Следующим вариантом стал Ju-52/3m ci (Werk Nr. 4014), который фирма Юнкере построила по заказу финской авиакомпании Aero O/Y. На самолете стояли три звездообразных двигателя Пратт энд Уитни «Хорнет» T2D-1, на среднем моторе стоял трехлопастный воздушный винт, на крыльевых — двухлопастные воздушные винты. Дверь сделана в левом борту фюзеляжа сразу за кабиной пилотов. Другим видимым внешним отличием стала установленная на крыше фюзеляжа рамочная антенна радиокомпаса. Самолет комплектовался как колесным, так и поплавковым шасси. Фирма Юнкере передала самолет Ju-52/3m ci (Werk Nr. 4014) заказчику в Травемюнде 24 июня 1932 г. В финской авиакомпании машина получила собственное имя «SAMPO» и регистрационный номер OH-ALK. Первый полет по линии Хельсинки-Турку-Стокгольм самолет выполнил 1 июля 1932 г. Самолет разбился 31 октября 1945 г. в районе финского аэродрома Хивинкяя.

Южноафриканская авиакомпания South African Airwas 29 октября 1934 г. получила Ju-52/3m ge (ZS-AFD, SIR BENJAMIN D’URBAN, Werk Nr. 4059). На этой машине отсутствует прямоугольное окно в борту фюзеляжа непосредственно за кабиной пилотов, на подавляющем большинстве Ju-52/3m ge такие окна были. В 1938 г. эту машину авиакомпания South African Airwas продала немецкой Люфтганзе, где самолет получил новый регистрационный номер D-ACBO и новое имя «V. NEUBRAND».

Персонал эквадорской авиакомпании SEDTA позирует на фоне самолета Ju-52/3m reo (HC-SAE, AZUAY, Werk Nr. 5109), 1937 г. Самолеты Ju-52/3m reo оснащались двигателями BMW-132, имевшими повышенную высотность. Самолет с регистрационным номером HC-SAE первоначально принадлежал бразильской авиакомпании Syndicato Condor, где имел регистрацию РР-СВН и собственное имя «MORE». В марте 1932 г. самолет поступил в ВВС Эквадора.

Единственный Ju-52/3m ba (Werk Nr. 4016) изготовили специально для румына Георге Валентина Бибеску, который в 1930–1941 г.г. являлся президентом FAI. Самолет имел следующую силовую установку: средний мотор — 12-цилиндровый двигатель жидкостного охлаждения Испано-Сюиза MB-12 мощностью 750 л.с., крыльевые — 12-цилиндровые двигатели жидкостного охлаждения Испано-Сюиза NB-12 мощностью по 575 л.с. На среднем моторе стоял трехлопастный воздушный винт, на крайних — двухлопастные. Под каждой плоскостью крыла находилось по одному большому водорадиатору и по пять цилиндрических маслорадиаторов. Вместо хвостового костыля, характерного для всех Ju-52 более ранней постройки, на Ju-52/3m ba было установлено хвостовое колесо. Масса пустого — 6325 кг, что примерно на 980 кг больше массы стандартного Ju-52/3m се. Самолет Бибеску получил 1 апреля 1932 г. регистрацию CV-FAI и собственное имя «ROMANIA».

D-AJYR «EMIL SCHAEFER» (Werk Nr. 4045) — один из двух построенных Ju-52/3m ho. На данной модификации стояли 12-цилиндровые дизельные двигатели Юнкерс Jumo-205. Оба самолета летали в 1933–1935 г. в Люфтганзе. В 1933–1935 г.г. на правую сторону вертикального оперения наносился тогдашний национальный флаг Германии — черно-бело-красный (сверху вниз), а на левый — свастика.

Ju-52/3m (ОВ-ННС, HUADOY, Werk Nr. 5272) авиакомпании Lufthansa Sucursal еп Peru сфотографирован на перуанском аэродроме в 1940 г. Это одна из двух машин, переданных в 1940 г. из Люфтганзы Перу. Второй самолет — ОВ-ННА, HUASCARAN, Werk Nr. 5060 — припаркован рядом с первым (на снимке видная часть фюзеляжа с регистрационный кодом). В марте 1941 г. правительство Перу под давлением США реквизировала оба самолета.

Суровый и малонаселенный район Гран-Чако ограничен рекой Парагвай на востоке и Андами на западе. В 1928 г. кампания Стандарт Ойл нашла здесь нефть, после чего права на Гран-Чако предъявила Боливия, с чем не согласился Парагвай. Первые спорадические вооруженные столкновения между Боливией и Парагваем в этом районе имели место уже в 1928 г. В июне 1932 г. президент Боливии Даниель Саламнса Уреу объявил войну Парагваю.

В боях приняли участие три самолета Ju-52/3m авиакомпании Lloyd Aereo Boliviano. Первый из этих самолетов (Werk Nr. 4008) прибыл в Боливию в октябре 1932 г., здесь он получил регистрационный номер СВ-17 и собственное имя «JUAN DEL VALLE». Две другие машины прибыли из Германии в 1933 г., самолет Werk Nr. 4009 получил регистрационный номер СВ-18 и собственное имя «HUANUNI», а самолет Werk Nr. 4018 — собственное имя «CHOROLQUE» без регистрационного гражданского номера.

Большинство летчиков и техников были или немцами, или боливийцами немецкого происхождения. Прочная конструкция самолетов Юнкерс идеально подошла для эксплуатации машин с неровных плохо подготовленных посадочных площадок в Андах. Самолеты дважды в день совершали рейсы между Фортин-Муноз и Вилла-Монтес. Аэродром Вилла-Монтес находился в Гран-Чако. Транспортники доставляли в район боевых действий вооружение, боеприпасы, пищу и снаряжение, а назад забирали раненых. Ju-52/3m работали в Гран-Чако с конца 1932 г. до конца 1933 г.

Разность дневной и ночной температуры воздуха в Андах достигала 40 (С за сутки, из-за этого вечером техникам приходилось сливать масло с самолетов, чтобы не допустить его замерзания ночью. Тем не мене утром маслосистему все равно приходилось прогревать открытым пламенем. Из-за отсутствия насосов и бензоцистерн самолеты заправлялись вручную, это процесс занимал порой восемь часов.

В 1932 г. Лига Наций наложила эмбарго на поставки оружия Боливии и Парагваю. Война закончилась в 1935 г., но в 1934 г. по причине нехватки запасных частей далеко не всегда все три машины могли подняться в небо. Всего за три года войны три Юнкерса перевезли порядка 40 000 боливийских солдат, более 4850 т грузов без единого инцидента. Перемирие между Боливией и Парагваем было подписано 14 июня 1935 г. Жертвами этой кровавой войны стали более 100 000 человек с обеих сторон, а экономика обоих государств оказалась на грани краха. Между тем, еще в 1932 г. было установлено, что запасы нефти в Гран-Чако весьма незначительно.

После войны самолеты вернули авиакомпании LAB. Все они разбились в летных происшествиях: 17 января 1936 г. — «CHOROLQUE», 15 декабря 1937 г. — «HUANUNI», 3 ноября 1940 г. — «JUAN DEL VALLE».

В начале 1933 г. фирма Юнкерс внесла в конструкцию самолета Ju-52/3m се доработки по опыту эксплуатации. В результате получился самолет Ju-52/3m fe. У него было улучшено остекление кабины, на средний мотор установлено кольцо Тауненда, а крайние двигатели закрыты капотами NACA. На большинстве Ju-52/3m fe на фюзеляже сразу за кабиной устанавливались радиоантенны. Отверстия для вентиляции кабины в верхней задней части фюзеляжа стали стандартными для всех последующих Ju-52/3m. Всего было построено 15 самолетов Ju-52/3m fe, большинство из которых получила авиакомпания Дойче Люфтганза.