Отношения с «красным студенчеством» явно не складывались, но впереди профессора ждал очередной, почти головокружительный карьерный взлет, которому предшествовало его зачисление с 1 октября 1925 г. на должность научного сотрудника по физико-математическим дисциплинам в научный отдел Главного управления научными, музейными и научно-художественными учреждениями Наркомата просвещения РСФСР (в заполненной тогда же анкете Костицын сообщал, что работает в Московском университете «в качестве действительного члена и члена коллегии Института математики и механики, в Государственном геофизическом институте — в качестве вице-директора» и «в Государственном астрофизическом институте — членом президиума»). А уже 7 января 1926 г. коллегия Наркомпроса утвердила Костицына заведующим научным отделом Главнауки[27]. По сути, на него возлагалось руководство всеми научными организациями РСФСР, а в подчинении Главнауки находились тогда 76 институтов и академий, 61 учреждение исследовательского характера, 10 научно-академических библиотек и Государственная центральная книжная палата. Одновременно Костицын был введен в редколлегию журнала «Научный работник» (являвшегося органом центрального совета секции научных работников Союза работников просвещения СССР), в состав которой входили также В. П. Волгин, П. П. Лазарев, С. Ф. Ольденбург, М. Н. Покровский, О. Ю. Шмидт и другие.

Но этим продвижение по административной лестнице не ограничилось, и 16 сентября 1926 г. правление 1-го МГУ рассмотрело представление деканата физико-математического факультета «об объединении Геофизического института с Метеорологической обсерваторией под общим названием Геофизического института и о назначении заведующим таковым профессора В. А. Костицына»[28]. Помимо этого он уже являлся директором, председателем правления и ученого совета Государственного научно-исследовательского геофизического института (ГНИГИ), включавшего три обсерватории — метеорологическую в Москве и аэрологическую и геофизическую в Кучине, а также отдел по разработке «вопросов теоретической геофизики и прикладной математики в ее геофизических приложениях», которым сам и заведовал[29]. А 29 сентября Костицына избрали председателем бюро предметной комиссии по кафедре геофизики 1-го МГУ, вследствие чего он выбыл из математической предметной комиссии, в которой как «представитель уклона прикладной математики» был заменен с 8 декабря Лузиным[30].

Тем не менее на 1926–27 учебный год Костицыну еще поручили ведение семинариев по дифференциальным уравнениям (вместе с Егоровым и Степановым), дифференциальным и интегральным уравнениям (с Егоровым) и прикладной математике (с Л. С. Лейбензоном), а также чтение лекций по приближенному интегрированию дифференциальных и применению интегральных уравнений[31]. 30 марта 1927 г. математическая предметная комиссия решила вновь «просить» Костицына в очередном, 1927–28 учебном году читать курс лекций по применению интегральных уравнений и вести семинарий по прикладной математике (вместе со Степановым и Лейбензоном)[32]. Профессор вошел также в оргбюро Всероссийского съезда математиков, проходившего в Москве 27 апреля — 4 мая 1927 г., а на университетском совещании по «прикладному уклону», созванном 17 января 1928 г., отмечалось, что в математике «сближение и ориентировку на геофизику и метеорологию осуществляет В. А. Костицын»[33]. Помимо этого, он по-прежнему состоял ученым секретарем в Институте математики и механики 1-го МГУ и заведующим отделом теоретической астрофизики в Государственном астрофизическом институте[34] (в котором вел направление по «изучению строения звездных скоплений и спиральных туманностей»[35]), членом редколлегий «Математического сборника» и «Русского астрономического журнала».

Заняв ответственную должность в Наркомате просвещения РСФСР, Костицын рьяно отстаивал ведомственные интересы, о чем свидетельствует, например, его письмо от 11 декабря 1926 г. Вернадскому, который ходатайствовал о подчинении Радиевого института непосредственно Академии наук СССР. Категорически отвергая ее претензии на «руководящую роль», обвиняя Академию в архаичности, «старческом эгоизме», «вымогательстве» и заинтересованности в «удушении» опасных московских «конкурентов», Костицын напоминал, что «во Франции государство ревниво оберегает свои права контроля над высшей школой и научными учреждениями», и это тем более необходимо в СССР: «К сожалению, если за нашими учреждениями и работниками не досмотрят, они в состоянии, даже без особенной нужды, перервать друг другу глотку. Поэтому не ругайте бюрократию, а скажите спасибо, что она существует»[36]. Казалось, ничто не предвещало закат его административной карьеры, но, как не без желчи писал Стратонов о Костицыне, «иной раз он поднимался в советской иерархии довольно высоко, а потом снова терял значение»[37].

7 октября 1926 г. комиссия по научным загранкомандировкам при Наркомпросе согласилась на поездку Костицына в Германию, Францию и Италию для ознакомления с постановкой дела в геофизических учреждениях и новыми методами горной разведки, вследствие чего 3 ноября математическая предметная комиссия 1-го МГУ постановила: «Считать возможным без ущерба для учебной работы отпустить В. А. Костицына с конца марта 1927 г.»[38]; аналогичные разрешения выдали предметная комиссия по кафедре геофизики и правление университета[39]. Это была уже не первая зарубежная командировка профессора: осенний триместр 1923–24 учебного года он провел во Франции[40] (в частности, 18 декабря прочитал лекцию об исследованиях Курской магнитной аномалии в парижском Союзе русских инженеров), а летом 1924 г. участвовал в 7-м Международном математическом конгрессе в Торонто, где 16 августа выступил с докладом «Опыт математической теории гистерезиса».