Позднее в ВЧК создан Следственный отдел (затем Следственная часть ВЧК) под началом известного чекиста Манцева, а затем пришедших ему на смену Пинеса, Ихновского, Мороза, Валескална. Поначалу, с конца 1917 года, следственные действия кроме ЧК могли у новой власти большевиков вести и другие временные органы: Следственная комиссия при Советах во главе с Красиковым, следственный отдел Наркомата внутренних дел или Комитет по борьбе с погромами при ВЦИК под началом Бонч-Бруевича. Но с созданием отдельной структуры ВЧК по политическим делам вся эта работа передается на Лубянку, устраняя дублирующие и размытые комиссии. Кроме этого существовал важный Административный отдел, ведавший в том числе и всем кадровым вопросом в ВЧК, его поначалу возглавлял Брагинский из «прикомандированных» левых эсеров, а позднее Апетер. Управделами ВЧК стал вскоре взлетевший Генрих Ягода.

Созданный уже в 1918 году Тюремный отдел отвечал в ВЧК за все места содержания арестованных, его поначалу возглавил Евсеев, позднее того сменил пришедший в ЧК из боевиков польской ППС Бялогродский, одновременно назначенный комендантом переданной в ведение ВЧК Бутырской тюрьмы. С тех пор в ЧК – ГПУ – НКВД установилась традиция, по которой начальник Тюремного отдела этой спецслужбы был одновременно и комендантом ее главной следственной тюрьмы – Бутырки, Лефортова или внутренней тюрьмы на самой Лубянке.

В 1919 году в структуре ВЧК появляется Специальный отдел по техническим делам и надзору внутри самой партии большевиков, который возглавляет вырвавшийся из сданного врагам Баку первый начальник ЧК Бакинской коммуны Саак Тер-Габриелян. Позднее во главе заметно расширившего свои полномочия внутри ВЧК Спецотдела его сменит Глеб Бокий, переведенный из начальников Петроградской ЧК. Ведавший вопросами учета и регистрации дел Регистрационный отдел на Лубянке возглавил Роцен.

Чуть позднее, в 1920 году, в этой структуре появился еще один важнейший Иностранный отдел (ИНО ВЧК) – внешнеполитическая разведка под началом Якова Давтяна. Так была сформирована структура чекистского ведомства, которая затем с некоторыми изменениями просуществовала все время работы первой советской спецслужбы ВЧК до 1922 года. Эта же структура в общих чертах переходила по наследству к сменявшим ВЧК новым службам госбезопасности и разведки Советского государства. Тогда же в 1920 году одним из последних вместе с внешней разведкой на Лубянке создается Юридический отдел под началом Луцкого – до того в угаре бессудного и непроцессуального «красного террора» службе Дзержинского было не до законодательных тонкостей. И тоже в 1920 году одним из последних появился Отдел охраны государственных деятелей во главе с главным в ЧК телохранителем Ленина Абрамом Беленьким.

К 1920 году в структуре ВЧК появился Транспортный отдел (поначалу он именовался Железнодорожным отделом ввиду важности безопасности именно на железных дорогах Советской республики). Первым начальником транспортных чекистов был Жуков, затем его периодически и очень быстро сменяли Фомин, Чугурин, Слюсарев, Ковылкин, Зимин, Ганецкий. Последний из них, Ганецкий, был очень заметным и сейчас почти забытым функционером ленинской РКП(б) (настоящая его фамилия Фюрстенберг), он имел запутанную биографию и в ленинской части РСДРП был своего рода казначеем, именно через Ганецкого-Фюрстенберга шли тайные переговоры ленинцев с Парвусом и германской разведкой до 1917 года. После Ганецкого в 1920 году во главе транспортного отдела ВЧК, а позднее ГПУ, на два десятка лет утвердился Благонравов, которому очень доверял Дзержинский, до того Благонравов возглавлял транспортный отдел в Петроградской ЧК.

Также не сразу были созданы особые войсковые части ВЧК и ее первый спецназ. Сначала это был особый боевой отряд ЧК под началом Попова, большую часть которого составляли в начале 1918 года не слишком партийные матросы и чекисты-эсеры, включая самого Попова. После подавления эсеровского мятежа летом 1918 года и расформирования этого почти не управляемого Дзержинским отряда на его месте создан ОСНАЗ – первый в советской истории отряд спецназа при госбезопасности. Затем в условиях Гражданской войны этот отряд обрастал войсковыми частями с тяжелым вооружением, пулеметами, артиллерией, при нем даже появился отряд бронепоездов имени Якова Свердлова. Появились уже не отряды, а крупные войсковые части при ВЧК (ВНУС, ВОХР, ЧОН и т. д.). В годы Гражданской войны эти отряды часто собирательно назывались «войска ВЧК». Только в период 1919–1920 годов их официально называли частями внутренней охраны (ВОХР), это совсем не те полугражданские стрелки «военизированной охраны», которые мы сейчас зовем «вохрой» и которая к госбезопасности отношения уже не имеет. Части ВНУС непосредственно в структуру ВЧК не входили, подчиняясь Наркомату внутренних дел, и были первыми внутренними войсками Советского государства. Сами подчиненные впрямую Лубянке войска ВЧК (они же ВОХР) тоже очень редко использовались напрямую в боях Гражданской войны, в основном там, где была критическая ситуация и под рукой не имелось других полностью надежных частей: в 1919 году при прорыве белых казаков Мамонтова на Орел и Тамбов, осенью того же 1919 года при прорыве армии генерала Юденича под стены красного Петрограда.

Все эти реформы в войсках ВЧК привели к созданию к 1920 году особой военной дивизии имени Дзержинского при ВЧК, чьим первым командиром стал чекист Кобелев, а затем и к мощной полуавтономной структуре воинских частей ЧК, перешедших по наследству к ГПУ, НКВД, МГБ и КГБ. В годы же Гражданской войны существовала такая сложная и часто подвергаемая переименованию система «войск ВЧК», за командование ими в коллегии ВЧК отвечал сначала Волобуев, а позднее Корнев.

ВЧК изначально строилась на совершенно новых принципах и совершенно отличалась от последних спецслужб романовской империи, Департамента полиции и охранного отделения. Дзержинский гордился тем, что, в отличие от армии Советской России и других советских учреждений, в его службе практически полностью отсутствовали военспецы из прежнего царского сыска. Согласно справке Дзержинского в органах ЧК служили за все время лишь два бывших кадровых офицера царских спецслужб. В справке эти два единственных эксперта царской госбезопасности в большевистской ЧК не названы по имени. Но можно предположить, что речь идет о бывшем шефе царских жандармов и начальнике охранки генерале Джунковском, с 1921 года некоторое время работавшем на Лубянке в качестве консультанта Дзержинского, в основном по вопросам создания паспортной системы в новой России, отчасти и по оперативным вопросам. А также о латышском большевике Яне Свикке, до 1917 года работавшем в жандармском сыске по заданию партии в качестве революционного «крота» (на службе в ЧК Свикке поменял фамилию и числился уже чекистом Родионовым).

Хотя, кажется, Джунковского официально на работу в ВЧК не оформляли, а службу Свикке у жандармов по заданию партии могли не посчитать настоящей, и тогда речь идет о двух других бывших сотрудниках царского сыска, пригодившихся на службе в советской ЧК. Известно, что там служил некоторое время бывший жандармский полковник охранки по фамилии Шатковский. А в 1918 году своим советником по организации в ЧК контрразведки Дзержинский назначил еще одного спеца из бывших, правда не из жандармов, а сотрудника царской военной контрразведки по фамилии Шевара. Но того еще весной