Царь Иван завещал престол сыну Федору. Младший сын царя, Дмитрий, имел бесспорное преимущество перед слабоумным братом. Он был умственно полноценным ребенком. Афанасий Нагой готов был употребить все средства, чтобы посадить на трон Дмитрия.

Сразу после кончины царя Богдан Бельский с согласия думы арестовал Афанасия Нагова и выслал его из столицы. Вскоре в Москве произошли волнения, приведшие к отставке Бельского. Власть перешла в руки бояр Никиты Романова и Бориса Годунова.

Еще до коронации Федора Ивановича бояре-правители отправили вдову Грозного вместе с сыном в столицу их удельного княжества город Углич. Родня царицы была оскорблена тем, что мачеха Федора не была допущена на коронацию пасынка.

Когда правитель Никита Романов из-за тяжелой болезни устранился от дел, власть попытались захватить высокородные князья Шуйские. Им удалось сплотить всех противников правителя, включая Нагих.

В 1586 г. Годунов рассказал английскому агенту Джерому Горсею о заговоре Шуйских и Нагих. Царь Федор обладал слабым здоровьем и мог умереть в любой момент, и тогда отсутствие утвержденного думой законного наследника могло привести к смуте и кровопролитию. Дмитрию едва исполнилось четыре-пять лет, но это не имело значения.

Царевич Дмитрий стал представлять реальную угрозу для правителя, когда родня царевича объединилась с Шуйскими. Углич оказался втянут в опасную интригу. Нагие готовили царевича к грядущим переменам, старательно поддерживая в нем неприязнь к советникам царя Федора. В характере Дмитрия рано проявилась унаследованная от отца жестокость. Зимой мальчик лепил снежные фигуры и называл их именами ближних бояр. Окончив работу, он принимался лихо рубить им головы, приговаривая: «Это Мстиславский, это Годунов». Характерно, что Нагие не учили царевича рубить голову Шуйскому, который был фактическим руководителем столичной Боярской думы.

При дворе Федора детские «глумления» царевича вызывали неудовольствие и страх. Взаимные подозрения достигли предела. Угличский двор распространял повсюду слухи, будто родственники Федора, рассчитывавшие заполучить трон в случае его бездетной смерти, пытались «окормить» Дмитрия зельем. Слухи эти были записаны в 1588–1589 гг. английским послом Флетчером. Они оказались живучими и попали на страницы поздних русских летописей XVII в.

Московский двор не остался в долгу. Ранее 1589 г. власти разослали по всем церквам приказ, воспрещавший упоминать на богослужениях имя Дмитрия на том основании, что он зачат в седьмом браке, а следовательно, является незаконнорожденным. Такой приказ, утверждал английский посол, отдал священникам сам царь вследствие происков Бориса Годунова. Церковные правила строго воспрещали православным вступать в брак более трех раз. При жизни Грозного никто не смел усомниться в законности его седьмого брака. После его кончины все изменилось. Родне Дмитрия оставалось надеяться на царское завещание. Отцовское благословение само по себе утверждало взгляд на царевича как на законного наследника престола.

Борис Годунов, писал австрийский дипломат из Москвы, подавил раскрытый им боярский заговор, строго покарал повинных в крамоле душеприказчиков Грозного, а царское завещание, как говорят, разорвал. Уничтожение царского завещания было по тогдашним меркам делом неслыханным. Что толкнуло Бориса на такой шаг? Уничтожение духовной лишило претензии угличского князя юридической базы.

Борис Годунов жестоко покарал князей Шуйских и постарался обезопасить себя от интриг царицы Марии и Нагих. По его наущению царь Федор прислал в Углич дьяка Михаила Битяговского, наделенного самыми широкими полномочиями. Фактически царевич Дмитрий и его мать Мария Нагая лишились почти всех прерогатив, которыми они обладали в качестве удельных владык. Все деньги удельная семья стала получать из рук дьяка. Его постоянная опека вызывала возмущение вдовы Грозного и ее братьев. На этой почве происходили постоянные ссоры и брань.

В полдень 15 мая 1591 г. царевич Дмитрий погиб в своей резиденции в Угличе. Гибель наследника престола поставила правителя в затруднительное положение. Слухи о покушениях на жизнь Дмитрия давно носились по Москве.

Годунов проявил обычную для него осторожность и предусмотрительность. Для розыска о причинах гибели царевича он согласился составить следственную комиссию, включавшую авторитетных членов Боярской думы. В Углич были посланы лица, придерживавшиеся абсолютно разной политической ориентации.

Руководить расследованием поручили боярину Василию Шуйскому, едва ли не самому умному и изворотливому противнику Годунова, незадолго до этого вернувшемуся из ссылки. Но в помощники ему был назначен окольничий Андрей Клешнин, известный своей преданностью Борису. В то же время Клешнин доводился зятем Григорию Нагому, жившему при особе царицы Марии в Угличе.

Вся практическая организация следствия была возложена на главу Поместного приказа думного дьяка Елизария Вылузгина и его подьячих.

По прошествии времени следователь Василий Шуйский не раз менял свои показания относительно событий в Угличе, но комиссия в целом своих выводов не пересматривала.

Согласно выводу комиссии, царевич нечаянно нанес себе рану, которая оказалась смертельной. «Обыск» (следственное дело) Шуйского сохранился до наших дней. Но вид неловко разрезанных и склеенных листов невольно вызывает подозрение.

Следует ли рассматривать сохранившиеся угличские материалы как оригинал, или это беловая копия? По мнению А.А. Зимина, основная часть материалов следственного дела дошла до нас в виде беловой копии.

Если это копия, а оригиналы допросов не сохранились, то легко заподозрить, что черновики подверглись при копировании фальсификации.

Палеографическое исследование рукописи выявило примерно шесть или даже восемь основных почерков писцов. Следственная комиссия очень спешила. Главных свидетелей допрашивала боярская комиссия, в распоряжении которой были лучшие писцы. Параллельно другие писцы протоколировали показания полутора сотен второстепенных свидетелей. Отмеченное обстоятельство объясняет наличие многих почерков в документе. При составлении беловика такого множества писцов попросту не потребовалось бы. Достаточно было бы двух-трех человек.

Следователи не только записывали допросные речи, но и заставляли свидетелей ставить свои подписи на обороте листа. В тексте обыска имеется по крайней мере 20 подписей угличан. Все подписи строго индивидуализированы и отражают разную степень грамотности писавших. Бисерный почерк Андрея Нагова нисколько не похож на почерк полуграмотных дворцовых служителей или же на изысканные подписи двух угличских игуменов.

Комиссия провела огромную работу в течение примерно десяти дней, и ей некогда было изготовлять черновики, потом копировать их на беловики, меняя содержание в нужном духе, повторно отбирать подписи у свидетелей.

Следственные материалы свидетельствовали о непричастности Бориса к смерти царевича. Именно поэтому историки отказывались верить в их истинность. Гибель Дмитрия была актом большого политического значения. Вопрос «кому выгодно?» служит проверкой любого крупного события. Непоколебимая уверенность в том, что устранение последнего отпрыска московской династии было выгодно одному Борису, начисто обесценивала угличский «обыск». Есть основания утверждать, что угличское дело стало жертвой ретроспективной оценки событий.