В городах Фландрии и Брабанта патрицианская олигархия в период позднего Средневековья была вовлечена в затяжной и острый конфликт с главными ткацкими цехами и была вынуждена пойти на более многочисленные уступки в отношении участия цехов в городском управлении, чем это происходило на севере. Хотя Антверпен (с 1486 г.) и некоторые другие города впоследствии ликвидировали это вмешательство цехов в городское управление, или же радикально его урезали, в других случаях, например, в Генте (до 1540-х гг.) и Мехелене «диаконы» и «присяжные» представители цехов по-прежнему составляли большую и влиятельную часть городского совета, с которой приходилось считаться. По контрасту с городами севера, где обычно были четыре бургомистра (за исключением Зеландии, где в Мидделбурге, Зирикзе и Флиссингене их было по два), во фламандских и брабантских городах бургомистров, как правило, было двое. Как и на севере, количество магистратов варьировалось: в Лёвене и Брюсселе их было семь, а Генте — тринадцать, а в Антверпене с 1556 г. — не менее восемнадцати. На юге, не меньше чем на севере, брюссельский двор в правление Карла V в принудительном порядке и систематически осуществлял свои полномочия, обычно через штатгальтеров, по ежегодному избранию бургомистров и магистратов из двойных и тройных списков кандидатов, которые подавали городские советы. Только Антверпен пользовался фактической автономией. Гент после 1540-х гг. находился в особенно сильной зависимости от правителя (смотри ниже, стр. 148).

Во всех Габсбургских Нидерландах города управлялись патрицианской элитой, происходившей из среды богатейших и виднейших горожан. Но влияние двора в Брюсселе и штатгальтеров на избрание бургомистров и магистратов, в сочетании с тем фактом, что участие в работе городской администрации существенно ограничивало время для занятия частными делами, и тенденцией регентских элит (насколько это от них зависело) к закреплению за собой должностей на неопределенный срок, означало, что между регентскими элитами, в состав которых вполне могли входить иммигранты или недавно разбогатевшие люди, с одной стороны, и активными деловыми элитами городов, с другой, возникала все более растущая пропасть. Вызванные этим трения, начиная с 1520-х гг., еще больше увеличились из-за разногласий по религиозным вопросам и по отношению к лояльности режиму.

С 1492 г. в Габсбургских Нидерландах в целом царило спокойствие. В связи с ускорением объединительных процессов к северу от рек после 1522 г. Нидерланды, по всем признакам, успешно сплотились в единое, все более целостное государство, управляемое растущей, получившей университетское образование бюрократией. По общему мнению, этот переход к более упорядоченным, однородным Габсбургским Нидерландам не во всех отношениях протекал гладко. Процессы унификации, централизации и бюрократизации неизбежно вызывали серьезные потрясения, особенно там, где эти перемены были наиболее обширными — на севере страны. Недавно аннексированные провинции упорно сопротивлялись признанию новых провинциальных высших судов и других новшеств, введенных габсбургскими властями. В Голландии политика режима, направленная на превращение Хофа в институт центрального правительства, укомплектованный получившими университетское образование юристами, порвавшая с бургундской практикой назначать судей Хофа из числа голландских и зеландских дворян, так же как общая (и растущая) опора на чиновников незнатного происхождения, посеяла семена разногласия между режимом и дворянами, которые в будущем имели серьезные последствия. Голландские дворяне также сопротивлялись назначению на руководящие должности в провинции уроженцев Брабанта, людей, «которые не знали голландского языка», и других, которые «не являлись подданными имперских земель по эту сторону» — то есть в Нидерландах.

Еще одной причиной недовольства среди дворянства всех трех крупных провинций было сознательное продвижение на влиятельные должности чиновников из малых провинций, которым режим особо доверял, тем самым передавая в руки таких людней патронаж, которым раньше обладали виднейшие дворяне. Один пример такой тенденции — назначение фризского юриста Виглия ван Аитты (1507–77), человека, гордившегося своим фризским происхождением (который стал одним из ведущих деятелей центрального правительства в Брюсселе при Филиппе II), хранителем хартий Голландии в 1550 г. В то же самое время кампания по борьбе с ересью вызвала обострение напряженности между центральным правительством и местными властями, опасавшимися потери юрисдикции и нарушения «привилегий» во всех провинциях.

Но до 1550-х гг. эти трения, хотя и значительные, выглядели преодолимыми. Казалось, что габсбургское правительство успешно объединило Нидерланды, расширило и пополнило новыми кадрами аппарат центрального правительства, и сдержало, если не уничтожило, распространение протестантизма, не вызвав при этом большего сопротивления, чем то, с которым оно могло справиться. Но сравнительная легкость, с которой проходил процесс трансформации до 1540-х гг., была вызвана отчасти отсутствием давления, связанного с военными действиями. До тех пор, пока для Нидерландов не существовало крупной военной угрозы, Корона не испытывала необходимости повышать налоги с населения.

Период относительного спокойствия закончился в 1540-х гг. После 1540 г. Габсбургские Нидерланды снова были втянуты в затяжную конфронтацию и войну с Францией. В результате на все провинции было возложено новое тяжелое бремя налогов, вербовки, размещения на постой, снабжения продовольствием и переброски солдат. Вплоть до этого времени Карл V и его преемник, Филипп II Испанский, удачно выбирали время этого усиления давления. Прогресс Антверпена в качестве основной перевалочной базы «богатой торговли» Европы вызвал бурный рост промышленной деятельности и способствовал обогащению юга, тогда как происходившее одновременно увеличение объема голландской навалочной торговли и рыболовецкого промысла привели к росту благосостояния и численности населения прибрежной зоны на севере. Но сами экономические успехи представляли угрозу для режима. Растущее процветание Габсбургских Нидерландов по сравнению с Испанией или Габсбургской Италией и развитие антверпенской биржи неизбежно должны были вызвать у правительства искушение воспользоваться этими ресурсами для увеличения своей армии и военной сферы в целом. Легкость путей сообщения, быстрота, с которой можно было взять взаймы и собрать денежные средства, и доступность всего, что только могло понадобиться, слишком легко поощряли нездоровую финансовую, логистическую и стратегическую зависимость Габсбургской Короны от своих нидерландских провинций.

Фундаментальная перемена 1540-х гг. стала результатом смещения центра тяжести конфликта Габсбургов и Валуа в Европе. До 1540 г. соперничество между Испанией и Францией за гегемонию в Европе происходило, прежде всего, в Италии. Две великих державы Западной Европы боролись за господство над Неаполем и южной Италией, а позже над Миланом. На протяжении десятилетий Италия была европейской «école de guerre» (фр. школой войны), стратегической ареной, где были разработаны новые типы фортификаций и военных технологий, общим «place d’armes» (фр. плацдармом), где ведущие державы демонстрировали свою мощь и воевали за главенство.