Современники сравнивали триумф Скопина с торжеством Давида, которого израильтяне чтили больше, чем Саула. Царь Василий Шуйский встретил племянника с радостными слезами, благодарил его, обнимал, целовал в присутствии бояр, однако сердце его глодали страх и зависть: его пугала популярность Скопина, он подозревал его в стремлении захватить московский престол. «Народ величал Скопина, а с тем вместе возрастало в народе презрение к царю Василию и ближним его, — пишет Н.И. Костомаров. — Повсюду о том поговаривали, что было бы пристойнее избрать на царство всей землей боярина, который доказал уже перед целым светом свою способность и заслужил эту честь подвигами и трудами на пользу и избавление всей земли, чем оставлять на престоле Василия, который сел на этот престол неправильно и ничего не сделал для земли, кроме зла и бед. Царю Василию Скопин невольно стоял костью в горле. Торжественные встречи, беспрерывные знаки народного расположения показывали Василию, что с каждым днем народ более и более хочет Михаила Васильевича Скопина-Шуйского выбрать царем, а это молю быть только с низвержением Василия».

«Обаяние личности Скопина и его военные успехи возбудили желание и надежду, что именно он будет наследником московского престола после бездетного и нелюбимого Василия Шуйского», — замечает, в свою очередь, Д.И. Иловайский. Еще когда Скопин стоял со своим войском в Александровской слободе, к нему явились посланцы с грамотой от Прокопия Ляпунова, прославленного предводителя рязанского ополчения. «Пылкий, нетерпеливый Ляпунов в этих грамотах спешил выразить то, что у многих русских людей того времени было не только на уме, но и на языке, — пишет Д.И. Иловайский. — А Ляпунов пошел еще далее: ждать смерти Василия казалось ему слишком долго; в своих грамотах он осыпал царя разными укоризнами и прямо предлагал Скопину возложить на себя корону и взять в свои руки скипетр. Честный юноша был возмущен таким предложением, велел схватить посланцев и думал отправить их в Москву как преступников. Едва умолили они отпустить их в Рязань, ссылаясь на то, что действовали под угрозами Ляпунова. Скопин думал просто предать это дело забвению и не донес о нем дяде. Но нашлись другие доносчики, которые передали его в Москве, конечно с разными прикрасами, и сумели внушить царю подозрение на племянника».

Недоброжелатели Скопина убеждали царя, что если бы князю Михаилу не было приятно предложение Ляпунова, то он, невзирая на мольбы, велел бы отослать в Москву рязанцев, привозивших грамоту. Василий Шуйский, как рассказывают, даже имел по этому поводу объяснение с племянником, и последнему горячими словами и клятвами удалось вроде бы рассеять подозрения — по крайней мере внешне. Тем не менее, как сообщает летописец, царь и в особенности его братья продолжали «держать мнение» на Скопина.

Сам Василий Шуйский, не имея детей мужского пола, мог с известным равнодушием относиться к вопросу о своем преемнике. Однако братья царя — Василий, Иван и Дмитрий, который сам рассчитывал наследовать московский престол, — видели в Скопине своего главного конкурента, отчаянно завидуя славе юного полководца. Как рассказывают, во время торжественного въезда Скопина Дмитрий Шуйский, стоя на городской стене, сказал своему окружению: «Вот идет мой соперник!» Зависть Дмитрия разжигала и его жена Екатерина Григорьевна — дочь известного опричника Малюты Скуратова, в царствование Ивана Грозного «прославившегося» своими многочисленными преступлениями.

«Дмитрий считал себя наследником престола, но он увидал страшного соперника в Скопине, которому сулила венец любовь народная при неутвержденном еще порядке престолонаследия, — замечает С.М. Соловьев. — Князь Дмитрий явился самым ревностным наветпиком на племянника пред царем». И вот, пока Москва праздновала свое освобождение, Дмитрий Шуйский начал интриговать против Скопина, без конца наушничая и внушая брату Василию различные страхи. Рассерженный царь, как рассказывают, однажды даже палкой прогнал от себя клеветника, но Дмитрий не унимался. При каждом удобном случае он стремился оболгать и представить в черном цвете слова и поступки Скопина. И в этих устремлениях он был не один. «За Дмитрием Шуйским, очевидно, стояла целая партия завистников и недоброжелателей юного Скопина, особенно из числа тех знатных бояр, которые самих себя считали достойными занять престол и желали устранить от него Шуйских», — свидетельствует Д.И. Иловайский.

Между тем Скопин строил планы новых военных кампаний — несмотря на достигнутые успехи, впереди ждали новые трудности. Скопил совещался с боярами насчет предстоящих военных действий и готовился с началом лета выступить в новый поход. Яков Делагарди торопил его — он видел, как благодаря зависти и интригам московских бояр над головой его русского друга скапливаются черные тучи. В частных разговорах со Скопиным шведский военачальник не скрывал своих опасений, остерегал его и уговаривал как можно скорее оставить Москву и выступить к Смоленску, против войск польского короля Сигизмунда. Мать Скопина, Елена Петровна, тоже беспокоилась за сына: еще когда он был в Александровской слободе, она наказывала ему, чтобы Скопин не ездил в Москву, где его ждут «звери лютые, пышущие ядом змеиным».

Развязка наступила 23 апреля 1610 года. В этот день боярин Иван Михайлович Воротынский устроил пир по случаю крестин своего новорожденного сына Алексея. В качестве крестного отца был приглашен Скопин, а крестной матерью стала «Малютична» — Екатерина Григорьевна Шуйская, лютая недоброжелательница молодого полководца. После пира Екатерина поднесла Стопину чару с вином, приглашая выпить за здоровье их крестника. Стопин, ничего не подозревая, осушил чару до дна. Уже спустя несколько минут он почувствовал себя плохо. Слуги взяли его под руки и отвезли домой. Там больному стало еще хуже — у него открылось сильное кровотечение из носа и появились сильнейшие боли в животе, заставлявшие его метаться и громко стонать. Услыхав о его болезни, Яков Делагарди прислал Скопину немецких врачей, а царь Василий Шуйский — своих придворных лекарей. Но никакие средства не помогли. Скопин мучился жестокими болями около двух недель и 10 мая 1610 года скончался на руках своей жены и матери.

«Странно, что здоровый молодой человек в две недели умер от лихорадки и что эта лихорадка, которая сопровождалась сильным кровотечением из носу и нестерпимыми болями в животе», — констатирует Д.И. Иловайский. Действительно, на эту странность нельзя не обратить внимания. Слухи о том, что М.В. Скопин-Шуйский пал жертвой заговора и был отравлен на пиру у Воротынского, поползли по Москве уже в первые же часы после того, как внезапно заболевшего полководца увезли со злосчастного пира. Эти слухи еще более окрепли, когда Скопин умер. Москвичи, прекрасно знавшие о том, какую ненависть питал к покойному его дядя Дмитрий Шуйский, стали указывать на него как на отравителя; в день смерти Скопина толпы народа с криками и угрозами бросились к дому царского брата, и только ратные люди, заранее присланные царем (в Кремле уже загодя ждали этого нападения), защитили Дмитрия Шуйского от народной ярости.

Большинство современников — русских и иностранных, — писавших об этих событиях, склоняются к тому, что Скопин был отравлен; некоторые даже прямо говорят об этом. Д.И. Иловайский, довольно тщательно проанализировавший все своды известий о смерти Скопина, был уверен, что полководец действительно пал жертвой заговора: «Там, где идет борьба честолюбий, а особенно борьба за престолонаследие, подобные факты слишком обычны в истории народов, чтобы к данному обвинению относиться с полным недоверием, а тем более если принять в расчет все обстоятельства. Особенно возбуждает подозрение жена Д. Шуйского, по-видимому, достойная дочь Малюты Скуратова и сестра бывшей царицы Марьи Григорьевны Годуновой».