Серийный выпуск Ju-52/3m ge, который являлся усовершенствованной моделью самолета Ju-52/3m fe, начался в 1934 г. Внешне обе модификации были очень похожи, но на Ju-52/3m ge стояли рамочные антенны радиокомпасов, радиокомпасы ставили на самолеты сразу на заводе. Первые Ju-52/3m ge оснащались двигателями BMW «Хорнет А» мощностью по 525 л.с., однако на некоторые машины ставили 9-цилиндровые звездообразные моторы BMW-132A мощностью по 690 л.с. На последних серийных самолетах вместо хвостовых костылей ставили хвостовые колеса.

Большое количество Ju-52/3m ge закупили авиакомпания Дойче Люфтганза, а также ряд авиакомпаний из Европы, Южной Америки, Южной Африки и Азии. Самолеты, построенные для авиакомпании South African Airlines, не имели квадратных окон в фюзеляже сразу за кабиной пилотов. Крыльевые двигатели монтировались параллельно продольной оси фюзеляжа, в то время как на первых Ju-52/3m моторы ставились с наклоном 6 град, по отношению к продольной оси. Самолеты бразильской авиакомпании Syndicate Condor, «дочки» Люфтганзы, получили в дополнение к штатной по правому борту вторую дверцу по левому борту в передней части фюзеляжа.

Большинство самолетов Ju-52/3m ge имело колесное шасси, но несколько машин получило поплавки. Гидропланы эксплуатировались в авиакомпаниях DLH, Syndicate Condor, норвежской Norske Luftfartselsckap и уругвайской Causa. Советско-германская авиакомпания Дерулюфт эксплуатировала самолеты Ju-52/3m ge, оснащенные лыжным шасси. Самолеты Дерулюфта летали на линии Берлин-Темпельхоф — Москва-Ходынка.

Модификация Ju-52/3m reo разработана специально для эксплуатации с высокогорных аэродромов. Ju-52/3m reo оснащался тремя двигателями BMW-132 Da или BMW-132 De с двухлопастными винтами изменяемого шага. Крыльевые двигатели закрывались капотами конической формы, в то время как на более ранние Ju-52/3m ставились капоты цилиндрической формы.

Большинство самолетов Ju-52/3m reo было поставлено авиакомпаниям, действовавшим в Андах. Аэродромы в горах Южной Америки располагались на высоте до 3600 м над уровнем моря. В число авиакомпаний, эксплуатировавших Ju-52/3m reo, были перуанская Lufthansa Sucursal en Peru и эквадорская SEDTA. Кампания DLH также эксплуатировала Ju-52/3m reo на маршрутах в Европе и Азии. После начала Второй мировой войны несколько этих самолетов реквизировали люфтваффе.

В конце 30-х годов Ju-52/3m ge (PP-SBA, Werk IKr. 5283) летал в бразильской авиакомпании Syndicato Condor, дочерней кампании Дойче Люфтганзы. В Бразилии самолет получил собственное имя ACOSCAGUA», позже был сдан в лизинг эквадорской авиакомпании SADTA. В конечном итоге он стал первым немецким самолетам, доставшимся в годы Второй мировой войны американцам.

Самолет Ju-52/3m ho строился под 12-цилиндровые дизельные двигатели жидкостного охлаждения Юнкерс Jumo-205 с рядным расположение цилиндров. Мощность двигателя Jumo-205 550 л.с. Дизель-моторы менее пожароопасны по сравнению с традиционными двигателями внутреннего сгорания, менее требовательны к чистоте масла и дешевле в эксплуатации. Характеристики мотора Jumo-205 были близки к параметрам двигателя BMW «Хорнет». Фирма Юнкерс построила в 1934 г. два самолета Ju-52/3m ho, которые получила авиакомпания DLH. Самолеты получили собственные имена «WALTER HOHNDORF» (Werk Nr. 4055, D-AQAR) и «EMIL SCHAEFER» (Werk Nr. 4045, D-AJYR). Ба самолета выведены из эксплуатации в 1935 г.

Шведская авиакомпания АВ Aerotransport получила в 1934 г. два самолета Ju-52/3m nai. Данная модификация сходна с вариантом Ju-52/3m ge, но оснащалась 9-цилиндровыми звездообразными двигателями воздушного охлаждения Пратт энд Уитни «Уосп» S-3H-1-G с трехлопастными воздушными винтами фиксированного шага. В состав приборного оборудования кабины дополнительно включили гирогоризонт фирмы Сперри, прецизионный альтиметр фирмы Кулсман и гироскопический указатель курса. В носовой части были установлены три маслорадиатора, в то время как на Ju-52/3m ge стояло два маслорадиатора. На одном Ju-52/3m nai (Werk Nr. 5440, SEOAER) имелась дверца в носовой части фюзеляжа по левому борту. Крыльевые двигатели Ju-52/3m nai устанавливались параллельно продольной оси фюзеляжа в отличие от моторов самолетов Ju-52/3m, имевших угол наклона 6 град к строительной оси. Еще один Ju-52/3m nai (G-AERU, JUNO) летал в авиакомпании British Airwas Ltd. На почтовых линиях между Великобританией и Европой вплоть до начала Второй мировой войны.

Итальянская авиакомпания Ala Littoria эксплуатировала Ju-52/3m lu с 700-сильными 9-цилиндровыми звездообразными двигателями воздушного охлаждения Piaggio Stella-X. Позже итальянцы заменили двигатели 9-цилиндровыми звездообразными двигателями воздушного охлаждения моторами Alfa Romeo 126 RC/34 мощностью по 800 л.с. Один Ju-52/3m ge был построен по заказу польской авиакомпании LOT, на нем стояли 9-цилиндровые звездообразные двигатели Бристоль «Пегасус VI» трехлопастными воздушными винтами изменяемого шага. Такими же моторами оснащались летавшие в LOT самолеты DC-2. Поляки попросили поставить на Юнкере двигатели Бристоль «Пегасус VI» для упрощения технического обслуживания самолетов.

В Авиационном корпусе армии США самолету Ju-52/3m ge (Werk Nr. 52S3) присвоили обозначение С-79 и серийный номер 42-52883. Машина поступила на вооружение 20-й транспортной эскадрильи 7-й воздушной армии. Эскадрилья базировалась на аэродроме Ховард-Филд, расположенном в зоне Панамского канала. В Халберт-Филде на самолет были установлены двигатели Пратт энд Уитни R-1690-23, снятые с самолета DC-2. Система охлаждения доработана под R-1690-23.

Ju-52/3m ge стал первым немецким самолетом, доставшимся Соединенным Штатам в годы Второй мировой войны. Самолет Werk Nr. 5283 изначально был поставлен в июле 1935 г. авиакомпании Syndicate Condor, бразильской «дочке» Дойче Люфтганзы. Через Атлантику машину доставляли в разобранном виде. После сборки в Бразилии самолет был облетан и получил временную германскую гражданскую регистрацию D-6. Эта машина имела три, вместо двух, цилиндрических маслорадиатора под средним двигателем. Дверца находилась по левому борту в носовой части фюзеляжа.

После завершения испытаний в Бразилии самолет получил 29 сентября 1935 г. регистрационный номер РВ-СВА и собственное имя «ACONCAGUA» (по названию вершины в аргентинских Андах, высота горы 6985 м — самая высокая горя западных Анд). Это был пятый Ju-52/3m, полученный авиакомпанией Syndicate Condor. 31 августа 1937 г. самолет передали авиакомпании Дойче Люфтганза, где он получил регистрационный номер D-AENF, надпись «ACONCAGUA» на фюзеляже сохранилась.

Авиалайнер интенсивно использовался на южноамериканских линиях. D 1938 г. на короткое время он был в лизинге у перуанской авиакомпании Lufthansa Sucursal en Peru и чилийской LAN. Обратно в компанию Syndicate Condor самолет вернулся в декабре 1939 г., получив 11 декабря регистрационный номер РР-СВА. В числе трех Юнкерсов затем самолет передали в лизинг эквадорской кампании SEDTA, еще одной «дочке» Люфтганзы. Самолет летал, главным образом, на внутренних рейсах, лишь иногда совершая перелеты в Боготу, Колумбия, и Лиму, Перу.