Костицын уехал во Францию в трехмесячную командировку 7 мая 1927 г., теперь уже в качестве директора Геофизического института, и присутствовал 23 мая на заседании Парижской академии наук, в отчетах которой было опубликовано его сообщение «О решении сингулярных интегральных уравнений Вольтерра», представленное известным математиком Жаком Адамаром[41]. Костицын хотел продлить командировку, но Главнаука отказала ему. Тем не менее в срок он не вернулся, поэтому президиум коллегии Наркомпроса 29 сентября освободил его от занимаемой должности[42]. Через неделю, оставив жену в Париже (начинающий биолог, Юлия Ивановна стажировалась в Сорбонне), профессор вернулся в Москву, но оправдываться перед начальством не стал, ограничившись 10 октября коротким заявлением: «Я считаю своей обязанностью напомнить Президиуму, что подобные постановления должны выноситься хотя бы после поверхностной проверки обвинительного материала и, во всяком случае, после затребования объяснений у обвиняемого. В данном случае приходится констатировать полное отсутствие этих элементарных гарантий»[43]. За профессора вступился начальник Главнауки партиец Ф. Н. Петров, который в своем заключении написал, что решение президиума коллегии Наркомпроса «не основано на каком-либо обвинительном материале, а вынесено вследствие фактического отсутствия т. Костицына в течение более месяца после окончания срока его командировки». Но поскольку «одной из причин задержки» Костицына явилась «потеря его паспорта при визировании в иностранном министерстве иностранных дел», по его мнению было бы целесообразно пойти навстречу профессору, который просит «изменить редакцию постановления» в том смысле, что он освобождается от должности по собственному желанию. Считая «полезным использовать накопившийся у т. Костицына опыт», Петров ратовал за оставление его в составе коллегии Главнауки[44].

В итоге 25 октября руководство Наркомпроса решило: «Принимая во внимание объяснение проф. Костицына, признать возможным изменить редакцию постановления Президиума от 29/IX с.г. и считать освобожденным его от должности зав. Научным отделом Главнауки согласно его просьбе»[45]. Относительно предложения об оставлении Костицына в составе коллегии в постановлении не говорилось ни слова; сам он, комментируя 19 ноября свое увольнение в письме Вернадскому, скупо пояснял: «Вернувшись не так давно из-за границы, я нашел себя уволенным из Главнауки по формальному поводу — за опоздание из командировки. Дело, конечно, не в этом. Во всяком случае, я не огорчен, так как теперь я буду иметь больше времени для научной работы и для приведения в порядок кафедры геофизики в 1 МГУ». А по поводу учебы жены Костицын писал: «Юлия Ивановна все еще в Париже и вероятно пробудет там несколько месяцев. В прошлом году она работала в качестве лаборантки в лаборатории экспериментальной морфологии проф. В. М. Данчаковой и настолько увлеклась своей работой, что мы с ней решили оставить ее на некоторое время в Париже для приобретения общей биологической подготовки. Вы спросите, почему не в Москве. Этому много причин и прежде всего — ненормальные условия приема, когда дело решается не по признаку подготовки. Все преподавание на младших курсах рассчитано на плохо подготовленного современного студента, а Ю[лия] И[вановна] уже имеет законченное высшее образование. Французская система гораздо гибче нашей и дает возможность каждому выбрать то, что ему надо. Внимание при этом не разбивается на десяток отрывков разных наук. Затем условия жизни в Москве не благоприятствуют никакой работе. Конечно, скучно: за восемь лет мы никогда не расставались на продолжительный срок. Но, когда я испытываю здесь какую-либо гадость (а их бывает немало), я радуюсь, что Ю[лия] И[вановна] в Париже»[46].

Несмотря на увольнение из Главнауки, Костицын не изменил себе и уже 9 ноября выступил на заседании учебного совета физико-математического факультета 1-го МГУ с предложением ставить на его обсуждение «некоторые важнейшие вопросы факультета, стоящие перед деканатом» и был избран в делегацию, которой поручалось обратиться в коллегию Наркомпроса и, в случае надобности, к председателю Совнаркома А. И. Рыкову с сообщением о «ненормальном финансовом положении факультета»[47].

Впрочем, профессор все еще оставался в фаворе у своих недавних соратников по большевистскому подполью, и в постановлении Комиссии по выборам в Академию наук СССР, утвержденном Политбюро ЦК ВКП(б) 23 марта 1928 г., предлагалось «выяснить возможность включения в список Костицына»![48] Но в характеристике за подписью помощника начальника Секретного отдела ОГПУ И. Ф. Решетова, направленной 3 апреля в Отдел научных учреждений Совнаркома СССР, говорилось: «Костицын Владимир Александрович — проф. 1 МГУ, бывший большевик, участник Пресненского восстания в 1905 г., после которого эмигрировал. В 1916 г. возвратился в Россию по „патриотическим побуждениям“ для отбывания военной службы. В период особенно острой борьбы за советизацию ВУЗов был одним из активнейших участников профессорских забастовок и контрреволюционного движения среди профессуры. Один из главных руководителей февральской забастовки в 1922 г. В 1922 г. предполагалась высылка проф. Костицына за границу. С 1923 г. утратил политическую активность, прекратив всякие выступления в ВУЗах. С 1925 г. стал заметно эволюционировать влево и в настоящее время считается если не левым, то, во всяком случае, вполне лояльным по отношению к Советской власти профессором. Один из крупнейших математиков»[49].

Но тогдашний ректор 1-го МГУ А. Я. Вышинский полагал, что в политическом отношении Костицын «нетверд, уступает сильно Егорову»[50], то есть поддается его влиянию. Егорова в 1924 г. избрали членом-корреспондентом Академии наук СССР, но в ОГПУ о профессоре, человеке глубоко религиозном, отзывались крайне негативно: «Монархист-мистик. Все время ведет антисоветскую агитацию. В 1922 г. был предназначен к высылке за границу. В 1923 г. имел связи с эмигрантами — кирилловцами. Его квартира является местом сбора для мистиков разных толков»[51]. Отзыв Вышинского и характеристика ОГПУ сыграли, видимо, свою роль, так как уже на следующий день, 4 апреля 1928 г., Комиссия Совнаркома по содействию работам Академии наук СССР, обсудив вопрос о выборах новых академиков, постановила: «Считать политически нецелесообразным выставление кандидатуры Костицына»[52].