Через три года после бегства Орлова в США скончалась его дочь, страдавшая неизлечимой болезнью сердца. В 1953 году, после смерти Сталина, Орлов, у которого к тому времени кончились деньги, опубликовал книгу под названием «История сталинских преступлений», в которой описал подготовку и проведение показательных процессов в Советском Союзе. Отрывки из нее были напечатаны американским журналом «Лайф». Только после этого директор ФБР Э. Гувер узнал, что в США в течение пятнадцати лет успешно скрывался видный советский разведчик в ранге генерала. Начались допросы Орлова в ФБР. Однако он ничего не раскрыл, подтвердив на допросах только то, что ФБР и без него знало. Еще раз отметим, что Орлову были известны многие советские разведчики, работавшие в то время в различных странах мира (например, Вильям Фишер, Ким Филби, Иосиф Григулевич).

Проживая в США, Орлов и его жена постоянно покупали и читали советскую прессу, включая газету «Правда» и журнал «Коммунист». Разведчик не изменил своим идеологическим убеждениям, оставаясь лишь политическим противником Сталина.

В 1967 году вашингтонская резидентура ПГУ КГБ установила местонахождение Орлова в США. 14 ноября 1969 года с ним встретился сотрудник резидентуры. Он передал Орлову письмо от его друга — Николая Прокопюка, с которым тот работал в Барселоне. Орлову было сказано, что еще в декабре 1955 года Следственное управление КГБ пришло к заключению, что оснований для возбуждения против него судебного дела нет. Бывшему разведчику было сделано предложение вернуться на родину. Однако Орлов, внимательно выслушав оперработника, отказался возвратиться в Москву. Через месяц Центр направил в вашингтонскую резидентуру указание оставить Орлова в покое.

В начале 1960-х годов по решению руководства КГБ СССР все претензии к А. М. Орлову были официально сняты и юридически закреплено отсутствие в его деле состава преступления. А в разведке наряду с понятиями «предатель», «изменник» появился термин «невозвращенец».

Орлов продолжал работать над мемуарами. Осенью 1969 года от сердечного приступа скончалась его жена Мария. В марте 1973 года у Орлова была обнаружена серьезная болезнь сердца, он был помещен в госпиталь, где 8 апреля того же года скончался.

Бегство Орлова дало наркому внутренних дел Ежову повод заподозрить в измене не только руководящие кадры разведки, но и оперативный состав Специальной группы Серебрянского. Были арестованы многие сотрудники, работавшие с Серебрянским, а также чекисты, в разное время бывшие его начальниками по линии внешней разведки. Да и сам Серебрянский имел, с точки зрения тогдашних стандартов, «уязвимую» биографию: в юности принадлежал к боевому крылу социалистов-революционеров — эсеров-максималистов, несколько раз арестовывался по подозрению в своей эсеровской принадлежности, на работу в органы разведки его рекомендовал небезызвестный Яков Блюмкин.

Осенью 1938 года Серебрянский был отозван из Парижа в Москву. 10 ноября его вместе с женой арестовали в Москве прямо у трапа самолета. Ордер на их арест подписал начальник ГУГБ НКВД СССР Лаврентий Берия. В тот же день в квартире Серебрянских был произведен обыск.

До 21 января 1939 года Яков Исаакович содержался под стражей во внутренней тюрьме на Лубянке. 21 января его перевели в Лефортовскую тюрьму, и до 13 февраля, то есть более трех месяцев после ареста, он содержался под стражей без санкции прокурора. А 21 февраля он был уволен из НКВД в связи с арестом. Конфискованные у него государственные награды были направлены на переплавку.

Отметим, что сразу после ареста Серебрянского разведывательно-диверсионная школа СГОН прекратила свое существование. Строгую даму-иностранку, ее мужа и большинство преподавателей арестовали.

В то же время следует подчеркнуть, что состав слушателей спецшколы, набранных в 1937–1938 годах, практически не пострадал от репрессий. Их распределили по различным подразделениям НКВД. Это были молодые кадры, блестяще показавшие себя в период Великой Отечественной войны. Их успешное использование в тайной войне с противником явилось существенным вкладом их учителя, руководителя спецшколы Якова Серебрянского, в Победу над фашизмом.

Коснулись аресты и сотрудников СГОН. Так, 16 ноября 1937 года был арестован участник операции по похищению генерала Кутепова Андрей Турыжников. Несколько позже были арестованы и расстреляны заместитель Серебрянского по СГОН Альберт Сыркин-Бернарди, а также его жена Вера Сыркина, являвшаяся секретарем спецшколы СГОН. В сентябре 1939 года был арестован, а в июле 1941 года расстрелян Самуил Перевозников — руководитель нелегальной резидентуры СГОН в Шанхае. Были также расстреляны надежные помощники Серебрянского, входившие в Особую группу практически со дня ее основания, — Юрий Волков и Иван Рачковский (Руперт Эеке).

Сразу после ареста Якова Серебрянского руководимая им Специальная группа особого назначения была расформирована.

Следствие по делу Серебрянского вел начальник следственной части НКВД капитан госбезопасности Виктор Абакумов, а на более поздней стадии — его заместитель Соломон Милыптейн.

Интересно, что за несколько лет до описываемых выше событий на партийном собрании наркомата обсуждалось персональное дело коммуниста Виктора Семеновича Абакумова. Ему инкриминировалось злоупотребление служебным положением во время следственных действий: оскорбление заключенных, провокации, а в отношении арестованного чекиста-разведчика Петра Зубова и рукоприкладство.

Выступавшие на собрании отмечали, что подобными методами следователь Абакумов добивался от подследственных признания в несовершенных ими преступлениях.

Сотрудникам ИНО НКВД удалось отстоять Зубова, в первую очередь благодаря вмешательству руководителя Иностранного отдела Артура Артузова и его заместителя Сергея Шпигельглаза, которые пользовались большим авторитетом не только в ИНО, но и у подавляющего большинства сотрудников оперативного аппарата наркомата.

Дело прекратили, Зубова восстановили на прежнем месте работы, а Абакумова привлекли к партийной ответственности.

На собрание был приглашен и руководитель Особой группы майор государственной безопасности Яков Серебрянский, поскольку Зубов по роду своей деятельности тесно соприкасался с ним.

Предложений было два: первое — исключить Абакумова из членов ВКП(б); второе — объявить строгий выговор с занесением в учетную карточку и уволить из органов НКВД. Если за исключением чекиста из партии, как правило, следовал арест с непредсказуемыми трагическими последствиями, то второе наказание оставляло шанс на жизнь.

Присутствовавший на собрании Серебрянский дал исключительно положительную характеристику Зубову, подчеркнув его добросовестность, честность и преданность партии. Касаясь Абакумова, он осудил его аморальные поступки, но заметил, что тот еще молод, взысканий не имел и потому мера наказания ему должна быть воспитательной. Он предложил ограничиться выговором.

В ходе дискуссии поступило и другое предложение — перевести коммуниста Абакумова из членов партии в кандидаты, но оставить в органах НКВД. В свою очередь Абакумов клятвенно обещал товарищам по партии не допускать при ведении следствия произвола, попросил у них прощения за свое поведение.