Нагие повелели бить в набат, чтобы созвать народ и оповестить город о несчастье. Немолчный гул колокола поднял на ноги весь город. Возбужденная толпа запрудила площадь перед дворцом. Михаил Битяговский, заслышав звон, поспешил в Кремль. Но Нагие успели принять меры. Они запретили страже пускать в крепость главного дьяка. Наконец один из его приспешников отпер ворота. Битяговский сразу почуял неладное и стал хлопотать о наведении порядка. Его суета раздражала Нагих.

Никто не приглашал дьяка в княжие покои, но он и не ждал приглашения. Он, «взбежав на двор, да вверх побежал, а чаял того, что царевич вверху». Оттуда Битяговский бросился в церковь и мимо тела царевича взбежал на колокольню. Дьяк ломился в звонницу и требовал, чтобы прекратили бить в колокола, но звонарь, по его словам, «ся запер и в колокольню его не пустил».

Толпа перед дворцом прибывала. Посадские люди и казаки спешили вооружиться рогатинами, топорами и саблями. Ситуация осложнилась после того, как на площади появились Михаил Нагой с братом Григорием.

Нагие враждовали с Битяговским с того дня, как удельная семья утратила право распоряжаться доходами со своего княжества и стала получать деньги «на обиход» из его рук. Назначенное правительством содержание казалось царице мизерным, а зависимость от дьяка — унизительной. Стряпчий царицы и другие лица сообщили комиссии, что Михаил Нагой постоянно «прашивал вверх государева указу денег ис казны», а Битяговский «ему отказывал», из чего проистекали ссоры и брань. Последняя стычка между ними произошла утром 15 мая.

Уже после того, как толпа убила Битяговского, люди Нагих притащили во дворец угличского городового приказчика Русина Ракова, и там Михаил Нагой, куражась, заставил его шесть раз подряд присягать на верность царице Марии. Михаилу незачем было повторять перед Раковым выдумку об убийцах царевича. Похваляясь победой над ненавистным дьяком, Нагой с полной откровенностью объявил приказчику, что это он, Михаил, велел убить Битяговского с сыном и что «Микиту Качалова, да Осипа Волохова, да Данила Третьякова, да и людей их велел побита я же для того, что они у меня отнимали Михаила Битяговского с сыном».

Откровения Михаила проясняют картину. По-видимому, Нагие поначалу натравили толпу на одного только дьяка с сыном, а Качалов и Волохов были умерщвлены не как убийцы Дмитрия, а как защитники Битяговских.

Раков был ближайшим помощником дьяка и досконально знал все его дела с Нагим. В поданной митрополиту Геласию челобитной он объяснял смерть государева дьяка следующим образом: с утра 15 мая Михаил Нагой разбранился с дьяком, потом «напился пьян да велел убить Михаила Битяговского с сыном». Достоверность слов о состоянии Михаила не вызывает сомнений. Семь человек рассыльщиков (курьеров), видевшие расправу своими глазами, заявили, что Нагой «прискочил» на княжий двор «пиян на коне».

Рассыльщики служили в дьячей избе и не зависели от удельного двора. Их показания отличались откровенностью и полнотой. Они сообщили любопытные подробности о гибели Качалова и Волохова. По их словам, «Микыту Качалова убили за его шурина за жильца да за Осипа за Волохова, что Микыта учал говорить, чтоб его шурина не убили, и оне за Микыту Качалова и Осипа Волохова (убили) до смерти». Показания семи свидетелей страдали видимым противоречием: Качалова убили за Волохова, а Волохова — за Качалова. Но, кажется, именно так и произошло в действительности. Качалов погиб не потому, что был заподозрен в убийстве царевича, а потому, что вступился за Волохова. Качалов бросился на помощь Волохову в то время, когда на площади еще бегал и распоряжался его всесильный дядя Битяговский. Осипа удалось защитить от самосуда. Убежав с площади, Волохов укрылся на подворье Битяговских. Это было единственное место, где он мог спастись от гнева царицы.

Многие свидетели описали столкновение между Нагими и дьяком как очевидцы. На княжом дворе Битяговский сначала попытался прикрикнуть на толпу, а затем принялся увещевать Нагова, «чтобы он, Михайла, унел шум и дурна которого не зделал».

Избитая в кровь и брошенная на площади Василиса Волохова видела, как царица указала на Битяговских и молвила «миру: то-де душегубцы царевича». Пьяный Михаил Нагой взялся было руководить расправой с дьяком, но на помощь Битяговским пришли их родственники и холопы. Посадские люди также не сразу поверили Нагим. Плотник Савва, каменщик Митя и мужик-белозерец кричали, что «царевич умер черною болезнью, а Михайло Нагой взводит на тех людей (Битяговских) за посмех, по недружбе». На помощь к дьяку прибежал посошный приказчик. Он просил посадских людей, чтобы «оне за посмех Михаила Битяговского с товарыщи не побивали». В пользу Битяговского говорил посадский богатей Баусов. Но люди Нагих тут же схватили его и поволокли в тюрьму. Приказчика с трудом отбили у толпы.

Однако настроение толпы становилось все более угрожающим, и Битяговским пришлось покинуть площадь. Вместе со своими сторонниками они заперлись в Дьячей брусяной избе. Это окончательно погубило их. Толпа выбила двери, выволокла укрывшихся там людей и растерзала их.

Даже служивший царице дворянин должен был признать перед комиссией, что приказных побила всякая чернь «с Михайлова веленья Нагова».

Дело не ограничилось убийствами. Чернь разгромила приказную избу — канцелярию государева дьяка: «у дьячьи избы сени и двери разломаны и вокна выбиты». Нападавшие завладели немалой суммой денег, хранившихся в коробьях (сундуках) у приказных.

Опасаясь за свою жизнь, служители приказа «с того страху разбежались розно и в город ходити не смели». Человек 20 посадских людей погнались за подьячими, но те укрылись в чаще и несколько дней «ходили по лесу, в город иттить не смели».

После разгрома приказной избы толпа бросилась на подворье Битяговского и растащила все его имущество: «На Михайлов двор Битяговского пошли все люди миром и Михайлов двор разграбили и питье из погреба в бочках выпив, и бочки кололи; да с Михайлова же двора взяли Михайловых лошадей девятеро».

Жену дьяка, «ободрав, нагу и простоволосу поволокли» с детишками ко дворцу. Туда же привели Осипа Волохова, найденного в доме Битяговских.

В разгар общего смятения в кремль явились два высших духовных лица — архимандрит Феодорит и игумен Савватий. В тот день оба служили обедню в одном монастыре. Заслышав набат, они послали слуг в город, и те, вернувшись, доложили, что «слышели от посадцких людей и от посошных, что будто се царевича Дмитрея убили, а тово не ведомо, хто ево убил». Вслед за слугами в монастырь прибежал кутейщик и именем царицы велел старцам ехать во дворец. По свидетельству игумена, он застал царицу в церкви Спаса возле сына: «ажно царевич лежит во Спасе зарезан и царица сказала: зарезали-де царевича Микита Качалов да Михайлов сын Битяговского Данило да Осип Волохов».

Царица Мария призвала монахов с умыслом. Битяговские и Качалов лежали побитые на площади перед церковью, и ей нужны были авторитетные свидетели, чтобы задним числом оправдать самочинную расправу.

Старцы посылали слуг в Кремль, из-за чего явились на место происшествия с большим опозданием. Однако они были первыми официальными лицами, услышавшими новую версию убийства Дмитрия. Согласно этой версии, роль главного убийцы отводилась Никите Качалову и Данилке Битяговскому, дьяк Михаил Битяговский был исключен из списка, а его место занял Осип Волохов.