Во время русско-японской войны Манасевич-Мануйлов занимался за границей разведкой и внешней контрразведкой, устроив внутреннюю агентуру при японских миссиях в Гааге, Лондоне и Париже, в американскую миссию в Брюсселе и в итальянскую в Париже, получив часть японского дипломатического шифра, благодаря чему «были получены указания на замысел Японии причинить повреждения судам Второй эскадры на пути следования на Восток».[11]

Его заслуги были оценены в Петербурге, в доме 16 по набережной Фонтанки. Директор Департамента полиции А.А. Лопухин докладывал 3 августа 1904 г.:

«При открытии военных действий на Дальнем Востоке Департамент полиции при посредстве чиновника особых поручений при министре внутренних дел Мануйлова стал пытаться организовать правильное наблюдение за представителями японского правительства в западноевропейских государствах, и уже в феврале месяце благодаря полному содействию начальника французской секретной полиции Кавара и начальника Разведочного бюро при Министерстве внутренних дел Моро удалось получить копии всех телеграмм японской миссии в Париже, а также, ввиду существующей во французском Бюро секретной агентуры в японской миссии, г-н Мануйлов регулярно стал получать значительное количество документов из парижской миссии. Затем, по предположению французской полиции, г-н Мануйлов расширил свою деятельность и установил правильное наблюдение при посредстве домашней прислуги в японских миссиях в Лондоне и Гааге». В итоге только до конца июля было добыто более 200 японских документов.[12] В октябре, 1904 г. Манасевич-Мануйлов был вновь командирован в Париж с заданием «организовать разведочное бюро в Вене и Париже по наблюдению за действиями японцев» и по разработке грузинского революционера-эмигранта г. г. Деканози, подозреваемого в шпионаже в пользу Японии. Русским военным атташе во Франции, Италии и Австрии предписывалось оказывать ему «возможное содействие и помощь». По мнению современного исследователя, «речь, таким образом, шла о развертывании самостоятельного агентурного наблюдения за японскими дипломатами в Западной Европе, что, однако, не означало прекращения сотрудничества Департамента полиции с французскими специальными службами. Необходимость учреждения новой агентуры была вызвана еще и тем обстоятельством, что действовавшая в Западной Европе заграничная агентура Департамента полиции многие годы наблюдала за русской революционной эмиграцией, и осуществление «военных разведок», по признанию ее заведующего, было для него делом совершенно «необычным»… Выбор Мануйлова для этой цели объяснялся его опытом работы во Франции, а главное — успехами возглавлявшегося им Отделения по розыску о международном шпионстве. Уже в сентябре 1904 г. он… был неофициально признан «заведующим японскими делами» департамента».[13]

В Париже Манасевич-Мануйлов (при содействии дружественных француских спецслужб, предоставивших ему возможность использовать своих агентов, ранее завербованных в японских миссиях, а также с помощью привлеченных им самим к сотрудничеству новых источников информации) смог получить доступ к переписке послов Японии во Франции, Англии и Голландии с министром иностранных дел, донесениям в Токио военных и морских атташе из Парижа и Берлина, документам японских консульств в Амстердаме и Марселе. К лету 1905 г. «агентура» Мануйлова, состоявшая из 10 французов, давала информацию о шведской, сербской, китайской и английской миссиях в Париже, румынском и китайском посольствах в Лондоне, японской и английской миссиях в Брюсселе, германской — в Мадриде и японской в Гааге. «Кроме того, выполнялись разовые поручения департамента и продолжались тесные контакты с французской секретной полицией, по-прежнему снабжавшей Мануйлова копиями телеграмм японских дипломатов».[14]

Наблюдая за грузинским эмигрантом Деканози, Манасевич-Мануйлов «вышел» на японского разведчика, бывшего военного атташе в Петербурге М. Акаси и установил его связи с русскими либералами (в частности, кадетами; восклицания членов «Союза меча и орала» из «12 стульев»: «Кадеты Финляндию продали, у японцев деньги брали…» ближе к действительности, чем кажется читателям) и эсерами.

Служебные успехи Манасевича-Мануйлова были вознаграждены орденом Св. Владимира IV степени. В то же время новое руководство Департамента полиции не согласилось с его предложениями об учреждении «наблюдения» в важнейших западноевропейских портовых городах, (поддержанными послом в Париже А. И. Нелидовым. 28 июля 1905 г. Ивану Федоровичу было приказано вообще «ликвидировать дела по возложенным на него поручениям» и вернуться в Россию. В итоге после назначения генерала Д.Ф. Трепова товарищем министра внутренних дел и П.И. Рачковского — заведующим политической частью Департамента полиции Манасевич-Мануйлов был освобожден от своих обязанностей и откомандирован в распоряжение председателя Совета министров графа С.Ю. Витте. 1 сентября 1906 г. он был уволен в отставку, после чего занимался журналистикой в «Новом времени» и «Вечернем времени».

Затем карьера пошла на спад и даже 21 января 1910 г. по распоряжению товарища министра внутренних дел и командира Отдельного корпуса жандармов генерала П. г. Курлова у Манасевича-Мануйлова был произведен обыск в виду поступивших сведений о его контактах с В.Л. Бурцевым и продаже ему секретных документов Департамента полиции, но обыск оказался безрезультатным и дальнейших последствий не имел.

В 1915 г. Манасевич-Мануйлов был личным информатором товарища министра внутренних дел С.П.Белецкого, осведомителем следственной комиссии генерала Н.С. Батюшина и одним из близких к Распутину людей. В конце того же года был причислен к Министерству внутренних дел, а после назначения в январе 1916 г. Б.В. Штюрмера Председателем Совета министров откомандирован в его распоряжение. Карьера его дала трещину после отставки Штюрмера (который планировал назначить Манасевича-Мануйлова заведующим Заграничной агентурой Департамента полиции). Но вместо Парижа осенью 1916 года Иван Федорович попал в тюрьму. Петроградским окружным судом 13–18 февраля 1917 г. по обвинению в шантаже товарища директора Московского соединенного банка И. Хвостова Манасевич был признан виновным в мошенничестве и приговорен к лишению всех особых прав и преимуществ и к заключению на 1,5 года, но уже 27 февраля 1917 г. был в числе прочих заключенных освобожден «революционерами Февраля» из Литовского замка (в котором уже начался пожар).

Не приняв, вполне естественно, Октябрьскую революцию, Иван Федорович в 1918 году пытался бежать с документами на имя иностранного гражданина за границу, но на финляндской границе был опознан одним из членов пограничной комиссии и арестован. Точкув биографии журналиста, религиоведа, контрразведчика и авантюриста поставила ВЧК, вынесшая ему расстрельный приговор в том же 1918-м.[15]