В день наречения на царство Василий Шуйский велел убрать тело с площади. Труп привязали к хвосту лошади и выволокли в поле за Серпуховские, или Болвановские, ворота. Там его бросили в «убогий дом», куда собирали умерших бездомных бродяг, которых некому было хоронить.

«Убогий дом» был переполнен до краев. Туда доставили тела всех погибших в день кровавого переворота, три дня валявшиеся на улицах столицы для устрашения сторонников Лжедмитрия. Исключение было сделано для одного Петра Басманова. Царь Василий разрешил Ивану Голицыну похоронить своего сводного брата Петра Басманова в ограде семейной церкви.

Тревога в столице не улеглась. В городе много толковали о знамениях, предвещавших новые беды. Когда труп самозванца везли через крепостные ворота, налетевшая буря сорвала с них верх. Потом грянули холода, и вся зелень в городе пожухла. Из уст в уста люди передавали вести о чудесах, творившихся подле трупа «Дмитрия». Ночные сторожа видели, как по обеим сторонам стола, на котором лежал царь, из земли появлялись огни. Едва сторожа приближались, огни исчезали, а когда удалялись — загорались вновь. Глухой ночью прохожие, оказавшиеся на Красной площади, слышали над окаянным трупом «великий плищ, и бубны, и свирели, и прочая бесовская игралища». Приставы, бросившие тело Отрепьева в «убогий дом», позаботились о том, чтобы запереть ворота на замок. Наутро люди увидели, что мертвый «чародей» лежит перед запертыми воротами, а у тела сидят два голубя.

Отрепьева бросили в яму и засыпали землей, но вскоре его труп обнаружили совсем в другом месте. Произошло это, по словам Буссова, на третий день после избрания Шуйского. По всей столице стали толковать, что «Дмитрий» был чародеем-чернокнижником и «подобно диким самоедам» мог убить, а затем оживить себя.

Власти были встревожены и долго совещались, как бы покончить с мертвым «колдуном». По совету монахов тело Растриги увезли в село Котлы под Коломенским и там сожгли. При жизни Отрепьев велел соорудить там «гуляй-город». На его стенах были намалеваны черти. Москвичи прозвали эту крепостицу «адом». Лжедмитрий приспособил «ад» для воинских потех. Он поручал Шуйским и другим боярам обороняться в «гуляй-городе», а сам вместе с немцами штурмовал его. После переворота тело самозванца было сожжено вместе с крепостицей.

Что бы ни предпринимали власти, им не удалось успокоить народ. Сторонники Лжедмитрия, преодолев растерянность и замешательство, стали готовить почву для свержения Шуйского. По-видимому, они надеялись спровоцировать беспорядки в столице, направленные против власть имущих, а также против «литвы». Однажды ночью, рассказывает капитан дворцовой стражи Я. Маржарет, на воротах дворов, принадлежавших дворянам и иностранцам, появились знаки и надписи с приказом разорить меченые дома предателей.

25 мая в Москве произошли волнения. 15 июня волнения повторились. Как записал в своем Дневнике слуга Мнишека, «снова собрался мир, до нескольких тысяч перед воротами крепостного двора, на Лобном месте… с оружием, с каменьями». По слухам, народ взбунтовали бояре, «сказав, что царь приказал оставшуюся литву побить».

Маржарет был в Кремле подле царской особы и описал происходящее как очевидец. Противники Шуйского созвали огромную толпу на Красной площади, якобы по указу царя Василия. Если бы Шуйский, ничего не ведая, вышел тогда на площадь, свидетельствует Маржарет, «он подвергся бы такой же опасности, как и Дмитрий». Однако верные люди успели предупредить Шуйского, и он распорядился запереть ворота Кремля. Вслед за тем царь вызвал к себе заподозренных бояр, начал плакать и упрекать их в измене. Под конец он пригрозил думе, что отречется от трона, и в подтверждение своих слов снял царскую шапку и сложил посох.

Момент был критический. Чернь готова была учинить погром в столице. Если бы дума решилась предать на суд толпы свои разногласия, взрыв был бы неизбежен. Бояре принуждены были смириться и выразить покорность самодержцу. Тот подхватил посох и потребовал покарать виновных. Толпу на Красной площади удалось утихомирить, и она разошлась.

В самый день волнений, 15 июня, семью царицы Марины выдворили из Кремля и поселили в доме опального дьяка Афанасия Власьева.

Волнения были связаны с появлением на улицах Москвы «подметных» писем, якобы исходивших от Лжедмитрия. Пан Хвалибога, дворцовый служитель Лжедмитрия, сообщил об этом следующее: «Около недели (после переворота, то есть 24 мая. — P.C.) листы прибиты были на воротах боярских дворов от Дмитрия, где давал знать, что ушел и Бог его от изменников спас… самими бы московскими людьми Шуйский был бы убит, если бы его поляки некоторые не предостерегли, которые другой революции боялись». Предостерег царя скорее всего Юрий Мнишек, успевший снискать доверие посадских людей (через него они подавали челобитные Отрепьеву).

Память подвела Хвалибога. Слуга Мнишека записал в Дневнике, что «подметные» грамоты появились в столице 21 июля: «Волнения были в крепости из-за подброшенных грамот, которые были подписаны именем Дмитрия». В Приказных канцеляриях были собраны все дьяки для сличения их почерка и почерка грамот, «но такой руки обнаружить не могли».

Междуцарствие поколебало трон. В то время, записал слуга Мнишека, бояре «большую власть имели, нежели сам царь». Беспорядки дали Шуйскому повод для того, чтобы припугнуть думу и справиться с боярским «самовольством».

Было объявлено, что зачинщики мятежа замыслили передать корону Мстиславскому. Главными сообщниками его были названы Михаил Нагой и боярин Петр Шереметев.

Имена были выбраны вовсе не случайно. Удельный князь Федор Мстиславский был главой думы, а Михаил Нагой — конюшим боярином. В качестве местоблюстителя трона Нагой претендовал на особую роль в период междуцарствия.

Шуйские получили верное средство давления на Боярскую думу. В столице толковали о причастности к интриге ростовского митрополита Филарета Романова, родственника Мстиславского.

В конце концов Шуйский не стал наказывать главу Боярской думы Мстиславского, известного своей бесхарактерностью. Кары обрушились на его сторонников из польской партии.

Михаил Нагой был лишен высшего думного титула — конюшего, а Петр Шереметев предан суду. В конце мая Шереметев ездил с Филаретом в Углич за мощами Дмитрия. Власти не стали ждать возвращения Шереметева и судили его заочно. Боярин «был обвинен и изобличен свидетелями». Его велено было задержать в Угличе.

Борис Годунов предал смерти пятерых купцов, спровоцировавших беспорядки в 1586 г. При Шуйском до смертной казни дело не дошло, и царь ограничился тем, что велел арестовать пять вожаков, приведших толпу к воротам Кремля. Всех их подвергли «торговой» казни (били кнутом) посреди рыночной площади. При оглашении приговора бирючи объявили, что Мстиславский невиновен, вся же вина падает на Шереметева и пятерых его приспешников.

Волнения в столице и неудача с присягой в полках предвещали скорое падение царя-боярина. По-видимому, дума обсуждала вопрос, что следует предпринять в этом случае. В глазах высшей аристократии введение прямого боярского правления было бы лучшим выходом. Вспомнили о проекте передачи трона Симеону Бекбулатовичу.