В некоторых немецких публикациях в годы холодной войны, потопление «Wilhelm Gustloff» называется военным преступлением, таким же, как бомбардировка Дрездена союзниками. Однако исследователь катастрофы Г. Шён заключает, что лайнер представлял собой военную цель и его потопление не являлось военным преступлением, так как суда, предназначенные для перевозки беженцев, госпитальные суда должны были быть обозначены соответствующими знаками — красным крестом, не могли носить камуфляжную окраску, не могли идти в одном конвое вместе с военными судами. На их борту не могли находиться какие-либо военные грузы, стационарные и временно размещённые орудия ПВО, артиллерийские орудия или иные аналогичные средства. Юридическим языком говоря, «Wilhelm Gustloff» был вспомогательным кораблём ВМС, на который позволили подняться шести тысячам беженцев. Вся ответственность за их жизнь, с того момента как они поднялись на боевой корабль, лежала на соответствующих должностных лицах немецкого военного флота. Таким образом, являлся законной военной целью советских подводников, ввиду следующих фактов:

— «Wilhelm Gustloff» не являлся безоружным гражданским судном: на его борту имелось вооружение, которым можно было бороться с кораблями и авиацией противника;

— «Wilhelm Gustloff» являлся учебной плавучей базой для подводного флота Германии;

— «Wilhelm Gustloff» шёл в сопровождении боевого корабля флота Германии (миноносец «Leve»);

— советские транспорты с беженцами и ранеными в годы войны неоднократно становились целями для германских подлодок и авиации (в частности, теплоход «Армения», потопленный в 1941 году в Чёрном море, вёз на своём борту более 5000 беженцев и раненых. Спаслось только 8 человек. Впрочем, «Армения», как и «Wilhelm Gustloff», нарушала статус санитарного судна и являлась законной военной целью).

Высоко был оценен подвиг А.И. Маринеско лищь за рубежом, но не у нас. С отстаиванием и борьбой за то, чтобы его подчиненных отмечали по заслугам, Александр Иванович только в этом вопросе нажил себе много неприятностей, заимел немало недругов. Когда спорил — в дипломатию не ударялся, после спора и даже ссоры вскоре о ней тотчас забывал. Но его слова и вроде бы обычные в таких случаях выражения его оппоненты помнили ему почему-то долго. Да, были у него личные недостатки. А у кого их нет? Да и эти недостатки не мешали А.И. Маринеско Родину защищать.

С годами все сплелось в один клубок — неприязнь начальства, сплетни и дрязги бытового плана, плохо скрываемая зависть некоторых из вчерашних соратников-командиров подводных лодок. Один дозавидовался до того, что в своей книге поставил под сомнение значение подвига С-13 и ее командира, написав, что потопление лайнера «Wilhelm Gustloff» не имело ровно никакого значения — война-то, мол, все равно шла к концу!.. Выходит, что по такой логике вообще не следовало штурмовать Рейхстаг!

По заключению командира Бригады подводных лодок капитана 1 ранга А.Е. Орла действия командира С-13 А.И. Маринеско в последнем Боевом походе были признаны неудовлетворительными:

1. За период нахождения в море, на позиции, в зоне интенсивного движения противника с 23.04.45 г. 7 раз обнаруживал цели, но атаковать не мог…

2. 24.04. в 23.38. по ШП обнаружил конвой, но, всплыв в надводное положение, не смог открыть люка… Атака сорвалась, так как в перископ ничего видеть в это время было нельзя.

3.26.04 в 01.35 обнаружил работу поискового прибора… Возможность атаковать упущена из-за неправильных действий командира.

4. 27.04. в 22.46. по ШП обнаружила шум ТР и работу двух УЗПН. Через 7 мин в расстоянии 35 кбт визуально обнаружил ТР в охранении двух СКР и двух СКА. Командир от атаки отказался, ввиду большой видимости. Действия командира неправильные: до этого он вывел ПЛ в светлую часть горизонта, а потом не пошел за противником, не перешел в темную часть горизонта

5.28.04. в 16.41., находясь под водой, по ШП обнаружил шум ТР и работу двух УЗПН. Командир увеличил ход до 4 узлов и через 14 мин от атаки отказался, считая себя вне предельного угла атаки. Возможность атаки упущена по вине командира, который не стремился сблизиться с противником, а берег батарею, боясь что ее придется заряжать несколько ночей подряд.

6. 28.04. в 19.23. обнаружили шум ТР… В перископ противника не видел. Через девять минут командир якобы установил, не меняя трехузлового хода, что находится вне предельного угла атаки.

7. 02.05. по ШП обнаружили шум ТР… По-видимому, командир неправильно определил сторону движения и потому с противником не сблизился.

8. 03.05. в 10.45. в перископ обнаружил ТР в охранении двух СКР, но атаковать не сумел из-за неправильного маневрирования.

Вывод: Боевую задачу ПЛ не выполнила. Действия командира неудовлетворительные…».

14 сентября 1945 года в соответствии с приказом Наркома ВМФ Н.Г. Кузнецова №-01979 «…За халатное отношение к служебным обязанностям, систематическое пьянство и бытовую распущенность командира Краснознаменной подводной лодки С-13 Краснознаменной Бригады подводных лодок Краснознаменного Балтийского флота капитана 3 ранга Маринеско Александра Ивановича отстранить от занимаемой должности, снизить в воинском звании до старшего лейтенанта и зачислить в распоряжение Военного Совета этого же флота…». 18 октября А.И. Маринеско приказом командующего Балтийским флотом №-0708 назначен командиром тральщика Т-34, а 20 ноября 1945 года приказом №-02521 был уволен в запас.

После войны в 1946–1949 годах А.И. Маринеско работал старшим помощником капитана на судах Балтийского государственного торгового пароходства «Сева» и «Ялта», списан на берег по ухудшению здоровья. В 1949–1950 годах работал заместителем директора Ленинградского НИИ переливания крови, но был осужден (по сфабрикованному обвинению) 14 декабря 1949 года на три года лишения свободы по статье 109 УК РСФСР (злоупотребление служебным положением) и Указу Президиума Верховного Совета СССР от 26 июня 1940 года «О переходе на восьмичасовой рабочий день, на семидневную рабочую неделю и о запрещении самовольного ухода рабочих и служащих с предприятий и учреждений». А.И. Маринеско вменили в вину хищение торфяных брикетов, присвоение принадлежащей институту кровати стоимостью 543 рубля и три прогула без уважительных причин, допущенные в ноябре 1949 года. Наказание Александр Иванович отбывал на рыбопромыслах в Находке, а с 8 февраля по 10 октября 1951 года — в Ванинском исправительно-трудовом лагере Дальстроя. 10 октября 1951 года Маринеско досрочно освобождён из мест лишения свободы, а на основании акта амнистии от 27 марта 1953 года судимость с него была снята. Через 25 лет, постановлением Президиума Ленинградского городского суда от 27 апреля 1988 года, приговор народного суда 2-го участка Смольнинского района города Ленинграда от 14 декабря 1949 года и определение судебной коллегии Ленинградского городского суда от 29 декабря 1949 года были отменены и дело в отношении А.И. Маринеско прекращено за отсутствием в его действиях состава преступления. В 1960 году, когда на чаши весов беспристрастно были положены его заслуги и ошибки, А.И. Маринеско восстановили воинское звание «капитан III ранга» и увеличили пенсию. Друзья-подводники называли его Героем. 9 октября 1963 года в Кронштадте А.И. Маринеско, как лучшему из лучших, был вручен традиционный поросенок в знак призвания его прошлых побед.