мало практичной и вынуждала правительство к бесплодной эквилибристике, в которой оно теряло сочувствие каждой группы в отдельности. Все громче поэтому раздавались голоса о необходимости сделать выбор, оценить по достоинству все политические и хозяйственные слои населения, которые нуждались в правительстве, и повернуть руль в определенном направлении… Теряясь в сомнениях и колебаниях, мы искали курса, который позволил бы омскому правительству хотя бы как-нибудь продержаться». Да и сам состав правительства, взявшего на себя роль всероссийского, оставлял желать лучшего. Американский дипломат Моррис отмечал: «Штатские члены правительства были людьми серьезными, политически умеренными, но ни на что не способными». Генерал А.П. Будберг утверждал, что адмиралу с таким Советом министров «не выехать на хорошую дорогу; слишком уж мелки, эгоистичны и не способны на творчество и подвиг все эти персонажи, случайные выкидыши омского переворота». Сам адмирал А.В. Колчак говорил о некоторых из своих министров: «После встречи с ними хочется вымыть руки». Возможно, следует согласиться с мнением современного исследователя А.А. Реца, что «стремление во многом организовать власть по старому законодательству предопределило ее непригодность к нуждам Гражданской войны и имевшимся ресурсам. Прежде всего, это произошло из-за неспособности Омска создать четко функционирующую систему органов власти. Это было обусловлено проникновением во властные структуры некомпетентных и корыстных людей».