Однако государыня могла сама давать Ушакову поручения — например расследовать хищения во дворце («о дачах дворцовых наших съестных припасов в партикулярные домы») чиновником Придворной конторы Михаилом Бохиным. У Андрея Ивановича сохранялось право личного доклада Анне, а следовательно, и возможность спорить с министерскими решениями; и он ею иногда пользовался — например, в 1736 году добился увеличения штата своего ведомства на шесть канцеляристов (министры согласились лишь на троих).

Канцелярия тайных розыскных дел иногда исполняла роль доверенного исполнительного органа при императрице. 7 августа 1736 года Анна из Петергофа прислала Ушакову с ездовым сержантом мундшенка Алексея Самсонова с распоряжением: «…для его непотребных и невоздержанных поступок прикажите высечь батожьем безщадно и потом представить нашему кабинету, чтоб сослать ево в Азов в тамошней гарнизон прапорщиком». Канцелярии ничего не было известно о преступлении придворного служителя, но определённое самой Анной «батожье» было употреблено немедленно «в присутствии его превосходительства Андрея Ивановича Ушакова».

Исполнительному «генералу и кавалеру» приходилось выполнять и другие поручения, не имевшие прямого отношения к сыску. Однажды летом 1735 года Анна потребовала узнать, «где и отчего идёт дым», замеченный ею из окна дворца. Ушакову пришлось выяснять, что на Выборгской стороне в 12 верстах от столицы «горят мхи», поскольку несознательные грибники «раскладывают для варения оных грибов в ночь огни», и посылать туда солдат для тушения пожара. Затем императрица приказала доставить ей ведомость о количестве судов, прошедших Ладожским каналом с начала навигации, и срочно отправить на военную службу отпущенных было в отставку с «абшидами» дворцовых служителей — лакеев, мундшенков, гайдуков. Андрей Иванович по указанию Анны распорядился о починке обветшавшей псковской Покровской церкви «у пролому», в которую делала вклады её мать, царица Прасковья.

Анна поручала Ушакову расследование не только политических, но и уголовных дел, имевших, как теперь принято говорить, общественный резонанс в среде придворной знати. Так, в марте 1732 года у князя Никиты Юрьевича Трубецкого, только что назначенного майором Преображенского полка, пропали «алмазные вещи» (запонка, кольцо и отдельные неоправленные «камни»). Императрица приняла эту историю близко к сердцу и повелела Андрею Ивановичу разыскать пропажу. Он быстро установил, что поручик Бутырского полка Карташов проиграл в карты какие-то драгоценности лекарю цесаревны Елизаветы Арману Лестоку. Арестованный поручик сразу же сознался в краже, после чего Ушаков лично отправился к Лестоку и изъял у него четыре «камня» и «перстень золотой с бралиантом». На раскрытие преступления ему понадобилось две недели.

Ушаков, докладывавший императрице о ходе следствия и фиксировавший её указания, иногда записывал разговоры, которые вела с ним государыня. Одна из таких записей зафиксировала, что Анна приказала для производства обыска у неких колодников послать в Кириллов и Иверский монастыри офицера с солдатами, а по их возвращении доложить ей о результатах. Дело о непристойных высказываниях псковского воеводы Плещеева государыня распорядилась не расследовать — «токмо соизволила её величество указать оного Плещеева из Пскова с воеводства переменить и о перемене его сообщить в Сенат». Если Анна проявляла к делу интерес, она могла после заслушивания экстракта повелеть, чтобы обвиняемый своеручно записал показания и они были ей представлены в подлиннике.

В особо важных случаях императрица сама участвовала в процессе. В 1730 году Анна лично допрашивала в Измайловском саду строптивую княжну Прасковью Юсупову, а в сентябре 1732-го читала дело «ростриги Осипа»; она поручила Ушакову выяснить, в каких именно «роскошах» обреталась в нижегородском монастыре княжна Александра Долгорукова и кто навещал её в ссылке. 14 марта того же года государыня «пред собой» допрашивала Афанасия Татищева — свидетеля по делу приказчика Ивана Суханова, обвинявшего «в важном деле» генерал-прокурора Ягужинского. Иногда она самостоятельно решала вопрос о наказании — кого отправить в Охотск или «на галеры».

Начало правления Анны Иоанновны сопровождалось созданием не только «вверху», но и «внизу» политических проектов, дошедших до нас в делах Тайной канцелярии. 18 июля 1733 года явившийся в «летний дом» государыни в Петергофе сенатский секретарь Григорий Баскаков потребовал вручить императрице его сочинение, где автор сокрушался об «умножении различных противных Богу вер» и для их искоренения призывал «идти с войною в Царьград». Но далее речь шла уже о конкретных непорядках: «несходстве» финансовых документов, «неправом вершении дел» и «страждущей юстиции». Секретарь предлагал приучать молодых дворян к «доброму подьяческому труду», для чего следовало завести при коллегиях 60 «юнкоров» под началом опытного приказного, который учил бы шляхтичей на примере конкретных дел. После рассмотрения дела в Кабинете министров секретарь был освобождён без наказания.

Иная судьба ожидала вызвавшего интерес императрицы бывшего священника из породы вечных правдолюбцев Саввы Дугина. Угодив на каторгу за разоблачение управляющего Липецким заводом, «распопа» не успокоился. Отважный прожектёр «дерзнул донесть, в какой бедности, гонении, и непостоянстве, и во гресех, и в небрежении указов и повелений находитца Россия» от лихоимства больших и малых властей, неблагочестия, воровства и чрезмерно тяжёлых наказаний за «малые вины». Для борьбы с этим злом он считал необходимым, чтобы «едва бы не во всяком граде был свой епископ» для просвещения как духовенства, так и паствы. Прокуроров следовало, по его мнению, «отставить» по причине их бесполезности; воевод же не надлежало оставлять в должности более двух-трёх лет, а администрация при них должна быть выборная: «по 10 человек для розсылок и наряду по неделе по очереди». Дугин требовал введения принципа неприкосновенности личности («без вины под караул не брать»); наблюдать за охраной прав граждан должен был местный протопоп. «Распопа» предлагал вообще отменить телесные наказания — «батожьём бить отнюдь воспретить во всей империи»; сократить подушную подать до 50 копеек с души, а с безземельных дворовых, стариков после шестидесяти лет и детей до семи лет её не брать вовсе, как и с умерших. Однако выступавший за личную неприкосновенность и другие права человека расстриженный и сечёный каторжник считал крепостное право вполне естественным явлением и даже предлагал за выдачу и привод беглых учредить пятирублёвую премию, а им самим в качестве наказания отсекать большой палец на ноге и «провертеть» ухо; пойманным же во второй раз рубить ноги, «а руками будет на помещика работать свободно».

В застенке Дугин ни в чём не винился — напротив, собирался продолжить работу над трактатом: объяснить императрице, «каким образом в рекруты брать и как в чины жаловать, и каких лет в службе быть», но не успел — 4 апреля 1732 года был казнён на петербургском Сытном рынке. Изложенные в его проекте идеи касались проблем, которые волновали шляхетское общество в 1730 году. Но новая власть не была намерена поощрять подобную инициативу ни «сверху», ни «снизу».

Неменьшее беспокойство доставляли самозванцы. Манифест 1731 года требовал присягать неизвестному «наследнику», что вызывало в народе множество слухов и толкований. В 1732 году восемнадцатилетний «гулящий человек» из-под Арзамаса Андрей Холщевников назвал себя царевичем Алексеем Петровичем. Будучи арестован, он своё царское достоинство не отстаивал, признавшись, что не раз слышал, будто «лицем похож» на покойного сына Петра I, а взять его имя уговаривали местные крестьяне и «раскольница» Марья. Кажется, это и вправду были юношеская бравада и глупость. Но в Тайной канцелярии такими вещами не шутили — 13 мая 1732 года императорский указ повелел: самозванца «казнить и тело сжечь», а на месте преступления, в Арзамасе, выставить на колу его голову и прибить на столбе «публичной лист» с указанием вины.