В направленном в Совет по эвакуации письме от 18 июля 1941 г. Генеральный штаб Красной Армии отмечал: «Эвакуация населения и промпредприятий с Западной границы СССР происходила без заранее составленного в мирное время эвакоплана, что, несомненно, отражается и на её осуществлении». В связи с этим Генштаб предложил Совету по эвакуации «дать указания соответствующим наркоматам на проработку плана вывоза подведомственных им предприятий, определив для них заранее эвакобазы», а также районы размещения эвакуируемого населения. В июле же была осуществлена и попытка разработать общий план эвакуации из прифронтовой зоны как населения, так и промышленности, ресурсов сельского хозяйства и других материальных и культурных ценностей. При этом, полагая, что Красная Армия вскоре остановит слишком резво наступающего противника, плановые органы намечали переместить основную массу людей только в районы ближайшего тыла и то в количестве немногим более 2 млн. человек. Из этого числа значительную часть эвакуируемых планировалось вывезти в Поволжье. Что касается более восточных областей, то, например, на Урал должны были переселиться всего лишь 440 тыс. человек. Но быстрое развитие событий на фронте приняло угрожающий характер. Указанный план оказался совершенно нереальным. Встал вопрос о спасении многих миллионов советских людей.

Работавший в начале войны первым секретарем Челябинского обкома ВКП(б) Н. С. Патоличев впоследствии отмечал, что «случалось, что в открытых полувагонах или на платформах ехали люди. Хорошо, если был брезент, которым можно было прикрыться от дождя. Иногда и этого не было. Здесь же станки или материалы, кое-что из вещей эвакуированных. Именно кое-что. Люди спасались от нашествия варваров, и было, конечно, не до вещей. При более благоприятной обстановке два-три крытых вагона выделяли для женщин с детьми. Вместо 36 человек в них набивалось по 80–100. Никто, разумеется, не роптал — горе объединяло людей, кров которых был захвачен фашистами». Перевозки населения были взяты под постоянный и строгий контроль руководства страны. Начальники дорог ежесуточно не позднее 22 часов сообщали в НКПС о следовании людских эшелонов и отдельных вагонов с эвакуируемым населением по состоянию на 18 часов. В свою очередь наркомат путей сообщения ежедневно представлял в ГКО подробную справку о находящихся на железных дорогах составах с эвакуируемыми гражданами СССР. ещё в июле на ряде железнодорожных узлов, станций и пристаней были организованы эвакуационные пункты, которые принимали и отправляли эшелоны с людьми, организовывали их питание и медицинское обслуживание. «Цепь эвакопунктов протянулась на тысячи километров от прифронтовых железнодорожных станций юга и запада страны до Восточной Сибири, Казахстана, Средней Азии», — вспоминал позднее А. Н. Косыгин. Для оказания помощи спасающемуся от угрозы фашистского порабощения населению государство выделило значительные средства. В эвакуационных пунктах старшие вагонов получали хлеб и другие продукты. Организовывались столовые, душевые, санпропускники, было обеспечено снабжение людей кипятком. Только во второй половине 1941 г. государство израсходовало в помощь эвакуированным советским гражданам около 3 млрд. рублей.

В то же время Куманев справедливо замечает, что все это, конечно, не означало, что эвакуация советских граждан с самого её начала протекала гладко и слаженно. Срочно поднять миллионы людей с «обжитых мест», организовать их погрузку, перевозку и обеспечить размещение в тылу было чрезвычайно сложно. Как и во всяком большом деле, да к тому же без соответствующей подготовки, здесь в разное время было немало неполадок. Тут и отсутствие транспортов, длительное простаивание ряда эшелонов на некоторых станциях (нередко из-за нераспорядительности местных властей или ответственных лиц), перебои со снабжением продуктами питания, кипятком, потери родных в пути следования, кражи вещей эвакуируемых, отсутствие оперативной медицинской помощи и т. п. Однако, как свидетельствовали впоследствии сами участники событий и многочисленные документы, эти недостатки все же не носили массового характера. С ними боролись, их преодолевали весьма решительно и последовательно по законам военного времени. Имели место и упущения другого рода, во многом связанные с отсутствием необходимого опыта при проведении столь масштабного перебазирования.

Погрузка эвакуационных грузов на станциях и узлах западноевропейской части СССР зачастую распылялась, что затрудняло быстрое формирование эшелонов. Точные направления продвижения эвакопоездов и конечные пункты их следования были указаны в большинстве случаев только для пассажирских составов. Новые места размещения многих предприятий первоначально устанавливались самими наркоматами. Они нередко планировали или чрезмерно дальнюю переброску некоторых грузов (в Сибирь и даже на Дальний Восток), или в районы ближайшего тыла, которые вскоре сами становились зоной боевых действий. Бывали случаи, когда вместе с эвакогрузами в глубокий тыл без всякой надобности отправлялись вагоны с боеприпасами и вооружением, предназначенные для действующей армии. И все же в целом грандиозная операция по перемещению в тыл целой индустриальной базы страны, включая огромные людские контингенты, принимала все более планомерный и целеустремленный характер. Советом по эвакуации был выработан твердый порядок планирования и организации эвакуационных перевозок. Наркоматы заблаговременно представляли в Совет по эвакуации заявки по каждому предприятию, подлежавшему перебазированию в тыл. В них содержалось требуемое число и тип вагонов (крытых, полуплатформ, цистерн, полувагонов и т. п.). «Ночью еду по темной Москве в Кремль, в Совет эвакуации, „выбивать“ эшелоны под погрузку, — вспоминал нарком авиационной промышленности военных лет А. И. Шахурин. — Докладываю, сколько погрузили за день и сколько нужно на завтра. Для авиации — первая очередь, но ведь вагоны нужны и другим. Поэтому строгая проверка: весь ли транспорт использован, насколько обоснована новая заявка». По свидетельству бывшего заместителя председателя Совета по эвакуации М. Г. Первухина, «Совет по эвакуации с участием представителей наркоматов и почти всегда с участием представителя Наркомата путей сообщения уточнял представленные проекты решений, определял сроки эвакуации, пункты размещения и количество требуемых для этого железнодорожных вагонов. Проекты постановлений об эвакуации вместе с короткой запиской посылались на рассмотрение ЦК ВКП(б) и ГКО». Затем выносились согласованные решения по каждому крупному промышленному объекту, который следовало эвакуировать. В них указывались сроки перебазирования, необходимое количество вагонов, которое должен выделить НКПС, скорость продвижения грузов, пункты назначения и т. п. Постановления Совета по эвакуации или ГКО немедленно поступали в НКПС и соответствующие наркоматы для исполнения. С середины июля 1941 г. Совет по эвакуации совместно с НКПС стал составлять планы эвакоперевозок (промышленности, ресурсов сельского хозяйства, населения, культурных ценностей и т. п.) на каждую декаду месяца. Эти планы рассматривались и утверждались Государственным Комитетом Обороны. Был уточнен весь наличный вагонный парк и предусмотрено наиболее целесообразное его использование под перевозки. В частности, было намечено, что многие эшелоны, осуществляющие мобилизационные перевозки на запад, должны после разгрузки немедленно предоставляться для эвакогрузов. С этой же целью в прифронтовые области перебрасывалась часть порожних вагонов и платформ. Но вагонов не хватало, и потребность в них все время увеличивалась. Это заставляло искать дополнительные резервы, усиливать контроль за правильностью погрузки и заполнения емкости вагонов. Ввиду нехватки порожних вагонов наркомату путей сообщения неоднократно приходилось обращаться в Совет по эвакуации или в ГКО с просьбой разрешить досрочную разгрузку части неоперативных эвакогрузов. Преимущественно с этой целью на всех магистралях периодически проводилась перепись вагонов с эвакогрузами, в которой указывались номер каждого вагона, откуда, куда и с грузом какого предприятия и наркомата он следует и т. п. Такие переписи, например, состоялись на железнодорожной сети 14 и 25 июля, 25 августа, 5 и 30 сентября, 5 и 10 октября, 15, 17 и 27 ноября, 12 декабря 1941 г.