В годы Великой Отечественной войны Эрнст Теодорович выполнял важные поручения командования Главсевморпути: руководил эвакуацией полярников из Москвы, переброской Арктического института из блокадного Ленинграда в Красноярск, в качестве заместителя начальника Главка практически руководил Северным морским путём (Папанин в то время был уполномоченным ГКО в Архангельске и Мурманске).

Н.Н. Стромилов вспоминает эпизод, связанный с военными годами:

«Скончавшийся недавно слесарь-сборщик одного из московских заводов, Л.Д. Миронов, в прошлом партизанский радист, рассказывал мне вот что:

– Кренкеля мы не раз, бывало, вспоминали добрым словом в тылу врага. Да и как не вспомнить? Ведь нам, партизанским радистам, как и ему, приходилось держать связь в условиях, которые вряд ли назовёшь обычными. Лес. Мороз лютый, а костёр разжечь нельзя. Штормовой ветер, пурга. Или осенью по две недели, не переставая, хлещет затяжной ленинградский дождь. Сухой нитки на тебе нет. И всё-таки работаешь. Вспомнишь: на Кренкеля надвигались ледяные валы, ну а на нас – лавины карателей. Какая разница? Выдержал же Кренкель на льдине. И это было примером для нас». («Наш Кренкель», 1975).

Когда после войны возобновилась массовая работа в области радиолюбительства, Эрнст Теодорович стал заместителем председателя Комитета коротковолнового любительства Осоавиахима СССР, членом редколлегии журнала «Радио», председателем оргбюро Центрального радиоклуба. По его инициативе бюро ЦК ВЛКСМ и ЦС Союза Осоавиахима СССР приняли постановление «О развитии работы по коротковолновому радиолюбительству». Для повышения мастерства полярных радистов были организованы радиоклубы на Диксоне, в Тикси и Амдерме.

Однако налаженной жизни семьи Кренкелей подходил конец. Слово А.А. Афанасьеву, в то время начальнику Главсевморпути:

«В 1948 году в моём кабинете раздался звонок кремлёвского телефона.

– Товарищ Афанасьев, говорит секретарь ЦК Кузнецов. У вас работает Герой Советского Союза полярник Кренкель?

– Да, он начальник Управления полярными станциями, опытный и авторитетный руководитель, многие годы зимовал на полярных станциях ещё до зимовки на льдине с Папаниным. Лучший радист, председатель Общества радистов – коротковолновиков. И человек хороший, скромный. Арктику знает и любит.

– Подождите. Характеристика его у нас есть. Решение состоялось. Он освобождён от занимаемой должности, выполняйте решение ЦК.

– А если он пожелает поехать на зимовку в Арктику? Он ведь отличный полярник, – поспешил я.

– Откажите. – И в трубке раздались короткие гудки…

Вызвал, жду его и ничего не понимаю. Это третий Герой Советского Союза – папанинец, которого освобождают. Чехарда какая-то…». (Афанасьев, 2003).

Оставив работу в Главсевморпути, Эрнст Теодорович возглавил в 1948 году один из московских радиозаводов. А с 1951 года и до последнего дня его деятельность была связана с НИИ гидрометеорологического приборостроения в Москве. Здесь он возглавил лабораторию по проектированию автоматических метеостанций, затем – отдел морских метеостанций, а в 1969 году стал директором института.

Вспоминает Д.Я. Суражский, конструктор радиоаппаратуры, лауреат Государственной премии:

«Судьбе угодно было свести меня с Кренкелем, и опыт тесного общения с ним в течение двух десятилетий позволяет мне утверждать, что последний период его жизни не менее ярок, чем фейерверк его зимовок и дрейфов, прошумевших на весь мир. Ибо быть таким человеком, каким был Кренкель, – сродни подвигу, хотя у самого Эрнста Теодоровича подобное утверждение вызвало бы недовольную и ироническую усмешку.

Мне лично другого такого человека, как Кренкель, в своей немалой жизни встречать не доводилось. И если бы за ним не числились столь славные дела, если бы он был никому не известным, «обыкновенным» человеком, от этого для меня его человеческая ценность не убавилась бы ничуть

Требовательность отлично уживалась в Кренкеле с редкой добротой и благожелательностью к товарищам по работе. Конечно, никто не вёл «статистику» неисчислимых добрых дел Эрнста Теодоровича. А жаль! Я не припомню случая, чтобы он отказал кому-нибудь из тех, кто приходил к нему за помощью, – если, конечно, просьба была оправдана. Для него не было пустяков, и если кому-то надо было поставить телефон – он добивался этого. И если кто-то остро нуждался в улучшении жилищных условий – он добивался этого. Причём никогда не стеснялся обеспокоить высокое начальство, от которого зависело дело». («Наш Кренкель», 1975).

Работать в НИИ ГМП Кренкель начал с лаборатории автоматических радиометеорологических станций. У него был большой опыт практического использования подобной аппаратуры в сложных условиях Арктики. Всё это позволило Эрнсту Теодоровичу очень быстро проникнуть в суть проблемы, подсказывать наиболее выгодное решение. Он был хорошо осведомлён даже в весьма далёких от его радиотехнической специальности отраслях знаний.

Летом 1954 года институту поручили создание морских гидрометеорологических систем. Для этой цели была организована новая лаборатория, руководство которой поручили Кренкелю. Через два года на её базе создали отдел, добившийся серьёзных успехов. Конструкторы разработали систему непрерывного измерения температуры воды на различных горизонтах и элементов морского волнения – гидрометеорологический измерительный комплекс на плавучем буе. Эрнст Теодорович был не только блестящим организатором, но и непосредственным участником создания этой сложной аппаратуры. Над автоматическими системами он работал многие годы и, став в 1969 году директором института, курировал это направление. Когда конструктор Г.Н. Соловьёв завершил разработку новой АРМС, Кренкель вместе с ним вылетел на Камчатку, где устанавливались первые образцы. На вертолёте они облетели весь полуостров, выбирая подходящие места.

Известны случаи, когда дело тормозилось из-за отсутствия какой-либо дефицитной детали. И если никто из сотрудников не мог сдвинуть дело с места, Эрнст Теодорович брался за него сам, ехал куда нужно, тратил иногда недели, но с пустыми руками не возвращался. Для него не существовало мелочей, так называемой «чёрной» работы. Бережно относясь к чужим мыслям и идеям, терпеливо и с интересом выслушивал доводы участников научных дискуссий. Если убеждался, что предложение перспективно, делал всё для его реализации, но требовал чёткости в работе. Отдавая приоритет службе, Эрнст Теодорович много душевных сил и внимания уделял семье. Слово писателю В.Г. Лидину:

«При всей своей неудержимой страсти к путешествиям, к широкому познанию мира, Кренкель был трогательно близок к домашним, любил детей, семью, вырастил двух девочек от первого брака жены, а к сыну испытывал то чувство товарищеской привязанности, которое не только стирало разницу их лет, но как бы делало их сверстниками. Он любил многолюдство в своей квартире, обретённое после многих лет бездомья, одиночества на полярных станциях, – любил людей, беседы, застольные речи, по-детски восхищался, если что-либо получалось удачно». («Наш Кренкель», 1975).