В октябре 1993 г., во время противостояния Б.Н. Ельцина и Верховного Совета Российской Федерации, А.И. Лебедю звонили от двух президентов, действующего Б.Н. Ельцина и назначенного Верховным Советом А.В. Руцкого, с предложением поучаствовать в тех событиях. Представитель Б.Н. Ельцина предлагал А.И. Лебедю выступить с обращением к народу и Вооруженным силам России в поддержку Бориса Николаевича.

Мне довелось присутствовать при разговоре по телефону А.И. Лебедя с представителем А.В. Руцкого, который предлагал А.И. Лебедю через сутки прибыть с 14-й армией в Москву и занять кресло министра обороны России.

После окончания разговора мы с ним еще долго и с иронией обсуждали поступившие предложения. Даже если гипотетически предположить, что Украина вдруг пропустит через свою территорию войска, что вся техника (танки, БТР, САУ и т.д.) заведется и выйдет из парков, то выходило, что 1500 километров до Москвы вся эта армада пройдет минимум за 5–6 дней, т.к. смешанные колонны в сутки могут пройти не более 350 километров. Это даже не математика, а простая арифметика, и ее знает любой командир мотострелковой роты.

Представителя А.В. Руцкого А.И. Лебедь послал приблизительно туда, куда Макар телят не гонял. Представителю Б.Н. Ельцина ответил, что он всего лишь командующий армией и выступать с обращением к народу не входит в компетенцию командующего объединением.

В это же время приднестровские власти отправили в Москву группу вооруженных военнослужащих из батальона милиции специального назначения «Днестр» на помощь осажденному Белому дому. Однако после того как Б.Н. Ельцин с помощью танков расстрелял Верховный Совет (руководил этой акцией будущий командующий ОГРВ генерал В.Г. Евневич, командир Таманской мотострелковой дивизии), приднестровские власти отказались от тех людей, которых они посылали в Москву.

Министр госбезопасности В.Ю. Шевцов и председатель Верховного совета ПМР Г.С. Маракуца на сессии упорно пытались доказать, что никто никого никуда не посылал.

Лебедь, основываясь на кино- и фотодокументах, доказал обратное. Была представлена видеозапись событий, которые происходили в Москве возле Белого дома и Останкинской телевышки. На пленке отчетливо были видны офицеры батальона «Днестр» с оружием в руках.

Для расследования событий президентом ПМР И.Н. Смирновым была назначена комиссия под председательством М.Ф. Кириченко, которая в процессе своей работы «выявила», что показанные офицеры ушли в отпуск с 25 сентября по 10 октября 1993 г. Причем все дружно убыли в г. Москву или ее окрестности. Это майор В.В. Голубев (г. Обнинск, Калужской обл.), старшие лейтенанты С.В. Лещенко (г. Москва), А.А. Никитенко (г. Коломна), B.C. Доброжан (г. Ярославль), А.А. Бубнов (г. Москва), младший лейтенант Тузу (г. Иваново), старшина Р.А. Эллис (г. Москва). Естественно, комиссия никакого криминала не нашла и вся эта история ушла в небытие. Виноватых просто не оказалось. Через некоторое время М.Ф. Кириченко погиб при загадочных обстоятельствах.

После обнародования фактов участия сотрудников МВД ПМР в московских событиях 1993 г. А.И. Лебедь становится не просто неудобным для местных властей, а их заклятым врагом.

В Москву в различные инстанции направляются просьбы убрать А.И. Лебедя из Приднестровья. Начинается паломничество в 14-ю армию различных комиссий с целью найти компромат на ее командующего. Контрразведка 14-й армии и спецслужбы ПМР устраивают ряд провокаций против А.И. Лебедя. Но все попытки дискредитировать командующего успеха не принесли.

25 июня 1994 г. по этому поводу в штабе 14-й армии прошла встреча директора ФСБ России генерал-лейтенанта СВ. Степашина и руководителя Министерства национальной безопасности Молдовы бригадного генерала Василия Калмоя с Александром Лебедем. Вскоре после этой двухчасовой встречи начальник особого отдела армии полковник Николай Злыгостев был переведен для дальнейшего прохождения службы в Россию.

В июле делается вторая попытка убрать А.И. Лебедя из 14-й армии, а саму армию ликвидировать. 19 июля 1994 г. А.И. Лебедя отправляют в отпуск, а 3 августа в Тирасполь приезжает заместитель главнокомандующего Сухопутными войсками генерал-полковник Э.А. Воробьев с директивой Генерального штаба от 22 июля. «Управление 14-й армии расформировать к 1 сентября. К 10 августа представить списки офицеров, желающих уволиться или перевестись в Россию. Полномочия по командованию группировкой возложить на командира 59-й мотострелковой дивизии».

А.И. Лебедь прервал отпуск, вернулся в Тирасполь и официально заявил, что приступил к исполнению обязанностей командующего армией, а журналистам заявил: «Расформирование управления армией я считаю преступлением. Предвижу весь бардак, который здесь начнется.

Я принял армию разваленную. Я три года по кирпичику собирал ее. Сейчас мне предлагается взять молоток и с размаху разнести все в черепки. Я не буду крушить то, что я создавал. Тут ничего не решено, ни один эшелон не ушел, ничто не сократилось, люди остались, техника осталась, боеприпасы, а тех, кто может, должен и обязан это сделать, — их разгоняют. Это совершенно беспрецедентная штука. Выводили Западную группу войск. Кто последний ушел? Бурлаков. Это логично. Всё сдали, продали, подписали акт, сдали документы в архив, потом уходят. Здесь же логика направлена на разгон, на создание хаоса — и ни на что другое» (Минкин А.В. В ожидании войны. «Московский комсомолец»).

А.И. Лебедю опять предлагают должность с повышением, командующим миротворческими силами в Таджикистане. И опять он отказался.

В августе 1994 г. Президент России Б.Н. Ельцин, отвечая на вопросы журналистов, сказал: «Хорошо помню и не забуду роль 14-й армии и роль ее командующего в предотвращении большой крови в регионе Молдовы в 1992 г. Это одна из немногих горячих точек бывшего СССР, которую удалось остудить, остановить насилие. И во многом благодаря генералу Лебедю. Велика его роль и в том, что сейчас обстановка там находится под контролем… Недопустимо искусственно обострять ее какими бы то ни было действиями». Это послужило своеобразным сигналом для министра обороны, и Лебедя на время оставили в покое.

В декабре 1994 г. — январе 1995 г. А.И. Лебедь в очень резкой форме дает оценку действиям федерального центра в Чечне. «Чеченский конфликт можно решить только дипломатическими переговорами, — заявил он в телефонном интервью. — В Чечне один к одному повторяется афганский вариант. Мы рискуем развязать войну со всем исламским миром. Бойцы-одиночки до бесконечности могут жечь нашу бронетехнику, уничтожать солдат одиночными выстрелами. В Чечне мы наступили на те же грабли, что и в Афганистане, а это очень печально. Хорошо укрепленный Грозный с большим количеством запасов способен оказать длительное и серьезное сопротивление». Лебедь напомнил, что генерал Дудаев в Советской армии командовал дивизией стратегических бомбардировщиков, способной вести войну в континентальных масштабах, а на такие посты «дураков не назначали».

Он популярно объяснил, к чему могут привести такие непрофессиональные действия со стороны федерального центра. «Мне трудно понять, как и что хотел выиграть министр обороны. Но проиграли мы очень многое. Всему миру стала известна главная российская военная тайна: реформирование наших вооруженных сил под руководством “лучшего министра обороны всех времен и народов” закончилось полным их провалом. Странно и горько сознавать: у России более нет армии, а есть только потешные войсковые формирования, которые мало на что способны.