Другое важное явление данного периода — инкорпорация мелких общин в более крупные соседние города, происходившая либо на основе межгосударственных соглашений (симполития), либо в результате войн и подчинения. Всего несколько примеров: в Малой Азии Милет включил в свой состав Миунт и Фивы, Эфес то же сделал с Пигелой, а Теос — с Кирбиссом. Вследствие превращения Пергама в столицу царства старые, располагавшиеся по соседству, города были включены в его территорию, постепенно утратили свое значение и пришли в запустение. Как правило, когда один полис и его территория поглощался другим, население первого получало гражданство и образовывало гражданское сообщество, но, случалось, он понижался до статуса зависимого селения. Иногда он сохранялся в качестве крепости или городского поселения, но порой жители покидали его и перебирались в более крупный город.

На этом, первом, этапе учреждение новых городов в Азии привлекло большое число переселенцев; влияние этого факта сравнимо с влиянием миграции для основания городов в Новом Свете с конца XVII до XIX века. Для «Старой Греции» это означало утрату населения. В первые десятилетия после начала этого процесса, а в отдельных случаях и позднее, это было ожидаемое следствие. Люди, не имевшие земли, равно как и представители партий, проигравших в политических конфликтах, получали шанс начать все с нуля. Это движение с запада на восток способствовало переносу экономических и культурных центров из материковой Греции в столицы недавно появившихся царств и в такие поселения, как Родос и Эфес, имевшие тесные связи с новыми центрами власти. Положение города задавалось теперь иными факторами: его отношением к царю — был ли он основан царским указом, являлся ли столицей и вмещал ли царский гарнизон; его административной ролью в царстве; его расположением на одной из дорог, связывавших новые территории со Средиземноморьем; его членством в федерации.

Второй этап, длившийся примерно с 220 по 64 год до н. э., определяют войны между греческими городами и борьба против римской экспансии. Многие полисы материковой Греции и островов погибли, утратили свою независимость или были поглощены более крупными политическими образованиями. Полное разрушение Коринфа римлянами в 146 году до н. э. оплакивалось как трагедия и запомнилось как непревзойденное варварство. Ту же участь, значительно чаще от рук победителей из числа соседей-греков, чем от рук римских солдат, разделили десятки мелких городов; некоторые восстановились после физического уничтожения, другие были забыты. Когда античные источники упоминают разрушение 70 селений молоссов (в Эпире) в 167 году до н. э., в это число, несомненно, были включены мелкие полисы. На Крите, где воевали больше других, во II веке до н. э. погибло по крайней мере восемь полисов. Когда Крит стал частью Римской империи, статус полиса сохраняли лишь 15 или 16 поселений — небольшая часть от более чем 50 городов-государств, которые, как известно, существовали там на заре периода эллинизма.

Вследствие династических кризисов в Птолемеевском и Селевкидском царствах на протяжении этого этапа мы наблюдаем серьезные изменения в политической расстановке внутри таких царских столиц, как Антиохия и Александрия. Постепенно важную политическую роль начало играть население этих городов, которое осуществляло давление на двор, выдвигало требования, поднимало восстания и даже свергало царей.

С начала II века до н. э. все более заметным становится влияние Рима на юридический статус полиса. Римский сенат и римские магистраты принимали решения, касающиеся значения — а порой и существования — полиса, уплаты подати, передачи города во владения царя, наделения землями союзных городов. Например, в 167 году до н. э. Делос, бывший до того независимым городом-государством, перешел во владение Афин, а Родос утратил территории Ликии и Карии и контроль над городами в этих регионах, которые были предоставлены ему 20 годами ранее.

Но если в «Старой Греции» в этот период полисов становилось меньше, то в Египте и Азии продолжали создаваться новые. Так, в Египте в 140–130 годах до н. э. фиванский наместник Боэт основал три города военного назначения: Эвергетиду, Филометориду и Клеопатру. Однако новые полисы все реже возникали по воле царя или наместников; чаще существующие гарнизонные поселения поднимались до уровня полисов по инициативе местных командиров. Некоторые поселения заявили права на полисный статус, воспользовавшись ослаблением власти Селевкидов в Малой Азии. Показателен пример Тириея, расположенного на границе Фригии и Писидии. Его население состояло из солдат и местных жителей. После поражения Антиоха III и заключения Апамейского мира в 188 году до н. э. Тирией направил посольство к Эвмену II, которому римляне передали эти земли; оно просило дать поселению собственные законы, совет и гимнасий — другими словами, дать ему статус самоуправляющегося полиса. Другим поселением, которое, вероятно, приобрело полисные права таким же образом, был достигший расцвета позднее город Афродисия в Карии.

Третий этап истории полиса открывается установлением на Востоке в 64 году до н. э. нового порядка Помпея, но наиболее важная его часть начинается после окончания гражданских войн в Риме. В этот период статус греческого полиса определялся римскими сенатом и полководцами, а позднее — императором. Новым типом гражданской общины, оказавшим значительное влияние на греческое общество и культуру, стала колония римских граждан.

Усиление Этолийского и Ахейского союзов привнесло в греческую историю, помимо царств и полисов, новый тип политической организации — федеративное государство. Конечно, федерации существовали и до завоеваний Александра. В разнообразные федерации были организованы жители Центральной Греции и части Пелопоннеса; их членами являлись как города, так и слабо структурированные племенные сообщества. Обычно такие объединения называли койнонами или этносами. На несколько союзов была разделена Фессалия; другие койноны существовали в Центральной Греции — в Этолии, Акарнании, Беотии; на Пелопоннесе — в Ахее, Аркадии и Мессении; а также в Малой Азии.

Период наиболее активного роста и расцвета федеративных государств пришелся на III — начало II века до н. э. Они были движителями важнейших политических процессов и военных событий — от разгрома галлов в 278 году до н. э. силами Этолийского союза до сопротивления Ахейского союза римскому вторжению в 146 году до н. э. Становлению федеративных государств в качестве влиятельных политических образований способствовали два фактора: потребность греков в оформлении военного сотрудничества для защиты от внешних угроз и влияние эллинистических царей, которые угрожали автономии свободных полисов. Так как федеративные государства контролировали более обширные территории, нежели отдельные города, они могли мобилизовать более крупные армии. Дальновидные и амбициозные политики вроде Арата в Ахее понимали преимущества единства, хотя им и не удалось искоренить антагонистические противоречия и традиционную вражду, которые часто провоцировали внешнее вмешательство и в конечном счете привели к завоеванию Греции.

Несмотря на существенные локальные различия, эллинистические федеративные государства имели определенные общие черты. За очень редким исключением (к примеру, на Крите), граждане федераций имели двойное гражданство, так что каждый относился одновременно и к федеративному государству, и к какому-то государству-члену: например, официальное имя историка Полибия было таково: Полибий, сын Ликорта, ахеец, гражданин Мегалополя. Каждый полис, входивший в койнон, считался независимой и суверенной гражданской общиной, которая в определенных целях передавала часть своего суверенитета федеративным должностным лицам. К примеру, в военное время верховное командование армией находилось в руках стратега федерации. Члены федераций проводили также совместные празднества и состязания, осуществляли общие юридические процедуры, разрешали территориальные и иные споры — путем арбитража и привлечения в качестве судьи другого города или приглашенных судей — и, наконец, определяли собственные меры весов. Обычно, если не всегда, члены федераций имели сходную организацию. Они управляли своими местными делами и имели собственную территорию, локальных магистратов и зачастую сами чеканили монету. Некоторые федерации расширились довольно далеко за пределы изначальных племенных территорий. Этолийский союз имел членов даже на Крите и в Малой Азии, Беотийский союз вышел за границы Беотии, а Ахейский союз объединил значительную часть Пелопоннеса.