В 405 году карфагенские полководцы, лишившись из-за чумы половины своей армии, но добившись стратегических преимуществ, предложили Сиракузам мирный договор, с чем измотанный противник с готовностью согласился. Ясно, что условия мира были благоприятны для карфагенян. Сиракузы признали их господство в туземных и пунических регионах на западе и в центре Сицилии. Часть городов острова обязывалась ежегодно выплачивать Карфагену дань.

Однако мирному договору, заключенному во времена обоюдного истощения, была уготована короткая жизнь. В обстановке неурядиц, создавшейся после неудачного противостояния с Карфагеном, тираном Сиракуз вдруг стал молодой человек незнатного происхождения, но одаренный обаянием и незаурядными политическими инстинктами — Дионисий. Первой проблемой, с которой он столкнулся, было дезертирство ряда городов, входивших в сферу влияния Сиракуз, в стан Карфагена. Воодушевившись вестями о чуме в Карфагене, Дионисий сразу же начал вооружаться, строить боевые корабли и нанимать солдат и моряков. К 397 году он уже был готов воевать. Обрядившись в тогу освободителя греков, Дионисий созвал в Сиракузах народное собрание и убедил его пригрозить карфагенянам войной, если они не освободят сицилийские города, якобы им принадлежащие. Одновременно началась экспроприация собственности у пунических жителей Сиракуз и высылка их из города. По всей греческой Сицилии была организована кампания этнических чисток, сопровождавшаяся насилием и массовыми убийствами. При поддержке греческих поселений, не желавших платить дань Карфагену, Дионисий сформировал большую армию, подошел к Мотии и начал ее осаду.

Карфагеняне были застигнуты врасплох. Они не успели собраться с силами и прийти на помощь Мотии, своему союзнику. Видя приближение сиракузян, защитники Мотии разрушили дамбу, соединявшую островной город с берегом Сицилии. Однако Дионисий построил гигантский мол, по которому подвел к крепостным стенам тараны и огромные осадные орудия. Карфагеняне попытались отвлечь его внимание, устроив налет на гавань Сиракуз. Но положение островного города стало безнадежным, когда в его стенах под ударами таранов все-таки появились проломы. Защитники Мотии сражались за каждую улицу, перекрывая их баррикадами и забрасывая наступавших греков метательными снарядами из окон высоких зданий. Дионисий предусмотрел и такой вариант сражения, соорудив шестиэтажные осадные башни, которые могли сравняться с самыми высокими домами в Мотии, и его солдаты успешно подавляли очаги сопротивления.

Греко-сицилийский историк Диодор, хотя и враждебно относившийся к карфагенянам, достаточно объективно и с некоторым сочувствием обрисовал отчаянное положение защитников Мотии:

Город превратился в арену зверских расправ и массовых убийств. Диодор сообщает: Дионисий, видя, что его люди не щадят даже женщин и детей, решил положить этому конец, но не из жалости, а из корыстолюбия: он рассчитывал заработать деньги на продаже их в рабство. Когда же на его распоряжения никто не отреагировал, тиран отправил герольдов объявить в городе, что мотияне могут найти спасение в храмах, почитаемых греками. Однако все, кто последовал его совету, впоследствии были проданы в рабство. Греков, сражавшихся на стороне мотиян, распяли. Город подвергся таким разрушениям, что его даже и не пытались восстановить.

На следующий год, согласно Диодору/Тимею, Дионисий отправился опустошать другие регионы карфагенской Сицилии. Однако карфагеняне, оправившись от шока, вызванного дикостью первоначального наступления, смогли собрать достаточно войск для того, чтобы дать отпор Дионисию. Одержав серию побед, включая захват и полное разрушение города Мессана, карфагенский полководец Гимилькон выдворил войска Дионисия из западной части Сицилии и даже дошел до Сиракуз. Дионисия спасла, вероятно, эпидемия тифа, разразившаяся в карфагенском лагере и насланная, согласно злопыхательской греческой исторической традиции, богами в качестве наказания за святотатственные деяния, в особенности за разграбление храмов Деметры и Коры. Диодор оставил нам красочное описание симптомов заболевания:

Поначалу карфагеняне хоронили покойников, но смертность так возросла, что тела не погребали, а оставляли гнить там же, где человек умер. Дионисий воспользовался бедствием, поразившим карфагенян, и направил против них и флот, и наземные силы. Гимилькон, оказавшийся в безвыходном положении, был принужден договариваться о перемирии. В соответствии с тайным соглашением, о котором ничего не было известно ни гражданам Сиракуз, ни карфагенской армии, Дионисий разрешил Гимилькону и карфагенской армии под его командованием уйти в обмен на большие деньги.[184] В действительности лишь несколько кораблей вернулись в Карфаген, поскольку на флотилию напали сиракузцы, не знавшие о договоренностях. Из союзников Карфагена лишь сикулы смогли добраться до дома и испанские солдаты сумели объединиться в отряд, достаточно многочисленный для того, чтобы вести переговоры о вступлении в армию Дионисия. Основная часть воинства Гимилькона попала в плен или рабство.

Согласно Дионисию/Тимею, политические последствия поражения для Карфагена были весьма значительными. После того как стало известно о беде, город притих и погрузился в скорбь, прекратились визиты в гости, замерла деловая жизнь, закрылись храмы. Казалось, что все население собралось в гавани, чтобы расспросить о своих родственниках воинов, уцелевших и возвращавшихся домой. По всему берегу можно было слышать стенания и вопли отчаяния. Над политической гегемонией Магонидов нависла серьезная угроза. Это имя вновь ассоциировалось с заморскими поражениями.