Смерть Скопина вызвала взрыв народного горя, небывалый со времени смерти Александра Невского, а похороны полководца превратились в настоящую манифестацию. «Вопль и плач раздавались вокруг почившего героя: не говоря уже о его матери и супруге, обезумевших от горя, московский народ, от царя, патриарха и вельмож до нищих и убогих, толпился на его дворе в слезах и рыданиях», — пишет Д.И. Иловайский. «Толпа народа провожала его останки, — сообщает Н.И. Костомаров. — Гроб его несли его сослуживцы и пели надгробные песни; их окружала толпа женщин; тут были вдовы, сестры и дочери убитых в бою служилых; они поддерживали мать и жену усопшего, которые от тоски лишались памяти и чувства. Разливался слезами и вопил царь Василий, но ему не верили; все понимали, что он плачет над трупом того, который, может быть, через несколько дней заступил бы его место». Когда тело полководца лежало приготовленное к погребению, проститься со своим боевым товарищем приехал Яков Делагарди. Суровый шведский военачальник прослезился при виде мертвого Стопина и сказал: «Московские люди! Не только на вашей Руси, но и в королевских землях государя моего не видать мне такого человека!» Русские книжники, знакомые со сказаниями о Троянской войне, сравнивали Скопина-Шуйского с легендарными героями древности Ахиллом и Гектором.

Сначала тело Стопина предполагалось положить в Чудове монастыре, чтобы потом отвезти в родной Суздаль (занятый в ту пору «ворами» и шайками Лисовского) и похоронить рядом с предками, но москвичи потребовали, чтобы погребение было совершено в Архангельском соборе в Кремле, рядом с могилами великих князей и царей. Василий Шуйский был вынужден согласиться на это требование. На следующий день тело Скопина было погребено с поистине с царскими почестями: гроб его несли высшие бояре и ближайшие боевые соратники, в Архангельском соборе сам патриарх Гермоген при огромном стечении народа отпевал усопшего воеводу. «Царь Василий не менее других вопил и плакал, — замечает Н.И. Костомаров, — но сознавал ли он все значение своей потери; понимал ли, что вместе с Михаилом порывалось звено, связывавшее его с народом, и что он хоронил свою династию? Во всяком случае, эту смерть он оставил безнаказанной и осиротевшее главное воеводство передал не кому другому, а все тому же ничтожному брату своему Дмитрию».

Короткая, но яркая жизнь и трагическая смерть Скопина поразили воображение современников. Светлый образ царственного юноши вошел в народный фольклор, о его подвигах и смерти слагались сказания и песни. В народе сохранилось убеждение, что Скопин пал жертвой дворцовых интриг и был отравлен недоброжелателями, и этот взгляд прочно вошел в народную поэзию. В одной из песен бояре, проникшись «злою завистью», подговаривают дочь Малюты Скуратова поднести Скопину отравленное питье:

По другому варианту легенды, сама Малютина дочь решила отравить Скопина:

Со страхом и скорбью встречает Скопина его мать:

Сын отвечает:

Он к вечеру, Скопин, и преставился.

Народные предания о смерти Скопина даже трансформировались в былину (хотя сохранились и собственно исторические песни о Скопине), и, таким образом, Михаил Скопин-Шуйский стал единственным историческим персонажем эпохи позднего Средневековья и Нового времени, вошедшим в былинный цикл (этот факт свидетельствует о небывалом впечатлении, которое произвела на современников и их ближайших потомков личность молодого полководца). В былине событие из Москвы перенесено в древний Киев, реальные лица начала XVII века — Скопин и дочь Малюты Скуратова — сидят на пиру вместе с князем Владимиром, Ильей Муромцем и Добрыней Никитичем. Историческое событие приобретает эпические черты: дочь Малюты Скуратова, испросив у князя Владимира разрешения напоить Скопина-богатыря вином, «брала чашечку серебряну» и отправлялась в погреба, где совершила черное дело — подмешала в кубок с вином отраву:

Уникальным памятником исторических событий, связанных с блестящим, но коротким взлетом легендарного героя эпохи Смутного времени, является палаш Михаила Скопина-Шуйского, ныне хранящийся в собрании Государственного исторического музея в Москве. Известно, что после смерти полководца этот палаш попал в руки князя Ивана Ивановича Шуйского, брата царя Василия Шуйского, у которого оставался до 1638 года. Затем палаш на десять лет исчезает из поля зрения, а в 1647 году объявляется уже как собственность князя Семена Васильевича Прозоровского: в этом году Прозоровский отдает палаш «в серебряной оправе с каменьями, собственный князя Михаила Васильевича Шуйского-Скопина» Соловецкому монастырю, в ризнице которого оружие хранилось до 1923 года.